武卫军是清朝的一支现代化军事编制。它于光绪二十五年（1899年）5月或6月由步兵、骑兵和炮兵组成，由西方军事顾问训练。他们负责守卫北京和紫禁城，以兵部尚书协办大学士荣禄为总统。创立此军是清廷在甲午战争失败后创建装备新式武器的西式军队的尝试。2年后，因义和团运动造成的损失，五军中的三军被解散。
慈禧太后软禁光绪帝后，在清廷掌握最高权力。总理衙门大臣、兵部尚书荣禄于二十四年（1898年）奏设武卫军，随后奉命从聂士成、宋庆、董福祥和袁世凯各自所部重建一支9万人的军队。
武卫军由五军组成，也有的资料称之为五个团：左、右、前、后、中。
其中，“当时最强大的”是保温处道袁世凯的右军，仅仅是他1895年组建的新建陆军的重组，采用日式训练。聂士成的由德国军事顾问训练的前军列第二。此两军享受现代化步兵军事系统和训练，其他三军仍用传统八旗体系。在训练期间，虽然整个武卫军都有相同的新式武器，但不同军之间的英勇差异显现出来。
武卫军建立前，聂士成的前军三十营被称为“武毅军”，宋庆军称“毅军”。他们彼此相似地装备毛瑟枪和马克沁机枪。
董福祥率领一支穆斯林勇士军队，当时被西方取绰号为“一万个伊斯兰暴民”。在中国，董军通常被称为“甘军”，以多数士兵的来源地甘肃省的简称命名，英语资料常称之为“甘勇”。
荣禄奉敕获得全部武卫军名义上的统领权。他最初的任务是把四军吸收进武卫军。荣禄后来加入了主要由满洲旗人组成的编制——中军一万人，以自己为总统。
荣禄以前军驻芦台，后军驻蓟州，左军驻山海关，右军驻小站，中军驻南苑。
孔繁琴曾作为文童投效武卫军。
二十六年（1900年），义和团二万人聚集天津，遇到武卫军就辱骂甚至杀害，聂士成约束部下不要妄动。荣禄担心生变，派人骑马带信慰解，称武卫军军服西化，容易被误会。聂士成回信称“拳匪（义和团）害民，必至害国，我身为提督，境内有匪不能剿，如何履职？”乃郁郁驻杨村观变。武卫前军与义和团不合，阻击八国联军时仍互相杀伤，最后聂士成殉国。
七月，李秉衡帮办武卫军事，张春发、陈泽霖、万本华、先锋左翼长夏辛酉诸军并听节制。李秉衡、夏辛酉等未与外军交战即溃败。李秉衡败亡，由刚毅帮办武卫军事。
在对抗八国联军的战斗中，前、后、中军都遭受惨重伤亡，在辛丑条约签订后都被解散。右军留在山东省镇压义和团，因没有对抗外军，力量保持完整。左军虽然与八国联军作战遭到战斗损失，尚存一万多人。
1899年3月，义和团之乱前，马玉崑和姜桂题成为宋庆左军的协统。
二十七年（1901年），岑春煊改革山西省兵制，仿北洋武卫军制，建立常备军、续备军。
