南马鲁古共和国，又译南摩鹿加共和国（印尼: Republik Maluku Selatan, RMS），为一在马来群岛南马鲁古地区建立的国家，成立于1950年4月25日。1950年11月，该国被印尼军队攻占。其流亡政府一直存续至今。
马鲁古地区原为荷属东印度的一部分。
1949年，印尼脱离原荷兰殖民地荷属东印度独立，南马鲁古地区的马鲁古族人则拒绝加入印尼。马鲁古人，前印尼联邦政府司法部长索乌莫基尔支持荷兰人提出的邦联制，因而宣布成立南马鲁古共和国。
1950年11月，印尼政府派军队镇压。由于力量对比悬殊，该国很快沦陷。该国沦陷后，小规模的游击斗争一直持续到1962年。印尼军队攻陷安汶岛后，有12,000名马鲁古士兵流亡荷兰。
1962年，南马鲁古共和国流亡政府在尼德兰王国成立。
1975年，发生Wijster列车挟持事件。
1977年，发生De Punt列车挟持事件。
1977年，发生Bovensmilde学校人质挟持事件。
1978年，发生Assen省府人质挟持事件。
2004年，该流亡政府的支持者在安汶市举行游行，纪念成立共和国54周年，与部分穆斯林发生了严重冲突。
南马鲁古共和国国徽为圆形，主要图案为一只鸽子与其下的橄榄枝。
该国国歌为《马鲁古，我的祖国》（Maluku tanah airku）。
Oh Maluku, tanah airku,
Tanah tumpah darahku.
Ku berbakti padamu
Slama hari hidupku.
Engkaulah pusaka raya
Yang leluhur dan teguh.
Aku junjung selamanya
Hingga sampai ajalku.
Aku ingat terlebih
Sejarahmu yang pedih.
Maluku, my homeland,
My land of origin.
I devote my strength to thee
As long as I may live.
Thou art my great heritage
Uplifted above all.
I will always honor thee
Until my dying day.
I will recall in memory
Above all thy harrowing history.
Oh Maluku, tanah airku,
Tanah datuk-datukku.
Atas via dolorosa
Engkau hidup merdeka.
Putra-putri yang sejati
Tumpah darah bagimu.
Ku bersumpah trus berbakti
Serta tanggung nasibmu.
Aku lindung terlebih
Sejarahmu yang pedih.
Maluku, my homeland,
Land of my ancestors.
Through this road of suffering
Will we reach liberty.
Thy true sons and daughters
Have shed their blood for thee.
I am sworn to dedication
To keep thy future safe.
Above all I will protect thee
And thy harrowing history.
Mena-Muria, printah leluhur
Segenap jiwaku seru.
Bersegralah membelamu
Seperti laskar yang jujur.
Dengan prisai dan imanku
Behkan harap yang teguh.
Ku berkurban dan berasa
Karena dikaa ibuku
Ku doakan terlebih
Mena-Muria, hiduplah!
Mena Muria, the higher call
I yell wholeheartedly.
I hasten to defend thee
As an army just and true.
With shield and faith
And above all in great resilience
I will sacrifice and struggle.
For thou art my cradle
And above all I will pray
That Mena Muria may forever stay.
