乙型肝炎疫苗（Hepatitis B vaccine），常简称乙肝疫苗。是用来预防乙型肝炎的疫苗。第一剂建议于出生后的24小时内就注射，要视情况决定之后还须追加第二或第三剂。这包括免疫功能不全的患者：例如患有艾滋病的人，或是早产儿。若是身心健康且有定期接种疫苗，则保护力可高达95% 。
高风险族群会建议进行血液检测以确认疫苗的效用。有免疫功能问题的病人可能有追加注射疫苗的必要，但一般民众则大多不需要。曾受到乙型肝炎病毒感染且尚未有健全免疫力的病患，之后追加施打的疫苗应增加乙型肝炎免疫球蛋白（英语：Hepatitis B immune globulin），此疫苗会经由肌肉注射的方式接种。
乙型肝炎疫苗较少会引发严重的副作用，在注射的当下可能会感到些许疼痛。在怀孕或是哺乳期间依旧可以施打疫苗。并没有证据显示乙肝疫苗和格林-巴利症候群有相关性 。现今使用的疫苗是利用DNA重组技术制成的，可以单独使用或和其他疫苗混合施打。
第一种乙肝疫苗是在1981年经美国核准，1986年另一种更加安全的疫苗接着问世。目前此药名列世界卫生组织基本药物标准清单内，同时也是基础医疗里很重要的药物之一。2014年单剂的量贩价介于0.58至13.20美元间，在美国的售价则落在50到100美元的区间内。
若母亲为乙型肝炎带原者，婴儿会在出生24小时内接种乙型肝炎疫苗，并注射乙型肝炎免疫球蛋白（HBIG），若出生后临床状况稳定则越早注射越好。现今很多国家注射疫苗以对付乙型肝炎。有很多国家乙型肝炎感染的几率较高，新生儿接种乙型肝炎疫苗不只可以降低感染的风险，也显著的减少了肝癌的病例。像台湾1984年实施的乙型肝炎接种计划也和其儿童肝癌发生率的下降有关。
在英国，会提供乙型肝炎疫苗给男男性接触人群，这是性健康检查的一部分，在爱尔兰也有类似的措施。许多地区的所有医疗护理人员及相关实验室人员，都要接受乙型肝炎疫苗接种。美国疾病控制与预防中心建议糖尿病病患都接受乙型肝炎疫苗接种。
在首次完成三剂乙型肝炎疫苗注射后一到四个月会抽一次血，检验乙型肝炎表面抗原乙型肝炎病毒表面抗体（anti-hepatitis B surface antigen antibody(anti-Hbs)）的数值是否超过100 mIU/ml 超过则代表个体对疫苗已经产生适当的免疫反应，通常百分之85到90的人注射完疫苗后会产生反应。乙型肝炎表面抗体数值介在10 到 100 mIU/ml 之间视为对疫苗反应不佳，这些人需要在检验出来后再额外注射一剂疫苗，但不需要隔一段时间后再抽血评估。
乙型肝炎表面抗体数值落在10 mIU/ml以内表示个体对疫苗不反应，这些人在抽血检查以排除是否过去曾感染乙肝或现在正处于感染阶段，并且接受额外三剂乙型肝炎疫苗注射，注射完成后经一到四个月再抽血检测乙型肝炎表面抗体数值。那些在第二次疫苗注射疗程后依旧对疫苗没有反应的人，可能会对皮内注射、高剂量疫苗，或是A型乙型肝炎结合疫苗有反应，而对疫苗依旧没有反应的人如果之后暴露到乙型肝炎病毒，会需要注射乙型肝炎免疫球蛋白（HBIG）。
对疫苗反应不佳的人通常是因为以下因素：超过40岁、肥胖、抽烟或酗酒，尤其是有严重肝病患者。 免疫抑制的病人或接受肾脏透析的病人也可能对疫苗反应较差或需要更大剂量、频率的疫苗注射。至少已有一个研究指出，乙型肝炎的疫苗在HIV患者体内较难生效。
目前认为疫苗只能提供五到七年的免疫保护，但随后发现人体免疫记忆功能会发展出长期免疫。长期免疫会长久维持而不受体内抗体减少的影响，因此在疫苗成功建立对乙型肝炎病毒免疫功能的个体中，终生不需要再做抗体数值追踪及补打疫苗。在长期实验中，那些施打疫苗一开始即有适当抗体数量的个体，疫苗保护力至少维持25年。英国的指导方针建议对于需要持续保护力的人群，例如医药卫生工作者，至少每五年施打一剂疫苗。
近来有多项研究聚焦在观察成人施打重组乙型肝炎疫苗（HBV）与多发性硬化症（MS）间的关连。大部分已发表的科学研究多数都不认为乙型肝炎疫苗和脱髓鞘疾病（如：多发性硬化症）有任何关系。只有一篇发表于2004年的研究显示，在注射疫苗后的三年内，发病的几率有显著提升。这当中有部分研究所采用的方法是饱受批评的。而这样的争议也误导大众对于注射乙肝疫苗的想法，在少数几个国家，孩童中有施打乙肝疫苗的人数依旧偏低。2006年的另一篇研究得出的结论是，并没有任何证据证明乙肝疫苗和婴儿猝死症、慢性疲劳症候群或是多发性硬化症之间有任何关系。于2007年公布的研究认为，乙肝疫苗并不会增加幼童时期罹患初期多发性硬化症的风险。2009年有一项研究针对乙型肝炎疫苗和中枢神经炎症性脱髓鞘病间的关系进行研究，发现乙型肝炎疫苗其实是相对安全的，真正有疑虑的是安在时（Engerix B vaccine）疫苗似乎会增加男婴罹患中枢神经炎症性脱髓鞘病的风险，且高达三倍之多。但该研究也被批评，所用的研究方法尚有待商榷。
世界卫生组织建议使用五价疫苗，并混合白喉、破伤风、百日咳与B型流感嗜血菌的疫苗共同使用来对抗乙型肝炎。现阶段还缺乏决定性的证据，来了解到底五价疫苗和其他这些疫苗的共同作用或是关系。
乙型肝炎疫苗的开发是在1963年开始的，当时在NIH工作的医师及遗传学家巴鲁克·塞缪尔·布隆伯格 在一位澳大利亚原住民的血浆含有他称为“澳洲抗原”（现在的乙肝表面抗原（英语：HBsAg））的蛋白质，并发现在白血病人与唐氏综合症病人的澳抗很普遍。1968年时，纽约输血中心的病毒学家阿尔弗雷德·卜林斯（英语：Alfred Prince）发现一位病人输血前没有澳抗，输血后罹患肝炎并且有了澳抗，因此断定此蛋白质是导致“血清型肝炎”（乙型肝炎）病毒的一部分。
美国默克药厂的微生物家/疫苗学家莫里斯·希勒曼将血清和胃蛋白酶、尿素及甲醛混合后再过滤，得到的产物可以作安全的疫苗。希勒曼推测他可以将乙肝表面蛋白质注射到病患体内作为疫苗。在理论上这相当安全，因为这些多余的表面蛋白缺乏感染性病毒的DNA。免疫系统会识别这些蛋白质是外来物质，因此会产生特定形状，可和蛋白质结合的抗体，用来摧毁这些蛋白质。因此以后若病患感染了乙型肝炎，免疫系统可以及时产生保护性抗体，在病毒对人体有不良影响之前就破坏病毒。
希勒曼收集同性恋男性及娱乐性药物使用者（已知较容易患病毒性肝炎的族群）的血液，当时是1970年代末期，医学界还不知道HIV的存在，故血液样本中除了乙肝表面蛋白外，可能也包括HIV。希勒曼设计了一个有许多步骤的制程来纯化血液，使其中只包括乙肝表面蛋白，消灭了其中所有当时已知的病毒，希勒曼相信此疫苗是安全的。
用血液制成乙肝疫苗进行的首次大规模临床试验，是以男同性恋者作为研究对象以对应他们所处在的高风险状态的。但之后希勒曼的疫苗却被误认为引燃艾滋病散播的元凶，因此受到抨击。虽然纯化血液所取得的疫苗看起来十分可疑，但它却的确绝对不含艾滋病毒，疫苗纯化的过程已经消灭了所有的病毒——包含艾滋病毒在内，此疫苗也在1981年合法上市。
中华人民共和国卫生部上海生物制品研究所于1978年制备乙肝灭活疫苗成功。
1986年时奇龙公司（英语：Chiron Corporation）的研发经理成功的将乙型肝炎抗原放进酵母中，制成了世界上第一剂重组疫苗，由血液制成的乙型肝炎疫苗也退出市场。重组疫苗的作法是将产生表面蛋白的基因放进酿酒酵母中，因此酵母只会产生不具感染性的表面蛋白，疫苗中不会有真正病菌的DNA，此乙型肝炎疫苗目前仍在使用。
1976年，巴鲁克·塞缪尔·布隆伯格因为在乙型肝炎的贡献，和丹尼尔·卡尔顿·盖杜谢克（因库鲁病上的贡献）一起获得诺贝尔医学奖。2002年布隆伯格出版了《》。依照保罗·奥菲特（英语：Paul A. Offit）－撰写希勒曼传记的人，也是希勒曼熟识的疫苗学家－的说法：
“（布隆伯格）声称乙型肝炎疫苗是他的贡献，希勒曼的名字只提到了一次。布隆伯格没有提到希勒曼才知道如何使乙型肝炎病毒去活化，如何杀死其他污染的病毒、如何完全去除血液中其他的蛋白质，又维持表面蛋白的结构完整。布隆伯格识别出了澳洲抗原，这是很重要的第一步，但后面的这几步（也是疫苗制造的关键）是希勒曼完成的。最后希勒曼提到：‘我认为他（布隆伯格）有很大的功劳，可是他不认为其他人也有功劳。’”
疫苗包括一种病毒包膜蛋白，也就是乙肝表面蛋白（HBsAg），目前是基改过，可以产生乙肝表面蛋白的酵母制造。之后免疫系统会产生乙肝表面蛋白的抗体（anti-HB），抗体及免疫系统的记忆性让人体可以对抗乙型肝炎。
目前常见的商品名有 （默克药厂）、（GSK）、 （Human Biologicals Institute，Indian Immunologicals Limited的子公司）、（Serum Institute）、等等。这些疫苗都是经肌肉注射。
因为针剂型的乙型肝炎疫苗之制程与冷冻程序所费不赀，这使得此疫苗在发展中国家较不普及。有鉴于此，研究者已经开始进行生物工程研究，希望可以找出制作疫苗内所需成分的植物，日后人们只要借着食用该植物就可得到如同接种疫苗的效果。马铃薯、香蕉、莴苣、胡萝卜以及烟草等植物都借由基因工程改造来制作乙肝疫苗的组成成分。
要制作疫苗所需的基因工程植物之制成程序包括；从乙型肝炎的基因组中解读出乙型肝炎表面抗原的组成密码，并以新的细菌质体取代之。该细菌会感染植物，接着再制造出表面抗原。当人们吃下植物后，身体就会自动产生对应表面抗原的抗体。现阶段，可食用疫苗的功效仍有待提升，而且每株植物的疫苗剂量更须调控，再来就是培育过程中土地的分配管控，但纵使有以上种种问题，科学家们依旧认为这对于让乙肝疫苗在相对落后国家的普及是一大福音。
