2016年亚足联冠军联赛（英语：2016 AFC Champions League）是历来第 35 届亚洲俱乐部顶级足球杯赛，亦是第 14 届亚足联冠军联赛。最终全北现代汽车第二次夺冠，代表亚洲参加2016年俱乐部世界杯。
根据2014年1月25日亚足联竞赛委员会提出的方案，各成员足球协会将依照该国国家队，以及俱乐部在过去四年亚足联赛事表现的综合评分来决定他们等级排名，2014年作出等级排名将会作为2015年以及2016年亚足联俱乐部赛事名额分配依据。亚足联将会按照2014年等级排名以及参赛许可标准确定2015年以及2016年亚足联冠军联赛名额分配。
此方案于2014年4月16日被亚足联执行委员会批准通过并适用与2015，2016年亚足联冠军联赛。2014年11月28日，亚足联竞赛委员会确认了2016年亚足联冠军联赛的具体分配方案。
以下表格是本届赛事参赛球队名单。在这张表格中，各参赛球队参赛次数以及最后参赛年届只从2002-2003赛季亚足联冠军联赛创建开始统计（附加赛计入参赛次数以及最后参赛年届统计）。
以下为本届赛事的赛程表，所有抽签仪式于马来西亚吉隆坡进行：
预选赛席位是根据各队所属国家的排名而定，所属国家排名较高的球队会于较后的轮次开始参赛。同属一个国家的球队不会对垒。
附加赛每轮均以一场定胜负，所属国家排名较高的球队会于主场作战，假如战平会以加时赛及点球大战来决出胜方。附加赛第三轮胜方可晋级小组赛。
每轮附加赛的负方，只要该队所属国家只获得附加赛资格（意指西亚区及东亚区排名第 7 及以后的国家），球队便可降到2016年亚足联杯小组赛继续亚足联赛事。
八分之一决赛以主客两回合形式进行，小组首名球队会于次回合主场出战。
抽签仪式于2016年6月9日，四分之一决赛采取主客两回合淘汰制。首回合于8月23／24日举行，次回合于9月13／14日举行。
抽签仪式于2016年6月9日，半决赛采取主客两回合淘汰制。首回合于9月27／28日举行，次回合于10月18／19日举行。
决赛采取主客两回合淘汰制。首回合于11月19日举行，次回合于11月26日举行。
全北现代汽车 
v 
艾因
艾因 v 全北现代汽车
附加赛进球没有被计算在内。
数据来源：the-AFC.com
