邱小妹事件是一起发生于2005年1月10日，因为医疗制度失衡以及台北市灾难应变指挥中心的指挥调度失当加上家暴，最终导致一条幼小的生命就此葬送之事件。
该案的发生，凸显出当时台湾医疗体系间转诊制度之问题；另外也有人开始反省台湾医师的医学伦理是否出了问题。该案最终使卫生署重新统整台湾的急诊救护医疗体系，订立了所谓的“邱小妹条款”，将台湾6大医疗区域的医疗院所分三级，明定院内资源调度、院外转诊的制度规范，借此来避免“医疗人球”事件的再次发生。
邱小妹的父亲，邱光仁，平时并无固定收入，且具有酗酒的习惯。邱小妹的母亲因为怀了邱小妹，因此和邱光仁结婚。婚后邱光仁仍无正常工作，皆靠着打零工来维持一家三口的生计。尽管如此，其酗酒之恶习依然存在，且经常于酒后对妻小施暴。
2005年1月9日晚间6点左右，邱光仁带着女儿至友人处饮酒，迄至晚间10点离去，便与邱小妹搭公车至国父纪念馆，应邱小妹之要求，带着邱小妹至对面的麦当劳玩乐直至晚间11点，便准备带着邱小妹搭公车返家。两人步行至国父纪念馆附近之7-11统一便利商店时，邱光仁又于该处与人喝酒聊天，当时由于邱小妹已有睡意，于是邱光仁便抱着邱小妹继续饮酒。
邱光仁饮酒完毕后，便准备要离去，约莫1月10日凌晨1时20分，因为感到手酸，便将年仅4岁的邱小妹放下要他自行走路，然而邱小妹因为睡意正浓，因此而有所哭闹。邱光仁因不耐邱小妹之吵闹，因此便甩了邱小妹几个耳光，又抓着邱小妹的头发予以殴击，直至当时便利商店之店员听到玻璃撞击声，出来查看后，发现事态不寻常，便报警处理。
救护车于凌晨1时55分时赶至，并将邱小妹送至联合医院仁爱院区的急诊室，随即由当日的值班护士进行伤检分类后，判断应分类为第一级应优先处理之病患，由当时之急诊科医师加以诊治，其判断邱小妹受有脑伤，昏迷指数为7分（满分为15分，最低3分），随即对之施行高级外伤救命术。待邱小妹生命征象稳定后，便立即安排电脑断层扫描检查，并于凌晨2时5分联系该院区神经外科当日第一线值ON CALL班（即后续待命班，不须强制留置院区）之林致男医师要求会诊。
林致男医师鉴于医院并没有多余病床，邱小妹于脑部紧急手术后无法进行术后监看与照护，因此不需亲自至仁爱院区急诊室对邱小妹加以诊治，亦不需到仁爱院区以电脑PACS系统观看邱小妹的电脑断层扫描影像，直接建议邱小妹转院。
于是，台北市灾难应变指挥中心便开始协助邱小妹转院，然而经连络后，发现当日台北地区并无多余的神经外科加护病床可以收治邱小妹。凌晨4时5分，当日于急诊室医治邱小妹之医师便告知林致男上述情事，并询问林致男可否在仁爱院区急诊室加设加护病房，让邱小妹在仁爱院区进行紧急手术。但林致男仍以仁爱院区术后照顾设备不足，建议邱小妹转院，并于凌晨4时14分打电话和仁爱院区神经外科主治医师刘奇桦讨论应如何处置，仍决定将邱小妹转院。
仁爱院区值班护士于是便联络台北地区及桃竹苗地区各医院是否有可能收容邱小妹，然而各院均表示无法收容，护士于询问无果后，思及台中县梧栖镇之童综合医院硬件设备良好，便于4时23分联络该院，该院表示有神经外科加护病房，遂由急诊室医师决定将邱小妹转至童综合医院，并于凌晨5时15分备妥加护型救护车，将邱小妹转诊，并于7时25分送至童综合医院。
于童综合医院医疗期间，虽经该院相关科别所组成之医疗团队倾全力治疗，然而邱小妹脑干功能逐渐丧失，经医师分别于1月23日10时20许、14时5时许完成脑死判定程序，邱小妹最终因脑部遭钝挫伤致急性硬脑膜外腔出血，最后因中枢神经性休克而死亡。最后在家属的同意下，邱小妹的肝脏和肾脏捐献给其他有需要的人。。
就邱小妹父亲，邱光仁的部分，其后经台北地检署以“台湾台北地方法院检察署94年度侦字第1308号”起诉书予以起诉，并经台北地方法院94年度少连重诉字第1号判决以伤害致人于死罪判处有期徒刑12年，其后并经台湾高等法院94年度上诉字第2398号判决、最高法院95年度台上字219号判决驳回上诉后确定。
爆发震惊社会的“邱小妹医疗人球事件”，邱姓父亲被依伤害致死罪判刑12年，2013年假释出狱后，又对女密友的11岁女儿2度性侵害，台北地院一审认为他犯行恶劣，依2个加重强制性交罪，各判他8年有其徒刑，合并执行14年徒刑，全案还可以上诉。
至于就林致男和刘奇桦两位医师的部分，由于两人于当时舆论压力下，院方进行内部调查时为了卸责，捏造了当天的检查状况以及诊断过程、伪造病历，因此台北地方法院于94年度医诉字第5号判决中判处二人共同犯业务登载不实文书罪，各处有期徒刑4个月，得易科罚金。而就业务过失致死罪的部分，则因为罪证不足，故判处二人无罪。
当时该事件遭媒体揭露时，台湾舆论一片哗然。首先，两位医生被批评缺少“医德”，其在值班时间内擅离职守，未亲自对病人加以诊断就决定转院，致使病人错过了急救的最佳时机。不过如果追查实际情况，医生是做出正确诊断，错误的是制度及资源不足，舆论不就整体医疗制度及资源不足加以改善，只会对医师做出错误的要求，无助于提升整体医疗品质。事后，台北市医师惩戒委员会曾开会讨论惩处办法，联合医院仁爱院区神经外科主治医师刘奇桦被停业三个月，总医师林致男被停业六个月，二人均需接受20小时的医学伦理教育。
另外一个受到关注的焦点是，作为台湾医疗资源最丰富的大台北地区，竟发生了脑神经外科病房遍寻无著的现象，且经台北区医疗网紧急应变中心调度未果，致使重伤病人遭到四处转送，最后在150公里外的中部滨海医院才得以就诊开刀。时任台北市议员的李文英以仁爱院区1月10日的患者登记簿为据，指出院方有多个急诊的床位可以紧急调动。另外，李文英、蓝世聪亦对市府方面的调度提出了质疑，指出市府亦可在同样为市立医院如联合医院其他院区或万芳医院等为邱小妹提供安置。
在政治方面，邱小妹事件也为当时的台北市政府带来了一场危机，有舆论指市府在此事件上处理失当。马英九市长至台北市议会国民党团说明时，甚至有议员不满地表示：“一件事实调查有三次结果，市府不是昏迷指数三，根本是已经脑死了！”
