1939年教宗选举秘密会议因教宗庇护十一世在1939年2月10日因心脏病发离世后而召集举行。会议从1939年3月1日开始，经过三轮投票后，在3月2日17时30分，会议举行地西斯廷小堂的烟囱冒出白烟，表示枢机团已选出新教宗，当选者为意大利籍枢机尤金·玛利亚·朱塞佩·乔凡尼·派契利，并取名号（英语：Papal name）为“庇护”。
1939年2月10日，庇护十一世于梵蒂冈宗座宫离世，终年81岁。庇护十一世离世19天后，1939年教宗选举秘密会议于1939年3月1日正式开始。
根据规定，枢机团团长Gennaro Granito Pignatelli di Belmonte枢机在自己不当选的前提下，将在选举结束时询问当选教宗是否接受选举结果以及其教宗名号。如枢机团团长当选教宗，上述工作由枢机团副团长负责。
当时能够参与该次秘密会议的共有62位枢机。
原则上，参加选举的枢机可以投票给任何已受洗的成年男性天主教徒（即枢机可以投票给非枢机者）。然而，自1378年以来选出的教宗都是枢机。
本次教宗选举秘密会议在3月1日开始，于3月2日完结，为20世纪最短的教宗选举秘密会议。
教宗本笃十五世于1914年规定选举在宗座从缺后的15日起开始举行。教宗当时设立这规定主要是因为教宗逝世或辞职后，各地的枢机可以有足够时间到达梵蒂冈参与教宗选举秘密会议。如各枢机于限期前已全部到达梵蒂冈则可提早举行教宗选举秘密会议。
3月1日下午，西斯廷小堂的烟囱冒出了此次选举的第一次黑烟，这也说明了第一轮投票已经结束，而且最高票者未达总数之三分之二多一票（35票），第一轮投票失败。3月2日上午，枢机团达成了共识，于3月2日17时30分，西斯廷小堂的烟囱冒出了白烟，但烟的颜色令人分不清楚为白或黑。其后秘密会议的秘书告知梵蒂冈电台，烟的颜色的确为白色，代表投票成功并选出新教宗。
枢机团首席助祭其后登上圣伯多禄大殿中央阳台向圣伯多禄广场的信众以拉丁语宣布新教宗的姓名及名号。该拉丁语的宣布如下：
中文翻译如下：
新教宗的姓名为77岁的尤金·派契利枢机（Cardinal Eugenio Pacelli），并取名号为“庇护”。
新教宗随后登上圣伯多禄大教堂中央阳台给予信众首个宗座祝福（Apostolic Blessing），即“全城与全球”（Urbi et Orbi，全城指教宗驻地罗马）的降福。
