朱祖寿（1945年6月－2023年1月1日），江苏省无锡人，中华人民共和国政治人物、外交官。北京外国语大学毕业。
1970年至1988年，北京外交人员服务局科员、副处长。1988年至1991年，驻泰王国大使馆一等秘书。1994年至1998年，外交部港澳事务办公室参赞、副主任、主任；1998年至2001年，外交部港澳台司司长。
2001年10月20日，在中国大陆各界对台“抗震救灾”记者会，抨击台湾当局“要钱不要物”，阻止中国大陆派地震专家组赴台，并不断“歪曲”、“造谣”大陆对抗震救灾的努力。出席官员除反驳台湾各项“不实指控”外，还抨击台湾当局利用地震搞“两国论”、“地震外交”。外交部港澳台司长朱祖寿说，联合国要对台启动国际救援确实需要主权国同意，这是各国按联合国规章办事。虽然台湾方面表示不需要了，但外交部对凡能提供援助的国家将给予便利，希望台湾不要利用地震企图与主权国家直接联系搞“地震外交”。朱祖寿特别澄清并没有“阻挠”俄国救援飞机赴台。他说，在俄罗斯紧急状况部透过俄罗斯驻华大使馆提出赴台救援计划后，“由于需要一些时间处理”，无论那一部门都没有阻挠，朱祖寿强调，“我们都一律批准，所谓拖延俄机赴台是台湾一些人造谣”。
2001年至2003年，任中华人民共和国驻荷兰王国特命全权大使，兼常驻禁止化学武器组织代表；2003年9月，任中华人民共和国驻匈牙利共和国特命全权大使。2004年6月，实现胡锦涛主席访问匈牙利，使两国关系进入新阶段。2007年1月离任回国。退休后任中国匈牙利友好协会会长。
2023年1月1日6时59分，因感染新冠病毒引起肺部疾病伴随基础病医治无效，在北京去世，终年77岁。
