1667年教宗选举秘密会议于当年6月2日至6月20日间举行，始于前教宗亚历山大七世逝世，终于朱利欧·罗斯皮利欧西（Giulio Rospigliosi）枢机当选为新教宗克莱孟九世。此次选举秘密会议由前教宗亚历山大七世与乌尔巴诺八世之侄子枢机派系主导，而1655年选举秘密会议中形成之“飞行小组（英语：Squadrone Volante）”派枢机势力亦续存。当时天主教阵营两大强国西班牙与法兰西皆属意罗斯皮利欧西，加之以法兰西大使贿赂亚历山大七世之侄弗拉维欧·齐吉（英语：Flavio Chigi (1631–1693)）枢机同意支持，最终罗斯皮利欧西就被选举为教宗。各方基本都认为此次选举秘密会议得出之教宗人选适当。
亚历山大七世当选教宗之初极力避免裙带关系，亦不愿意任命侄子枢机。不过在枢机团成员劝说之下他最终妥协，将几位家族成员引入政府，并任命了侄子枢机。
教宗国与法兰西之关系于亚历山大七世在位期间恶化。1664年，因时任法兰西驻圣座大使（英语：List of French ambassadors to the Holy See）与教宗国军对峙，法国出兵占领阿维尼翁，直到亚历山大七世道歉才离去。时任法兰西政府首脑、国家首席大臣（英语：Chief minister of France）儒勒·马萨林枢机进一步敦促亚历山大七世多擢升法兰西出身者为枢机，不过他并未照办。亚历山大七世在任内总计擢升了40位枢机，其中33位来自意大利。
枢机团中有一派枢机名为“飞行小组（英语：Squadrone Volante）”，兴起于1655年选举秘密会议；他们不遵从特定世俗君主，而是支持任何势力所推举对教宗职务有利之候选人。瑞典的克里斯蒂娜女王改信天主教、放弃王位以后移居罗马，是“飞行小组”派之世俗支持者，她并与该派系领导者德乔·阿佐利诺（英语：Decio Azzolino）枢机过从甚密。
亚历山大七世驾崩之时，枢机团处于满额状态，共有70位枢机；有二位枢机随后逝世，另有四位枢机来不及抵达罗马，因此出席此次选举秘密会议之枢机仅有64位。自1605年两次选举秘密会议以来，参与选举秘密会议之枢机数量长年逾60位，拥挤问题因而浮上台面。由于此前选举秘密会议之拥挤以及数位枢机之死亡，枢机团曾辩论是否将会议地点续设于梵蒂冈，不过年长的枢机们坚持如此设置。
出席此次选举秘密会议之64位枢机中有34位由亚历山大七世擢升，这34位枢机中又有十位不接受亚历山大七世之侄子枢机弗拉维欧·齐吉（英语：Flavio Chigi (1631–1693)）枢机的领导地位，他们认为齐吉之生活方式不合时宜。另有16位枢机由乌尔巴诺八世擢升，他们都同意由乌尔巴诺八世其中一位侄子安东尼欧·巴贝里尼（英语：Antonio Barberini）枢机带领。这两个派系主导了选举秘密会议，而余下之枢机选举人，包括法兰西阵营八位枢机选举人、西班牙阵营六位枢机选举人以及“飞行小组”派11位枢机选举人等，多选择支持其中一派。
自选举秘密会议初始，朱利欧·罗斯皮利欧西（Giulio Rospigliosi）枢机即被视为最具机会当选教宗之“潜在教宗（英语：papabile）”，且没有受到任一派别之反对。法兰西方面最初隐瞒了他们对罗斯皮利欧西的支持，提名西皮欧内·潘诺切斯齐（英语：Scipione Pannocchieschi d'Elci）枢机为教宗，希望借此诱导原已与罗斯皮利欧西关系良好之西班牙支持罗斯皮利欧西。不过，西班牙方面最初属意的是乌尔巴诺八世另一位侄子弗朗西斯科·巴贝里尼（英语：Francesco Barberini (1597–1679)）枢机。除此之外，原本还有一位有力的候选人吉罗拉莫·法尔内塞（英语：Girolamo Farnese），但“飞行小组”派枢机无意拥护他，因此真正有机会当选教宗者仅剩罗斯皮利欧西与潘诺切斯齐二位。潘诺切斯齐虽获得弗拉维欧·齐吉之支持，不过部分选举人认为他过于“热心”了。
罗斯皮利欧西在选举秘密会议前几轮投票中最多仅获得十票支持，6月20日早上第一轮投票时他甚至只拿到五张支持票。在第一轮投票与傍晚第二轮投票之间，时任法兰西驻圣座大使夏尔·戴伊（英语：Charles d'Albert d'Ailly）答允给予齐吉来自法国的“财务支持”，齐吉遂同意说服其阵营之枢机支持罗斯皮利欧西。于是在傍晚第二轮投票中，罗斯皮利欧西获得了61票支持，当选为教宗。当选后，罗斯皮利欧西取名号为克莱孟九世。他是至今最后一位来自托斯卡纳的教宗。选举秘密会议结束以后，法兰西与西班牙方面都认为新教宗人选适当。
