巴拿马国旗是代表中美洲南端巴拿马共和国政府的合法国旗。这面旗帜也是巴拿马共和国境内最为人知的国家象征。巴拿马国旗是一面分为4个部位的2:3比例长方形：左上角为白底与五角海蓝星；左下角为海蓝底；右上角为红底；右下角为白底与五角红星。
蓝色代表自由党、红色代表保守党，两党为巴拿马主要党派。白色则代表两党团结互助。左上方的白底蓝星代表忠诚和廉洁，右下方白底红星代表法律的权威。十字线分隔成四块的设计方式，代表巴拿马位于南美洲、北美洲、大西洋、太平洋四个地域的交界处。红蓝白三色为沿用支持巴拿马独立的美国星条旗颜色。
在每年的11月4日，即巴拿马独立节（）的后一天，还单独庆祝一天的国旗节（Día de la Bandera），一全国性节假日。在这国庆期间，巴拿马的首都巴拿马城会有军事阅兵与大规模的国庆游行，向着巴拿马国旗致敬。
1793年
1786年—1821年
1821年—1830年
1830年到1834年5月9日
1834年5月9日到1861年7月26日
1855年—1863年
1863年—1886年
1861年11月26日至1903年11月3日
1903年11月
目前为1903年12月20日至今，并经1904年第64号法律批准。
到1821年为止巴拿马是西班牙在美洲的殖民地之一。1821年巴拿马加入到了西蒙·玻利瓦尔所建立的大哥伦比亚共和国，与南美洲的邻国哥伦比亚共和国形成了联盟关系。自1821年联盟的形成至1903年巴拿马宣布独立期间，巴拿马使用了哥伦比亚的国旗。但在哥伦比亚旗帜中央的盾牌下，绣有“地峡领域”（Departamento del Istmo）的字样。这代表着巴拿马当时仅被哥伦比亚政府视为一个领域管理。1855年至1885年间，巴拿马境内不少脱离哥伦比亚的独立运动得到了兴起。巴拿马的名称从“地峡领域”改为“巴拿马联邦州”（Estado Federal de Panamá），国旗盾牌下的字纹也随着改成了“巴拿马州”（Estado de Panamá）。1885年后，又改为“巴拿马省”（Provincia de Panamá）的字样。
巴拿马地峡领域
巴拿马联邦州
1903年10月，巴拿马脱离哥伦比亚的前一月，即将成为巴拿马共和国领导人的菲利普·瓦里拉在去纽约的旅行中，献给巴拿马独立运动领袖曼努埃尔·阿马多尔·格雷罗他自己设计的新巴拿马共和国国旗。但此旗并未被采纳。
1903年11月，巴拿马独立，遂采用白底红蓝星加红蓝色块旗，次年国旗图案作出调整。
玻利维亚蒙特罗市市旗采用白底加红绿色块旗，右下角为白底与五角金星，左上角则为白底和红色十字架，旗面设计类似于巴拿马国旗。
