南港学派指中央研究院近代史研究所领导的学派，以近史所位于台北市南港区，故有此称呼。
中央研究院近代史研究所由郭廷以创建，是时所内研究员之任用皆须经郭同意，故新进研究员往往和郭有所渊源：或为郭于国立中央大学任教时之子弟，或为其于国立台湾师范大学历史系任课时之学生。加以所中每两个星期举行一次讨论会，在所中同仁发言完毕后，郭廷以往往给予深刻的总结。年代学、通识通论、以及研究重大问题，三者为郭廷以于中国近代史领域研究治学宗旨；此宗旨，随着其教学、事业生涯，传与其门人子弟。此种种皆使近史所形成以郭廷以为首、具一定学风之学派，外界称之为“南港学派”，对中国近代史学界影响极为深切。
南港学派之优点，学者李国祁认为有四：其一、志学笃实，基础稳固；其二、学术境界高超严肃；其三、讲求方法、求变求新，不墨守传统、冥顽不敏；其四、开创研究经济史、社会史及区域研究的风气。关于其一，郭廷以初创近史所，最重视的便是史料的整理，故研究员往往具深厚的史料基础；南港学派有此优点，无疑为郭氏之功。关于其二，郭廷以常常要求研究员们提高学术水准，对坊间写作不够精当的著作，每予严格批评；研究员阅读此些书籍，亦常遭其指责；如此耳濡目染之下，形成南港学派学术境界严格高峻之传统。关于其三，郭廷以积极推动中外学术交流活动，一定程度上将西方统计学、社会科学方法引入台湾，促成1970年代以后近史所作品居前茅地位。关于其四，近史所早期注重政治、外交史研究，其后因郭廷以主持研究清末自强运动而开始接触到经济史领域；1972年以后“中国现代化之区域研究”展开后，正式进入经济、社会史研究范畴，开创国内社会经济史之研究风气。
南港学派第一代学者，包括郭廷以、张贵永、陶振誉、杨绍震、王聿均、黄嘉谟、李毓澍等七人，以学者王尔敏的看法：南港学派的开创，大致奠定于第一代七位专职学者之手。另外，吕实强、张玉法、陈三井、李国祈、王树槐、王萍、李恩涵、张朋园、刘凤翰、陈存恭、王尔敏等二十四人，他们是南港学派第二代之主体。以黄克武的说法，南港学派第二代的学生辈进入中央研究院，是为第三代的南港学派，此时发生了比较重要的转向，开始有医疗、女性、宗教、族群史学研究等。
