《尤里的复仇》是《命令与征服：红色警戒2》的正统资料片，讲及苏联在红色警戒2中战败后，尤里意欲使用自己发明的心灵控制科技来统治全世界和苏联和盟军亦敌亦友的关系。
躲藏的尤里计划通过使用他的心灵控制器，一种有能力控制人颣心灵的大型设备，控制整个世界。
剧情从一次白宫的简报会开始，尤里打断了简报会并且告诉美国总统麦可·杜根，他在全球建立了一个由心灵控制器组成的网络，并计划心灵控制整个行星。其中一个心灵控制器是在旧金山的恶魔岛上并且尤里在简报会的结尾启动了它。
杜根总统立刻下令对心灵控制器展开空袭。但是所有AV-8B攻击机被击落，虽然其中一架撞入恶魔岛的核反应堆，造成设备缺电而不能启动。尽管如此，尤里启动了他的另外两个心灵控制器（分为埃及大金字塔附近和南极），地球上的大多人口迅速被尤里心灵控制了。
盟军的故事，从指挥官（玩家）被送到旧金山而开始，保护爱因斯坦的时间机器，盟军计划使用时间机器回到战争初期以摧毁尤里的心灵控制器。但是时间机器没有足够的电力启动，因此指挥官必须在城内占领发电厂。指挥官最后占领了足够的发电厂，尤里则直接叫出工程师将核反应堆修好准备启动心灵控制器，及时回到过去，但是指挥官到达的是在苏军攻势下的旧金山。尽管如此，盟军成功地在恶魔岛破坏了心灵控制器。因为这次时间旅行，苏军和尤里的计划被打乱。被炸死的卡维利将军安全无恙的存在。
指挥官被派往被尤里控制的洛杉矶。盟军情报显示尤里不仅心灵控制了大部分市民，而且建造了几座部队回收厂，这种装置可以破坏一切物品，并转化为原料，以变成尤里的战争资金。其后，城市里的部队回收厂和其余的尤里军队都被击破，洛杉矶被解放了。
损失惨重的尤里被迫在西雅图寻找新的收入来源，他以核武器将西雅图夷为平地作要胁，强迫巨软公司及其CEO宾尔（映射比尔·盖茨和微软公司）提供资金和研发基因软件。在接受宾尔的请求以后，卡维利将军命令指挥官解放西雅图。盟军迅速毁坏了该处的核弹发射井，解放了西雅图。巨软公司的CEO其后捐赠了一笔资金，对盟军的努力作为感谢。
解放了西雅图后，尤里俘获了爱因斯坦教授，迫令他在埃及大金字塔附近的尤里基地对心灵控制器进行改进。指挥官迅速前往埃及解救了爱因斯坦，并毁坏尤里的心灵控制器和基地。（如果只解救爱因斯坦没有摧毁心灵控制器，爱因斯坦通报他入侵了心灵控制器，只能使用一次之后过一段时间会自动炸毁）
尤里其后计划绑架世界主要国家的领导人和用对尤里忠诚的克隆人替换他们。卡维利将军命令指挥官去澳大利亚悉尼， 毁坏了尤里的克隆设施和军队。
如同原来的时间线一样，苏联被盟军击败了，并且尤里的军队开始后退。在希望尽快结束战争的情况下，盟军和苏联开始合作对抗尤里。 双方在一个机密地点开始和平谈判，条约必须由双方批准和签字。但是当通知指挥官时，伊娃・李被尤里心灵控制并且告诉尤里和平会议的地点是英国伦敦国会大厦。 卡维利将军要指挥官不惜一切代价保卫国会大厦。条约最终签了字，并且增援的苏军加入战斗，尤里在伦敦的基地被夷平。
原本伊娃少尉将情报泄漏之后向指挥官道歉并打算辞职，但卡维利将军立即阻止并答应原谅请她留下来。同时，盟军情报确定尤里在南极拥有最后一个心灵控制器和一个巨型的基地，他计划使用这基地展开他最后的攻击。盟军空降了一队工程师到火地岛的修理一个废弃的苏联前哨基地。基地在建立苏联雷达后，盟军总部其后使用超时空传送仪，传送一小队盟军部队到南极。在南极火速建立了一个盟军基地，并且完全歼灭尤里的巨型基地和心灵控制器。
最后，盟军俘虏了尤里，将他关进爱因斯坦设计的心灵隔离室（Psychic Isolation Chamber）。突然时空出现时间线融合，回到剧情从一次白宫的简报会开始，原本要发布尤里的恐怖计划变成了卡维利将军安然无恙的画面，而谭雅再庆功宴前打扮了一番，得意地问指挥官的感觉。随后伊娃少尉出现，谭雅自觉打扮得不如伊娃漂亮，于是打算找爱因斯坦博士借用时间机器“再来一次”（后来知晓时间线融合作用就没打算使用了）。
苏联领导层发现盟军计划回到过去，他们意识到，如果他们能在旧金山夺取盟军的时间机器，苏联可能重新取得优势。苏军进入旧金山并设法夺取时间机器。但是时间机器没有足够的电力，因此将军（代表苏联指挥官，玩家）必须夺取四个发电厂（另外，尤里部队也再争夺发电厂并启动心灵控制器）。苏联控制了足够的发电厂之后，因为误操作而回到恐龙时期。 将军必须从霸王龙的攻击中保卫时间机器。安全的回到正确的过去之后，顺利的找到占据旧金山的苏军基地并成功摧毁了心灵控制器。
苏军从未来把特殊文件带回到莫斯科通知苏联领导，苏联怎样输掉战争和尤里带来的威胁。 洛马诺夫总理命令将军去德国黑森林毁坏爱因斯坦的实验室和超时空传送仪的原型机（盟军关卡立场逆转）。将军及时地毁坏这个潜在的威胁，导致盟军在原先时间线中突袭莫斯科逼降苏联的计划告吹，双方被迫议和。
尤里在英国伦敦建造了一个心灵信标，能心灵控制整个城市，并且那里的盟军部队被尤里控制了。将军前往伦敦解救盟军部队。但是尤里在伦敦还建立了一个基地和心灵控制器，不过苏联和盟军很快联手毁坏尤里的基地和军队。
在这次胜利以后，出访的洛马诺夫总理的飞机被击落在摩洛哥卡萨布兰卡。 在尤里赶到之前，将军被派遣到卡萨布兰卡建立基地和抢救洛马诺夫。洛马诺夫在卡萨布兰卡唯一的机场登机回莫斯科。
根据情报，将军被派到了太平洋上一个未知的海岛，尤里在此设了一个大型基地和建立了一大队雷鸣潜舰。在登上海岛以后，将军毁坏尤里的大型基地和所有他的残存部队。
在战斗结束之后，在海岛上发现有火箭发射设施和一枚目的地是月球的火箭。苏联使用这种火箭，带领将军到月球，并毁坏尤里月球上的基地和指挥中心。
尤里最终逃到在他的罗马尼亚祖籍地的一座城堡避难。洛马诺夫命令将军对尤里的藏身处展开攻击，将军发现尤里在该地建立了二个心灵信标，他使用被心灵控制的盟军和苏联军队攻击将军。将军建立了基地并且发动对尤里军队的一次大型攻击。将军顺利地破坏城堡。（如果难度中等以上，被控制的盟军和苏联军队会建造天气控制器和核弹发射井，尤里军队也建造了基因突变器和心灵控制器）
然而，尤里本人夺取了时间机器和并打算回到过去，东山再起。佐菲雅事先改变了时间机器的目的地并释放机器所有的能源存量。尤里被困于恐龙时期，而且影片中暗示他被暴龙吃掉了。苏联控制了全世界，代表资本主义的股市也被取消，并开始全力发展太空技术，借此扩展共产主义到外太空……
盟军阵营共有美国、英国、法国、德国、韩国，盟军的最大特色是能使用间谍卫星快速掌控战场的流向并且拥有海、陆、空等全方位打击单位，到“尤里的复仇”时，盟军拥有水陆两栖的海豹部队、重装大兵、和不受尤里心灵控制的遥控坦克，在突击方面更是得心应手。而盟军的缺点是空军与坦克装甲都很薄弱，另外海军各单位如果没有充分配合，也容易被各个击破，此外盟军严重的缺点在于电力供应的问题，在红色警戒中电力十分重要，但盟军缺乏苏联的核能反应堆与尤里的生化反应堆，无法建一两座发电厂就解决电力供应问题，因此常常要扩大阵地使得战线过长露出防守的漏洞。
苏联阵营共有苏俄、古巴、伊拉克、利比亚四个国家。苏联在红色警戒中充分地展现出了大陆政权的气魄，其坦克威力可说是三军中最强，但是机动性却差一些，代表是“天启坦克”，而空中霸王“基洛夫空艇”更是携带重磅炸弹的危险武器。在本作中，心灵控制部队退出了苏联阵营。在建筑方面，只要兴建一座“核子反应炉”就足以解决电力的问题。但是跟盟军相比较苏联的最大缺点就是机动性不足，难以掌控战场，在机动性方面陆军与空军的强力单位均行走过慢，常常在到达目的地之前就遭到对方的击破。在本作中苏联虽然拥有探索地图新单位“侦察机”但是也容易被防空武器击落，不过苏联增加了重炮直升机，可以和盟军的火箭兵一样以机枪扫射敌方的空中单位，也可以部属在地上成为威力强大的榴弹炮台。最后海军部分与盟军相似需要彼此配合才能发挥威力。
尤里阵营是独一无二的，拥有大量匪夷所思的新兵种与新科技，以打倒盟军与苏联为目标，朝向统一全世界为目的，尤里军的超级武器是“心灵控制”与“基因突变”，“基因突变”不分敌我让‘所有范围的步兵单位’变成狂兽人，虽“心灵控制”只能控制小范围内的部队，但除了把敌人永久化为自己人，还可以将大范围敌方的建筑物摧毁，但尤里阵营在单位的部分欠缺，难以给的敌人致命一击，多半是扰乱战场，将敌人化为自己的一部分。另外尤里的武器常常有一物多用的功能，例如“盖特机炮”可以对地面与空中与海面射击、“雷鸣潜艇”拥有攻击水中单位的双鱼雷同时又可以发射对地弹道导弹。在发展自己的基地比其他两军还要快速，另外建筑方面只要兴建“心灵控制塔”足以抵挡敌人的进攻让敌人在自家门口互相残杀。遗憾的是，尤里在海军没有防空兵力。
