瘟疫医生（Plague doctor）是中世纪时期负责治疗黑死病患者的医师。当时流行病肆虐严重的欧洲城镇往往会自行聘雇这些医师来减缓瘟疫扩散的状况。他们的薪资是由城镇政府支付的，因此瘟疫医生的治疗对象不分贫富贵贱。然而，部分瘟疫医生会私下向病人或其家属索取额外费用，并提供特殊疗程；有些医生更会以错误的疗法来治疗病患。受聘为瘟疫医生者通常都是没有受过专业训练或临床经验不足的外科医师，但也有经验老道的医师由于事业无以为继而成为瘟疫医生的例子。有些年轻医师亦视担任瘟疫医生为快速建立名声的捷径。
根据他们与聘雇人间的契约，瘟疫医生负责治疗黑死病病患，并会获得“市聘瘟疫医生”或“区聘瘟疫医生”的头衔。
鼠疫的第一次大流行发生于6世纪中叶，史称查士丁尼大瘟疫。但有史以来规模最大的传染病是14世纪时于欧洲爆发的黑死病。中世纪时期，鼠疫造成城镇人口大量流失，并进而导致经济灾难。因此，社区内的瘟疫医生地位较高，并得到许多特权。举例而言，为了对抗疾病，瘟疫医生可以自由且不受限制地验尸；而这在中古欧洲仅这一职业有此特权。
由于瘟疫医生非常稀缺，因此许多不法之徒经常以他们的性命作为勒索城镇的筹码。举例而言，当巴塞罗那于1650年派遣两名瘟疫医生前往支援托尔托萨的疫情控制时，歹徒便于半路绑架了他们，并向巴塞罗那要求赎金。巴塞罗那也应歹徒要求支付了赎金，以拯救这两名瘟疫医生。奥尔维耶托市于1348年支付了高出市价四倍的薪资以聘请马修安杰洛（Matteo fu Angelo）担任该市的瘟疫医生。当时的教宗克雷芒六世更额外聘请了许多瘟疫医生，并将他们派至法国亚维侬治疗当地的病患。在威尼斯本来有18名瘟疫医生，到了1348年仅剩一名：其中5名因身染瘟疫而死亡，另外12名则下落不明，并很可能已经逃往别处。
部分的瘟疫医生会穿着特殊的服装，但不是所有的瘟疫医生都会这么打扮。这套服装是由查尔斯·德洛姆于1619年发明的；它们最早出现于巴黎，但稍后流传到整个欧洲。瘟疫医生服装具有保护作用，其长袍大衣是以多层布料编织而成，外层还有涂蜡，厚重密不透风的长袍可以保护医生不会直接碰触到患者，涂蜡的布料也能避免有传染性的跳蚤或患者血液吸附沾染在衣物上。特殊设计的面具也是有其功能性的，面具在眼睛处装有透明玻璃，可以隔绝患者与尸体的组织液、血液或飞沫，前端还有一个像鸟喙的凸起，内填有能散发芳香的物质。芳香物质包含龙涎香、蜜蜂花、留兰香叶、樟脑、丁香、鸦片酊、没药、玫瑰花瓣以及苏合香等等。这些物质被认为可以保护医师免受瘴气的侵害（当时还不知道其实是飞沫与空气中的鼠疫杆菌），这些香料也能稍微减缓尸体与病患坏死组织发出的恶臭，多少还能避免原发性肺鼠疫的飞沫传染风险。瘟疫医生会使用一种木制的拐杖状指示棒来检测患者状况，而不必接触感染源。这种指示棒同时也用于鞭打病人以赦免他们的罪，因为当时的人们相信罹患瘟疫是上天的惩罚，而唯有透过鞭笞，病人才能从原罪中获得救赎。
当黑死病于14世纪在欧洲蔓延开来时，瘟疫医生除了照顾病患外，也会从事公众服务，主要是替政府或管理当局记录因瘟疫而死亡的患者人数。
在部分如佛罗伦斯及佩鲁贾等欧洲城市内，也会要求瘟疫医生检验患者的遗体，以厘清死亡原因以及瘟疫的致命性。瘟疫医生也成为黑死病时期无数遗嘱的见证人。在某些案例中，瘟疫医生甚至会给予患者建议，并指导他们如何面对死亡。这种建议会因病患不同而有所差异，而在中世纪时期过后，医生与病人间的关系亦逐渐受到越发复杂的职业道德及伦理所约束。
瘟疫医生会以替患者放血，或是其他如将蚂蝗、青蛙等生物放置于患者的淋巴腺肿上等方式来“重新平衡患者体液”。由于职业的特性，因此瘟疫医生通常不能与大众接触；在部分情况下甚至会隔离他们。
诺斯特拉达姆士是一名著名的瘟疫医生，他曾经提出许多对抗黑死病的医学建议。诺斯特拉达姆士的主要建议包括清除患者遗体、保持新鲜空气流通、饮用干净水源，以及饮用蔷薇果制成的果汁。在他的著作《脂粉与果酱制法》（Traité des fardemens et confitures）A部分第八章中，诺斯特拉达姆士也建议不要替病患放血。
乔瓦尼·文图拉（Giovanni de Ventura）是意大利帕维亚市于1479年时的社区瘟疫医生。
爱尔兰医生尼尔·奥格拉金（Niall Ó Glacáin，1563?～1653）因其在西班牙、法国以及意大利等地不畏瘟疫的死亡威胁而仍英勇行医的事迹而获得敬重。
法国解剖学家安布鲁瓦兹·帕雷以及帕拉塞尔苏斯也都是中世纪著名的瘟疫医生。
