的平假名写法而“平仮名”是的汉字写法）。平假名大量使用在接头词（例如：护身符的“お守り”）和形容词与动词的活用语尾（送假名），以及没有汉字或汉字难读的日文单字。
当使用不熟悉或是尚未学过的汉字（在教科书上没有），一种辩正读音的型式是在上方加注较小的平假名（直式书写时为为右侧），这种平假名称为振假名（注音假名，ふりがな）。
片假名（カタカナ或片仮名）始于密教真言宗的佛教修道士，最早是用来作为辅助阅读汉文宗教典籍的一种速记符号。它们从复杂汉字的部分元素发展而成，容易被识别且型式简单而富有棱角。
现今片假名常用来作为强调用途，如同西方的一样。于是在广告、漫画和商品包装上使用了许多的片假名。
它们也被用来学习外来语以及汉字以外其他语言的用字名称等。近年来一些艺人与地方的名称大量取自韩国或中国，使用片假名以贴近原始的读音。在政治与历史人物的多半保持使用汉字。有一些外来语言的单字不以原本正确的写法，而根据该字的读音来转换，例如“”写成片假名“トイザラス（）”。
片假名也使用于动物和植物的学名上，在语言教学上也被用来标示汉字的读音。
罗马字（ローマ字）来自拉丁字母。拉丁字母主要是透过葡萄牙耶稣会传教，为了宣扬上帝的文字于1544年从欧洲传到日本。1590年日本第一台印刷机自葡萄牙带入。更进一步输入了20年用葡萄牙语或罗马字日语写成的《吉利支丹版》（キリスタンバン；基督教版）书籍。
之后罗马字因为锁国政策的缘故几乎从日本消失，一直到幕末才得以重现光明。美国的医生与传教士詹姆斯·柯蒂斯·赫本在1867年写了第一本日英辞典《和英语林集成》，并且发展出拉丁语翻译系统，后来称为赫本式系统。
现今罗马字常用在市场营销用途上（像是公司名、厂牌名、产品名等），尤其是为了工作的现代化与国际化，和与外国人相处上。另外也用在首字母缩略字、头文字等方面，例如NATO（北大西洋公约组织；North Atlantic Treaty Organization的缩写）。所有在日本的学生学习英文的同时也学罗马字。
有几种翻译方式可以将日语写成罗马字：
在上述以外还有一些其他小众的翻译系统，例如JSL。
罗马字成为电脑日语标准输入方式的期间，几乎所有在日本的电脑都是英文键盘。为了要在日本电脑上输入日语，通常将每个音节用罗马字拆开，输入后会在屏幕上显示假名。这种罗马字化的方式为打字式罗马字（ワープロ式ローマ字，）。它使用英文文字处理器，能够接受平文式、训令式与日本式的罗马字系统。事实上这些系统的特征是以符合它们假名书写的方式，用两个母音字符来输入长母音，而在最前面加一个来输入小字的假名。
当输入足够的音节后，在电脑上会列出可能的假名与汉字结合的清单，可以从上面选择正确的用语。这些音节在确认后会被选择的用语所取代。
五十音是连续的音节字母。五十音顺则是将日语的假名从五十音的“あいうえお”开始，至“わ（ゐ）（ゑ）（を）”结尾的排序方式。不包含在五十音内的“ん”通常被放置在最后。排列单字的时候，从假名记载时的第1个字开始比较起，以一定的假名顺序来决定单字的顺序，除了少部分不同假名发相同音的特例以外，可以说是基于发音的顺序。广泛用在日语辞典与书籍的索引、排序人名、商品名的用途上。
平假名和片假名都并不是正好50个字，为46个基本的假名（清音）。在1945年以前是各48个，2对相同发音的假名被废除掉（ゐ、ゑ 和 ヰ、ヱ）
自1945年起不再使用的符号在下列表格中用圆括号显示。括号 (w) 并不表示过去以英文的 w 发音。
自1945年有2个声调符号有系统地附加在母音字母上，以前只有在作者心存怀疑或情绪不好时才会用到。这些符号按照字母次序分配到适当的未标示声调文字（清音）上。
部分的假名可以加上两个点（゛、点々、濁点、或濁り）或是一个小圆圈（゜、半濁点、或丸）而读音会跟着改变，成为进化的音节文字。浊点使发音变成浊音或是“模糊”，圆圈则是半浊音。有清浊音之分的假名分别是 （例如“ひらがな”）、 、 、和变成，以及半浊音。（例如ふ = フ = ，ぶ = ブ = ，ぷ = プ = 。）
日语的硬颚音称做拗音，由尾音是 的前导音节（い行，第二行）跟着一个 开头（や段，第八列）的假名（会写得比较小）。合在一起后成为一个普通的音节，而只发一个 音构成完整的音节： 加上 成为 （ぴゅ/ピュ）字， 接上 变成 （しょ/ショ），在德语写成“scho”。
片假名利用将现有的字和其他的小字母音（ァ，ィ，ゥ，ェ，ォ）构成新的音节，达到对应外国字读音的目的。在1945年废除的ヰ（）和ヱ（）除外。用ウ（）加上一个母音成为新字（ウィ和ウェ），而发音上有冲突的ウォ和ヲ（都是 开头）则保留前者。一个辅音音节加上浊点会变成母音：ヴ = ，他可以再跟其他的母音结合，像是 ヴィ = 。而ス、ズ（，）加上 变成スィ、ズィ（，）。 、 和 则是由前导音节 （シ = 、ジ = 、チ = ）与小字的 （ェ）所构成。テ、デ（，）可以接着一个小 （ィ） 变成ティ和ディ（，），ト、ド接上小 （ゥ）成为トゥ、ドゥ（，）。音节ツ（）和フ（）尾巴可以接上 、、 和 ， 被排除在外。另有一些字可以和 结合：像是フュ（）。
在五十音顺以外偶尔会使用伊吕波顺（いろは順，）。其来自于日本平安时代的《伊吕波歌》。这首诗歌最早见于1079年，是一种字母歌的型式，将每个音节各自使用一次：
片假名标示为当时的原始读音，与现在的日语发音有些出入，不包括当时未加入日语的“ん”。有另一种是在诗的最后加上“ん”，不过这两种标示法都在1945年废除了。
这首富有诗韵的日语歌，传达出和下列一段大乘佛教的汉文同样的意境。《大般涅槃经》（涅槃的经藏）中写到：///（用日语读音的汉文，常作为日本佛教的圣典被用来诵经，如下： / / / ）
现在的日语书写体系要追溯到4世纪，当中国的文言文写法传到日本的时候。虽然有说法是发现了称为神代文字的更古老的记载法，不过那些都像是图形文字、类似如尼字母、酷似谚文。没有任何依据能够定论这些文字是真正的来源，在中国语传到日本前就有文字的证据并不存在。
最初并不是用中国的文字来记载日语，因为读写上需要具备汉文的能力。反而是提出了用中国文字（汉字），来将有正式规则或受日语影响后的变异规则的汉文，当作日语来读的技术方案，此后为了这个方法，偶尔会在汉字的旁边加注上提示用的“返点”等符号。被认为是在712年以前编撰的日本最早期的文献“古事记”是用汉文写成的。日本的中等教育现在也有教导汉文的初步内容。
到了万叶假名被开发以后，记载日语的的系统逐渐成形。它把汉字不以形意文字，而做为表音文字て（从中国音来获取发音）来使用。万叶假名最初用于记录诗歌，例如可以在759年以前编撰的万叶集里看到。万叶假名这个名字也是来自于该诗集。平假名是从万叶假名发展而来。另外，为了辅助汉文的倒装读法，附加在旁边的符号的一部分，从用于发音记号的汉字发展成片假名。
由于大量的单字和概念从中国传入日本，许多情况是日语中没有相对应的单字存在。因此，这些单字就直接从中国语融入到日语里，使用近似于中国语的发音。这个来自中国语的读法就是“音读”，这种单字被称为汉语。同时，在日语里有对应的单字，也逐渐采用汉字来记载，翻译成原本的日语来发音。这种来自日语的读法即为“训读”。
一个汉字常有一个或复数的“音读”与“训读”（也有没有的情况）。首先，因为有各个时代、不同地区的中国语发音传到日本，一个汉字会有复数的音读。称做吴音、汉音、唐音。这在特定的时代与特定的地区通常都只承认一个发音的中国与朝鲜半岛等其他接受汉字的地区是看不到的习惯。
其次，由于一个汉语其意义的宽广横跨于复数的日语单字的概念之中，使得一个汉字产生复数的训读。“主”这个汉字可以举出「おも」、「ぬし」、「あるじ」等训读的例子。像这样，一个汉字依所使用的单字不同，产生出许多的读法。例如，“行”有“行く”的“い”（或是“ゆ”），“行う”的“おこな”，熟语的“行列”读做“ぎょう”，单字的“银行”则是“こう”，“行灯”是读做“あん”。
送假名使用于表示出汉字为首的动词或形容词的活用语尾，注音假名使用于解决汉字读法的暧昧性。
语言学者借用汉字将中国语的单字融入到日语这件事，有时被认为和对英语而言，诺尔曼人征服不列颠群岛所造成的影响一样重大。和英语一样，日语也有来自不同语源的大量同义语，源自于中国和日本。另外，源自于中国的单字使用于正式而富知性的文章脉络里，这点与英语圈偶尔会使用源自于拉丁语的单字来作为上流阶级的证明类似。
明治的大改革短时间内并没有对日语的记载法给予太大影响。然而伴随教育制度的变化，大量的新词汇出现，另外能够书写文字的国民增加与语言本身产生了变化。大量的新词汇有从其他语言带入的，也有新创造的。言文一致运动获得全面胜利，取代历史性到古典性的文体（文语体），口语体开始被广为使用。关于对日语书写困难度的争议，在1800年代末可以见到想要限制记载时所使用的汉字数量之意见。由于和外国语言的接触，也有想要废除汉字只使用假名或罗马字的主张，但并不被支持。开始使用西洋语言风格的句读点也是在这个时期 （Twine，1991）。
1900年时，文部省为了改善日语书写教育做了三项改革措施：
前两项逐渐被广为接纳，但是最后一项引来以保守派为中心的激烈反弹，于1908年撤销 （Seeley，1991）。
因1900年改革的部分失败，和国家主义的兴起，日语记载法的改良迟滞不前。对汉字限制的诸多要求，虽然有报社主动将汉字减少、增加送假名，没有得到公众支持，反对声浪相当地大。
终战以后，进行了大幅的改革措施。一部分受到同盟国最高司令官总指挥部（GHQ）的影响，因为败战而将过去执掌教育制度、抵抗改革的保守派排除，能够一口气加速停滞的改革动作。主要的几点有：
曾经有某个时期以GHQ内的部分方针被请求变更罗马字的记载法，不过被其他的专门学者阻止了 (Unger, 1996)。日本文化人士之中，也有人主张尝试改用罗马字记载法，不过和全假名记载法同样地，不记载汉字会造成识别意义上的困难，而没有实现。在韩国、朝鲜虽然废除了汉字混用记载法，但采行纯谚文记载造成汉字文化传统无法传递给年轻世代的问题，可以说是呈现相对的写照。（可参考谚文以及六十年文字战争）
战后的改革虽然现在仍持续著，不过放宽了一些限制。在1981年代替应用汉字而制订常用汉字，增加到1945字以外，将“制限（限制）”的字眼改成“目安（建议目标）”。此外整体上有关当局对对更进一步改革的态度变得消极（Gottlieb，1996）。
2004年，法务省追加了大量的人名用汉字。
关于战后的日本记载法，简而言之就是“汉字→名词、用言的语干，平假名→用言的活用语尾、付属语”这样的分用原则（详细请引用上述文字体系项目）。对不采行分写的日语记载法而言，这个原则负起了表示语句和语句间分隔点的功能。
混写或汉语的假名记载法（例：拿捕→だ捕、軋轢→あつれき）仍然很常见。虽然是沿续汉字限制理念的做法，但因为上述的一些表意上的问题，而且断词困难，反而难以读阅，引起了批判，更有批判指出这样不仅难看，而且是对文化的破坏。
在其他语言里必须追加说明、改变单字的信息，使用日文有时可以改变相同单字的书写方式就能够传达。例如相当于汉语“我”、英语“ I ”、德语“ Ich ”和俄罗斯语“ Я ”的汉字“私”属于男女兼用，在正式文章里偶尔会用到。以平假名书写的“わたし”带有柔和感觉，而男女都会使用在非正式的场合，或想表现亲切感的时候。例如女性用于日记或是写给友人的信等，就是一个典型的例子。
片假名的“ワタシ”几乎不被使用（偶尔会用来表现机械般的语气，或外国人说话时的语气等），罗马字的“watashi”也鲜少被使用，不过在因为某种理由想强调的时候，会被用于平假名・汉字混合文章里。也使用于整篇文章都是片假名或罗马字所记载的时候。
也能够在文体上蓄意地将汉字的复合语念成不同的音。例如夏目漱石在短篇《十五夜》里将名词的“接続”改成动词活用的“接続って”读做“つながって”。通常这应该写成“繋がって”“つながって”。（像这种将多个汉字改成相对应的日语假名读法的例子，称为“熟字训”。“天皇”过去训读成“すめらみこと、すめろぎ”，“日本”也训读成“やまと”）。
