本山（日语：本山／ほんざん */?）是日本佛教用语，指于特定佛教宗派内，被赋予特别地位的寺院，等同为该宗派的大本营或根据地。
其中分别有：总本山、大本山、别格本山、本山这几个不同地位区别，不同宗派各自的用法会有所差异，亦有完全不使用者。
另外，在日本亦时有用于形容佛教以外的宗教，例如“バチカン市国はカトリックの総本山で…（梵蒂岡是天主教的总本山……）”这样的使用。
台湾佛教亦有此用语，如法鼓山、佛光山和灵鹫山等。
在台湾民间信仰中，北港朝天宫在日治时期被称为“全岛妈祖的总本山”。
进入江户时代后，对净土真宗感到棘手的幕府，为统制宗教而实行本山、末寺制度（本末制度）。1632年，德川家光命令以心崇传向各宗派要求“本末帐”，次年各宗完成了对各自所管辖的末寺的统计而完成了末帐，最终确立了本山末寺制度。各本山必须负责管制其末寺，幕府只需通过对各宗派本山的统制，即可以达到统制佛教界全体的效果。
日本的传统佛教宗派（指近世以前成立），在第二次大战以前公认13宗56派。13宗指奈良佛教系的3宗（法相宗、华严宗、律宗）、平安时代初期成立的天台宗和真言宗、平安时代后期到镰仓时代成立的净土教系4宗（融通念佛宗、净土宗、净土真宗、时宗）、禅宗系2宗（临济宗、曹洞宗）和日莲宗、近世初期成立的禅宗系的黄檗宗。战时体制下，宗教团体法（1939年公布、1940年施行）施行，为了宗教统制，进行宗派统合，过去的56派整理成28派。1945年（昭和20年），宗教团体法废止以后，许多过去的宗派重新复活，同时从既成的宗派分离产生许多新教团。
参照天台宗和真言宗醍醐派。
