日语维基百科是维基百科项目的日语版本，一个自由、开放内容的百科全书项目。目前是在各语言维基百科项目中，规模排名第12（依条目量计算），不计拉丁文字圈的语言则名列俄语维基百科之后，排在第二位。日语版维基百科始于2002年9月，至2020年4月18日已达至1,200,885篇条目，IP编辑者比例较高。而在首页布置方面，日语维基百科的首页版式设计，除典范条目置顶外，与其它语言有着明显差异，也是少有的没有设置新闻板块的维基百科首页（新闻板块 最近の出来事 于2006年经投票决定废止，仅有记录新闻的主题页面（日语：Portal:最近の出来事）尚存）。
维基百科项目始于2001年5月，日语维基百科与其他11个不同语言的维基百科一同被创建。日语版原始的网址为http://ja.wikipedia.com和http://nihongo.wikipedia.com/ ，所有的页面都是使用拉丁字母与日语罗马字写的，当时的系统不支持日文字符，主页的欢迎标语也是采用日语罗马字写的“irasshaimase!”（いらっしゃいませ，即欢迎）。第一篇条目是名为“Nihongo No Funimekusu”（日本語のフニメクス、日本语音素）的文章，以日语罗马字书写而成，大约于3月下旬至4月上旬间由英语维基百科用户RoseParks发表。
2002年9月1日，维基百科系统升级至Phase III，从那时起，系统能够追踪文章，由此得知老条目。有些文章是由几位非日本母语使用者所发表，主要包含日本文化、语言、地理和程序设计相关的文章。同样在9月，维基百科软件接口开始译成日语。同年，GNU自由文档协议证书翻译完成。12月中旬时，注册的用户保持于10人，条目数也保持为10篇。
2003年1月31日，《Wired News》日文版刊登维基百科的新闻，这次报导是日文媒体对维基百科最早的介绍。
在此以后，参加者的数量开始可观地增加，许多维基百科的说明页面被翻译成日语或被创建。漫画家、日本地方的行政区、都、道、府、县等条目数开始成长，证券交易的相关条目也出现了。
维基百科项目历经了多次服务器死机的事件，虽然如此，但在总体发展而言，这样的事件并不影响维基百科项目的持续成长。自从完成10000条目以后，维基百科日文版大多数时间以相同速度的成长率新增条目。
2003年12月，服务维基百科的三台服务器发生故障。包含全体语言和各种姊妹企划停止了数日。用户进行捐赠提供了购买新服务器的费用。
2004年6月7日凌晨，维基百科等数据库服务器故障，次日12点前以前包含全体语言和各种姊妹企划停止。在死机之前的一段时间的编辑无法恢复。
2005年2月22日日本时间7点15分，数据中心发生停电事故，全体语言版停止运作。当天随即以只读情况恢复了运作，但写入的功能需要等到次日日本时间7点25分左右才恢复。
2006年4月9日，日语维基百科条目数量达到20万、8月28日达成25万、12月15日再达到30万。2006年1月，条目数超越波兰语版，成为全球第5位。2007年8月10日，条目数达到40万。2008年6月25日，数量达到50万。2009年7月8日，条目数达到60万，但在同年12月被意大利语版超越降至第6位。2010年8月31日（日本时间9月1日），条目数达到70万。
2011年3月，西班牙语版超越日语版，日语维基百科降至第7位，随后在9月被俄罗斯语版超越，再于10月被荷兰语版超越，排名降至第第9位。
2012年4月3日，条目数达到80万，不过同年继续被波兰语版、瓦瑞语版和宿雾语版超越跌至第12位。2013年9月，再度被越南语版超过，但同年11月再次追过回升至第12位。
2014年3月14日，条目数达到90万。
2016年1月19日，条目数达到100万，为第13个突破百万条目的语种。
日语版维基百科的特色之一是不登录、不注册的编辑者于注册用户的比例特别高。2007年12月，总编辑次数中约40%均是没有登录的IP用户，这个比率到2010年更近乎达到50%。
在2005年举办的第一届Wikimania中，来自日语维基百科的与会者仅有2名，还低于总编辑人数远远不及日语维基百科的荷兰语版和中文版。
英语维基百科不允许IP用户新建页面，日语维基百科开放IP用户也可创建新页面。
日语维基百科禁止任何新闻动态，相关的新消息会随后一天才会更新，以防止有谣言出现。对于战争及刑事案件等日本籍相关当事人的条目，则大多不予创建，或以不提及相关当事人姓名的方式撰写条目。例如在伊拉克被绑架杀害的日本人香田证生则以绑架事件的名称“伊拉克日本人青年杀害事件”（イラク日本人青年殺害事件）作为条目名称，直到2019年的川崎杀伤事件，与京都动画纵火案，都是以不提及相关当事人姓名的方式撰写，无论该人姓名是否已被公布，或已由日本媒体所报导。
日语维基百科与日本国内一样，极为重视著作权，不允许合理使用的图片等任何媒材放入条目内。对于侵害著作权的内容，即使只有一部分，亦大多以全文删除的方式从严处理，且可做特定编辑版本的移除。复制、分割、合并其他条目内容及从其他语言版本翻译条目时有一特殊规则：必须以摘要栏中注明文章来源或翻译的来源与日期，否则直接贴进去会被以“履历不继承”或GFDL违反，视为侵害著作权提交删除处理。
日语维基百科最常受到批评之处，就是其日本中心倾向。日语在二战前曾经伴随帝国主义通行于东亚各地，但战后几乎仅在日本国内常用，部分编写者不经意就会流露日本中心思考的情况。例如以“海外”代称日本以外，或是条目中大量举例日本国内的现况。虽然日语维基如其他语言版有“避免日本中心”的方针，但目前仍处于草案阶段，尚未实施。
早期日语维基百科左上角的维基百科标志并没有一如英语版“The Free Encyclopedia”或中文版“自由的百科全书”标语，仅有维基百科的日语名称“ウィキペディア”。后来用户在2005年讨论通过加注标语，并在“フリー百科事典”、“フリーな百科事典”、“自由な百科事典”等候选案中，选择最前者，理由是“フリー”为英语“free”的音译，同时有免费、自由的意思。过程详见Wikipedia‐讨论:标志/投票（日语：Wikipedia‐ノート:ロゴ/投票）。
「フニメクス」って phonemics 「音素体系（onso taikei)」のこと？
「フニム」は phoneme 「音素（onso)」なんだろうなあ。
phoneme はカタカナで「フォニーム」とも書かれたりします。
それからもうひとつ。デンマーく語の「く」がひらがなになっていたので
カタカナに直して（フィクスして）おきました。
