李士元（1587年—1638年），字德一，号青屿，山东金乡县人，明末官员。
李士元于万历四十七年（1619年）考中己未科庄际昌榜进士，与马士英、袁崇焕同年。授顺天府永清县知县。永清地近京师，当地多有在朝太监亲眷，横行乡里。士元到任后，严惩凶徒，毫无顾忌。天启二年（1622年），改知固安县，亦深得民心。不久即因性格刚直，忤逆上级而被降调为南京锦衣卫知事。
崇祯改元，李士元被启用为山西司理，负责诉讼。任内刑狱一清。上级知其刚正，派遣出巡，很多冤案被平反。有人获释后感激士元恩德，以进茶为谢礼，内藏黄金。士元察觉后，立即召集乡老及送礼之人，当面指出：“我释汝罪，公也；今以金馈，翻成私矣。且既感我，何污我也？”其人羞愧不已，叩首抱金而去。后来经过保举，士元进京在刑部任职。边境报急，京师戒严，士元转户部，前往大同管理军饷。当时军事繁杂，士元日夜操劳，呕心沥血。回京复命之时，当地人依依不舍，送出十余里。
士元重返京师，升任户部员外郎，转郎中。其时官员结党严重，有人劝士元加入某党，可保仕途无虞，被其断然拒绝。崇祯四年（1631年），士元出任河南汝宁知府，任内律己奉公，爱民如子。次年，因丁忧返乡。由于为官清廉，无钱为亲人出丧。士元悲伤不已，竟因此病卒。年五十一岁。《金乡县志》有传。
