民国110年（2021年）辛丑梅竹赛为第五十三届国立清华大学与国立阳明交通大学之间的梅竹赛，于2021年3月5日至3月7日举行。本届赛事由国立阳明交通大学主办，国立清华大学协办，赛事口号为“辛竹热血添意气，丑梅相争共辉煌”，此为国立阳明大学及国立交通大学两校于2021年2月1日正式合并后的首届梅竹赛。
2020年梅竹赛因2019冠状病毒病疫情停办，2021年梅竹赛恢复举办，但因多项争议，包括棒球赛清大提出梅竹赛赛程与大专杯冲突，延期无共识；以及羽球赛有阳明交大选手的身份争议，导致清大羽球、棒球队退出比赛，而后多个清大校队声援羽球队与棒球队，相继退出赛事。3月5日开幕式中，清大师长集体缺席声援学生决定，新竹市副市长沈慧虹亦临时取消参加开幕式行程。赛事结果，仅一场正式赛、一场友谊赛、部分表演赛完成赛事，其余在清大退出比赛情况下无法进行，亦无产生总锦标。
赛前羽球与棒球爆发争议，双方论点与结果如下，结果清大羽球与棒球队双双退出梅竹赛。
在羽球与棒球项目爆发争议后，清大羽球、棒球队宣布退赛，清大6个运动项目校队包括桌球、网球、女排、男排、女篮、男篮等亦宣布声援羽球、棒球队，退出比赛。清大校方在脸书发文表示，同学们做了艰难而了不起的选择，梅竹赛是一项重要的教育洗礼，在痛苦的选择中学会孰轻孰重，支持同学。阳明交大校长林奇宏则表示，清大校长贺陈弘有事先向他表达，将不会出席开幕式的决定，尊重他的决定，希望两校球队仍能参与赛事，使梅竹赛能完美落幕。3月5日开幕式中，清大师长集体缺席声援学生决定，新竹市副市长沈慧虹因争议也临时取消出席。原安排由阳明交大校长林奇宏及清大校长贺陈弘共同敲锣宣布开赛，因贺陈弘未出席，由阳明交大校长林奇宏与阳明交大校务长李大嵩上场敲锣，闹僵的局面为梅竹赛史上头一遭。
正式赛仅棋艺（象棋）完成比赛，其余均在清大退出下无法进行比赛。多项表演赛完成比赛，女桌清大退出比赛，垒球宣布停赛。桥艺赛由正式赛改为友谊赛。
