巴伐利亚的玛丽亚·苏菲亚(德语:Marie Sophia in Bayern,1841年10月4日-1925年1月19日)是两西西里王国王后和巴伐利亚王国的女公爵。她的丈夫是两西西里末代国王弗朗切斯科二世。
玛丽亚·苏菲亚是巴伐利亚的马克斯公爵和露多维卡公主的第六个孩子。她的姐姐包括著名的奥地利皇后伊丽莎白。
1859年,她在意大利巴里和弗朗切斯科结婚。一年后,她诞下儿子弗朗切斯科二世并在五天后去世。1861年3月,维托里奥·埃马努埃莱二世领导下的萨丁尼亚王国军队攻占加埃塔,两西西里王国灭亡。玛丽亚·苏菲亚和丈夫流亡到罗马并背着患有包茎的弗朗切斯科在1862年诞下一名私生女。产女一年后,她把事实告诉了弗朗切斯科,夫妇的关系得到改善。弗朗切斯科动了手术后,他和玛丽亚·苏菲亚终于在婚后十年诞下一个女儿。玛丽亚·克里斯蒂娜·皮娅公主却活了三个月便夭折。