努纳武特地区旗是加拿大努纳武特地区的官方旗帜，于1999年4月1日（即努纳武特地区成立当日）开始使用。旗帜左侧为黄色，右侧为白色，中央是一个红色因纽特石堆，右上有一颗蓝色五角星。蓝色和黄色代表陆地、海洋和天空所带来的财富，红色则代表加拿大。旗帜中部的因纽特石堆是因纽特人为了指引方向或标识地点而竖立的地标，右上的蓝星则象征当地居民的传统导航指标北极星（Niqirtsuituq），代表因纽特社区长老的领导地位。
在努纳武特地区成立之前，努纳武特执行委员会率先于1995年成立代表物委员会，以便进行区旗和区徽的设计工序。代表物委员会走访了努纳武特地区拟定辖界内数处聚落，咨询居民意见并了解当地文化。代表物委员会从1997年5月至1998年2月间举行区旗和区徽设计比赛，从全国各地收集逾五百份区旗设计。在当地原住民长老和艺术家的协助下，代表物委员会于1998年4月选出十份入围区旗设计，再从该批入围作品中抽取元素，拟定五份区旗设计草稿。
努纳武特执行委员会于1998年6月25日从该五份草稿中选出区旗设计最后定案；当地艺术家安德鲁·卡皮克（Andrew Qappik）其后前往渥太华与加拿大纹章局人员落实区旗设计的细节，经此修订后的区旗设计于同年9月获执行委员会通过。区旗设计于同年10月获时任加拿大总督罗密欧·勒布朗（Romeo Leblanc）批准，而执行委员会则于同年11月23日宣布区旗设计获女王伊利沙伯二世御准。区旗设计其后一直保密，直至1999年4月1日的努纳武特地区成立典礼上才首度对外公布；这面旗帜于当日正式成为努纳武特的区旗。
