日本棋院（日语：一般公益法人日本棋院／いっぱんこうえきほうじんにほんきいん ），是日本最大的围棋管理组织，并负责组织各种棋战。总部位于东京都千代田区，另在名古屋和大阪设有中部和关西总本部。目前，日本棋院辖下棋士约300名。
日本棋院成立于1924年，由当时最大的两个围棋组织本因坊门和方圆社在大仓喜七郎的支持下合并而成。日本棋院成立后，先后同棋正社、吴清源和围棋新社等组织或个人产生竞争。1950年，以桥本宇太郎为首的关西部分棋士脱离日本棋院，自创关西棋院。
明治维新以后，失掉幕府作后援的围棋界不断重复分裂、合并、再分裂的情况。1872年村濑秀甫成立第一个现代化职业棋手的团体方圆社，与封建并墨守成规的本因坊家家督维持很长时间的对立局面。1923年大正年间发生导致90000人死亡的关东大地震，出现了使棋手们团结一起的契机。1924年，本因坊秀哉门下坊门的棋手以及方圆社大多数的棋手响应大仓喜七郎的召集，使日本棋院成立。
不久，棋正社的独立，多少令日本棋院感到不安，但之后的新布局方法发表，并且围棋的关注度上升，使体制得以坚固。
第二次世界大战时，1945年的东京大空袭在赤坂区（现港区）赤坂溜池的棋院本部被烧毁，遭受了很大的损害。战后濑越宪作、岩本薰马上以重建为首要目标。1948年，新的棋院会馆在港区高轮成立，日本棋院的重建顺利完成。
1947年，坂田荣男、梶原武雄等八位棋手另外成立“围棋新社”，但是在1949年再度合并。在1950年，当时以拥有本因坊宝座（1936年已由世袭制改为比赛制）的桥本宇太郎为首成立了关西棋院。桥本于翌年的本因坊战以1-3的大逆转防卫了坂田的挑战，保著头衔，保护了关西棋院的独立。之后有再度合并的声音传出，但因段位的调整（主要，日本棋院方面）以及财政问题而没有实现。在桥本成立关西棋院后，同年日本棋院在关西成立了关西总本部与之抗衡。1940年成立东海支部，1948年升格东海本部，1955年再升格中部总本部。另外在欧洲、美西、纽约都设有围棋中心，在南美洲则有南美本部。
1971年，在千代田区五番町的市谷车站前建设了现在使用的新会馆。之后尽管曲折，但在世界围棋界中，现在仍占据着重要的地位。但是1990年代以后持续的财政赤字，加上围棋人口的减少（2007年约240万个围棋爱好者）。（出自“休闲白皮书（日语：レジャー白書）”），国际棋战中日本棋手的不振，使现状问题堆积如山。
2011年成为公益财团法人。
