吕留良（1629年－1683年），别名光轮，字用晦，又字庄生，号晚村，别号有耻斋老人、耻翁、吕医山人、南阳布衣等，暮年剃发出家，法名耐可，字不昧，号何求老人。浙江嘉兴府崇德县（今桐乡市崇福镇）人，明末清初思想家、医学家。著有《东庄诗存》、《晚村先生文集》等等。
出身士人，本生祖吕熯娶明淮庄王朱祐楑长女南城郡主，为淮府仪宾。父吕元学，母杨氏。吕留良于崇祯二年（1629年）正月二十一日生于浙江嘉兴府崇德县登仙坊祖居，而生父已经在前一年的九月过世，因而一出生就需服丧。少时由三兄吕愿良夫妇照顾，后来三嫂去世，便过继给了堂叔吕元启为嗣。但在十五岁前，吕留良的生父、生母、嗣父、嗣母相继去世，“未尝脱衰绖”。
年轻时，吕留良师从徐甘来学习四书，读过朱熹的《四书集注》便笃信不疑。博学多艺，有二十四绝技，又有嗜砚之癖，黄宗羲曾赠给他一方八角砚。崇祯十七年（1644年）甲申之变发生，吕留良得知之后哭声震天、悲痛欲绝，有人劝他何必如此自苦，吕留良回答说“今日天崩地坼，神人共愤，君何出此言也”。并且从此鄙薄诗词歌赋，将从前的作品一并烧毁，“以遂其志义”。
弘光元年（顺治二年，1645年），清兵南下，江南各地抗清斗争此起彼伏。吕留良曾同侄子吕宣忠（1625-1646）参加抗清义军，从吴昜于太湖中。后来水师败绩，吴昜、吕宣忠被俘，吕留良亲自送侄子上刑场，为此“咯血数升，几绝”。后来回忆说：
甲申以后山河尽，留得江南几句诗。
大约在顺治五年（永历二年，1648年），吕留良结束流亡生活回到崇德，但内心处于极度苦闷之中。顺治八年（永历五年，1651年）前后，三兄吕愿良和知交孙爽先后去世，吕留良“落魄不自振”。
顺治十年（永历七年，1653年），易名为吕光轮参加科举考试成为诸生，“每试辄冠军”，以至于后来曾静案时雍正皇帝说他“岁科屡试，以其浮薄之才，每居高等，盗窃虚名，夸荣乡里”。而在后来，吕留良为了这次出试的经历后悔半生，屡以“失脚”作为譬喻。此后以行医、出版为生，浪迹于江浙之间。与此同时，和江南的明遗民有颇多来往，与钱谦益、黄宗羲、黄宗炎、朱洪彝等人熟识，曾经“散万金之家以结客”而资助抗清势力。曾于顺治十八年（永历十五年，1661年）三月到常熟，为钱谦益祝贺八十岁生日。钱谦益将他改字为“留侯”，并且写了一篇《吕留侯字说》，期盼他能像张良报韩刺秦那样反清复明。
康熙三年（永历十八年，1664年），与黄宗羲等人再访常熟，视钱谦益病笃而终。同年，东南抗清名帅张煌言被俘，于九月七日在杭州就义。吕留良作诗哀悼，并与万斯大设位祭奠，根据其遗愿将之葬在杭州南屏山麓。
康熙五年（永历二十年，1666年），嘉兴课试诸生，吕留良身为秀才也在被试之列，却提前谒见县教谕陈执斋，对他说“予从此不复为诸生矣，敢辞”，并且出示了此前写成的《耦耕诗》第二首：
陈执斋最终同意了吕留良的请求，并与他多番次韵酬答，甚至成为儿女亲家。吕留良被除名后，“一郡大骇”，但本人却“怡然自快”，并且说“自此，老子肩头更重矣”。
吕留良与黄宗羲初时交善，思想议论互为辩驳，多见于吕著的《四书讲义》与黄著的《明夷待访录》。不过在康熙五年（永历二十年，1666年），两人因购书等事而生龃龉，于大约康熙九年（永历二十四年，1670年）之后近乎绝交。亦同张履祥、陆陇其等人有学问上的切磋。
入清以后，吕留良致力于评价八股文，因之推崇尊朱贬王的思想，至康熙十三年（1674年）而止。此后专心刻印朱子遗书，提倡朱子之学。并不愿与仕清的原明朝官员交往。
康熙十七年（永历三十二年，1678年），清廷下诏征辟博学鸿儒，浙江全省“屈指”推荐吕留良。吕留良以“自誓必死”的态度坚辞不就，最终“得免”。康熙十九年（1780年），清廷再次征辟隐逸，吕留良不得已剪发为僧，僧名耐可，字不昧，号何求老人，自嘲只是一个“村野酒肉和尚而已”。
吕留良所做的诗文，每多对明清异代的感慨，及希望在有生之年等看到有人能如同明太祖一样推翻清朝统治。偶尔作文自娱，其文有双关云：“清风虽细难吹我，明月何尝不照人？寒冰不能断流水，枯木也会再逢春！”
康熙二十二年（永历三十七年，1683年），八月十三日，卒于家中。同年，施琅攻取台湾，“明朔始亡”。
后来，湖南人曾静在阅读吕留良的著作之后大受激励，在雍正六年（1728年）派遣弟子张熙游说川陕总督岳钟琪反清，被告发下狱，酿成了轰动一时的吕留良案。雍正帝亲作《大义觉迷录》一书，与吕留良等人的“悖逆之言”颁行全国。并在雍正十年（1733年）十二月十二日，下诏，吕留良和其子吕葆中剖棺戮尸，子吕毅中斩立决，孙辈流放宁古塔为奴。著作则被焚毁。而曾静、张熙则被雍正留名，用以在全国宣传《大义觉迷录》的有关思想，但在雍正帝死后85天即被刚刚登基的乾隆帝凌迟处死。
民间同情吕留良，虚构其孙女（一说女儿）吕四娘将雍正帝以血滴子刺杀，夺其首级而去。
乾隆以后，中国的学者几乎谈吕色变。但吕留良的学说远播朝鲜王朝等地，朝鲜的使者到中国便常常会问起“吕晚村何如人”、“吕晚村文集有无”之类的话题。
在清朝末年，吕留良的著作对辛亥革命起到了推动的作用。如章太炎即曾表示，他十六七岁读到吕留良、曾静一案时“怅然不怡”，滋生“春秋贱夷狄之旨”，后来担任东三省筹边使时还专程到齐齐哈尔祭奠吕留良。辛亥革命胜利后，浙江都督汤寿潜将杭州西湖的彭公祠改为三贤祠，专祀吕留良及张煌言、黄宗羲。
长子吕葆中，名公忠，字无党，号冰葭，早先师从黄宗羲。吕留良反对儿子出仕，曾告诫他“父为隐者，子为新贵，谁能不嗤鄙”。不过，吕公忠在吕留良去世之后还是出仕，康熙二十六年（1687年）纳监入场，康熙三十五年（1695年）乡试终局，康熙四十五年（1706年）榜眼及第。
吕留良的后嗣部分被流放宁古塔，多以塾师、医药及商贩为业，遍及黑龙江地区，被称为“老吕家”。
在学术上，吕留良推崇朱子与四书，认为“舍四子书之外，亦无可讲之学”，“救正之道，，必从朱子，求朱子之学，必于《近思录》始”。同时还将阳明心学的流毒当做是造成明亡的重要原因。
吕留良极为看重春秋尊王攘夷的大义，认为要比君臣之义更加重要：
