长江干线航道是指长江干流自云南水富至上海长江口这一河段的航道，全长2,838公里，流经云南、四川、重庆、湖北、湖南、江西、安徽、江苏和上海等九个省市。长江是中国内河航运最发达、运输规模最大和最为繁忙的通航河流，也是货运量位居全球内河第一的黄金水道。长江干线航道是长江运输大通道的核心，也一直是中国内河水运发展与建设的重点。按照航道养护管理的特点，长江干线航道可分为：湖北宜昌以上的上游航道，宜昌至湖北武汉的中游航道，武汉至长江口的下游航道。其中，水富至四川宜宾合江门段30公里由四川省交通运输厅负责养护管理，宜昌庙河（上游航道里程62.5公里）至中水门（上游航道里程3.5公里）段59公里由长江三峡通航管理局负责养护管理，其余河段由长江航道局负责养护管理。为提升长江干线航道等级，近年来中国实施了一些列重大航道整治工程，包括在下游重点实施12.5米深水航道延伸至南京工程，在中游重点实施荆江河段航道整治工程，在上游重点实施宜宾－重庆段航道整治工程等。
长江干线上游航道，为宜宾至宜昌段航道，又称川江，属山区河流航道。其中，宜宾合江门至重庆江津为山区天然航道；江津至重庆涪陵为三峡水库变动回水区航道；涪陵至三峡大坝为常年库区航道；三峡大坝至葛洲坝为两坝间航道。目前，上游航道的主要问题是宜宾至重庆段存在部分急、弯、浅、险的河段，航道的有效尺度较小；三峡水库变动回水区礁石河段航道条件差，浅滩河段受泥沙淤积影响，消落期航道尺度较小；常年库区上段汛期礁石碍航明显，部分浅滩泥沙累积性淤积碍航开始显现；两坝间洪水期流速和比降大，流态紊乱，船舶航行条件复杂。上游航道按航道技术等级可分为宜宾－重庆段和重庆－宜昌段。
宜宾－重庆段为宜宾合江门至重庆羊角滩（上游航道里程660.0公里）的河段航道，全长384公里。该河段河床多为卵石，间有基岩，航槽相对稳定。河段有多处碍航险滩，以卵石浅滩碍航为主，航道条件较差，从2005年开始陆续对该段航道实施了整治建设工程，航道等级得到提升。目前航道技术等级为Ⅲ级，枯水期可通航1,000吨级船舶及组成的船队，正在实施提升至Ⅱ级航道整治工程，预计2020年可基本实现全年通航2,000吨级船舶。2015年航道的最小维护标准尺度为水深2.7米×航宽50米×弯曲半径560米。
重庆－宜昌段为重庆羊角滩至宜昌的河段航道。该河段过去航道弯窄，滩险众多，三峡工程蓄水后，大部分滩险消除，航道条件显著改善。航道技术等级已达到Ⅰ级，目前可通航3,000吨级船舶。2015年重庆－涪陵段航道的最小维护标准尺度为水深3.5米×航宽100米×弯曲半径800米，涪陵－宜昌段为水深4.5米×航宽150米×弯曲半径1,000米，葛洲坝大三江航道为水深4.0米×航宽100米×弯曲半径1,000米。
长江干线中游航道，为宜昌至武汉段航道。该段有多个重点浅水道，历来是长江防洪的重要险段和航道建设、维护的重点与难点。航道技术等级已达到Ⅰ级，目前可通航2,000－5,000吨级内河船舶组成的船队。2015年宜昌－下临江坪（中游里程615.0公里）段航道的最小维护标准尺度为水深4.5米×航宽100米×弯曲半径750米，下临江坪－城陵矶（中游里程230.0公里）段为水深3.5米×航宽100米×弯曲半径750米，城陵矶－武汉段为水深3.7米×航宽150米×弯曲半径1,000米。中游航道按河道特性分为宜昌－枝城（中游里程570.0公里）段、枝城－城陵矶段和城陵矶－武汉段。
宜昌－枝城段是山区河流进入平原河流的过渡段，两岸有低山、丘陵和阶地控制，河道多为顺直微弯河型，河岸抗冲能力强，河床稳定，航道条件较好。
枝城－城陵矶段，又称荆江，属平原河流航道。以藕池口为界分为上、下荆江：上荆江长约175公里，河段内弯道较多，弯道内有江心洲，属微弯型河段；下荆江长约165公里，属蜿蜒型河段，河道迂回曲折。目前该河段大部分严重崩岸已通过人工护岸得到控制，总体上河势已趋稳定，但仍有少数河段崩岸。
城陵矶－武汉段属平原河流航道，江面较宽，河道较顺直，航道较荆江河段稳定，多为宽窄相间的藕节状分汊河段。窄段河道一般有节点控制，河道单一、稳定；宽段河道内发育有洲滩，形成分汊。
长江干线下游航道，为武汉至长江口航道。该河段洲滩群生，航道多变。武汉至南京段有汉江、鄱阳湖水系以及皖南诸支流汇入，河床宽窄相间，多形成分汊河段；南京至浏河口（下游里程25.4公里）段江面进一步展宽，特别是出江阴后江面成喇叭形逐渐展宽；江阴以下为潮汐河段，受潮汐影响较大。航道技术等级为Ⅰ级，目前武汉至湖口段276公里可通航5,000吨级海船，湖口至南京段432公里可通航5,000吨级至万吨级海船，南京至南通段227公里可通航3万吨级海船；南通至浏河口段可全天候双向通航5万吨级海船。2015年武汉－安庆段航道的最小维护标准尺度为水深4.5米×航宽200米×弯曲半径1,050米，安庆－芜湖段为水深6.0米×航宽200米×弯曲半径1,050米，芜湖－南京段为水深9.0米×航宽500米×弯曲半径1,050米，南京－南通段为水深10.2米×航宽500米×弯曲半径1,050米，南通－长江口段为水深12.5米×航宽500米×弯曲半径1,050米。目前正在实施长江南京以下12.5米深水航道建设二期工程，并且12.5米深水航道已于2016年7月5日初步贯通至南京，工程计划2019年竣工验收，可实现5万吨级海船通航至南京。
