黄旗军是19世纪中叶的一支活跃于中越边境的一支民变地方武装。该军队的首领是黄崇英，因战旗颜色为黄色，故而得名。
黄旗军的领袖黄崇英，原为吴亚终（吴鲲）的重要部将。1871年，吴亚终在攻打越南北宁的战斗中阵亡，其部众分为黑旗军、黄旗军、白旗军三部。其中，黄旗军以宣光省河杨为根据地，与黑旗军同为当地最大的匪帮势力。他们占据着越南北部山区，在各地设置关卡，并向百姓征收税收，对此越南阮朝朝廷无可奈何。
黄崇英与黑旗军首领刘永福不和，为争夺地盘，双方派兵互相攻打。阮朝以黄继炎为谅平宁太统督军务大臣，会同山西省军务赞襄尊室说一起前去讨伐。黄继炎派人前去招降他们，刘永福率黑旗军接受招安，并协助阮朝官军攻打黄旗军。
1872年，法国商人涂普义溯湄公河而上，前往中国云南贸易。经过黄旗军领地时，黄旗军对法国商队给予放行。1873年，安邺大尉率军攻打北圻的时候，黄崇英派黄旗军前去带路，最终攻破河内。
1875年，黄崇英率兵驻扎于永祥府朱尚乡，遭到尊室说的讨伐而大败，黄崇英被擒杀。此后黄旗军势力逐渐瓦解。
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