宗教迫害是一种歧视政策及作为，以针对某种特定的宗教信仰，或是缺乏此类信仰为理由，对于某个人或是团体，系统性的采取一系列行动，例如取消部分或全部的公民权、虐待以至于谋杀或屠杀。这通常被视为是一种缺乏人权的作为。
这也可能是因为政治原因所造成，例如：罗马帝国曾经长期迫害基督教；天主教与基督新教在欧洲互相争战迫害引发宗教战争；丰臣秀吉与清圣祖（康熙帝）曾经禁止天主教；中华人民共和国文化大革命时期红卫兵消灭宗教；伊朗伊斯兰共和国打压巴哈伊信仰、苏菲派及基督徒等。
基督徒受到的非基督教势力的迫害主要包括：
耶稣被犹太祭司团向罗马政府污告死罪，犹太公会与统治者希律·阿基帕一世以威吓、禁锢、鞭打、处死基督徒等手段阻止早期基督教传播，殉道者如司提反、西庇太的儿子雅各、公义者雅各等。
以十字架酷刑处决耶稣后，罗马帝国长期迫害和屠杀基督徒，直到君士坦丁大帝解禁并皈依基督教。
根据伊斯兰教法的规定和民族习俗，各个伊斯兰社会对被征服地区基督徒存在迫害和歧视。
官员杨光先借口在钦天监任职的教士汤若望等人修历有错将其入监。
清朝中期原本因为礼仪之争已经导致了康熙对于基督宗教的不满，除了传教士得到允许留下外，部分遭到遣返，到了雍正年间就正式禁教。
清末中国，在治外法权凌驾中国法律、仇外心态、诋毁洋人的谣言、守旧势力的影响下，发生400余起中国人迫害基督宗教与基督徒的教案。
义和团是由中国民间发起的宗教组织，宣称可以借由附身获得神力，以赶走列强侵犯中国领土，最后这团体得到慈禧太后的支持。原本对于列强的反对却延烧到一般的传教士以及中国本地的信徒身上，华北计有32,000名中国基督徒和200名传教士被义和团杀害，共100,000名平民被义和团杀害；5,000名平民被八国联军杀害。
日本德川幕府对基督徒进行镇压。1637年10月，岛原的一名农民交不起农租，妻子被领主松仓胜家的家臣田中宗夫带人抓走，数百名愤怒的村民聚众放火烧毁了田中的家宅，16岁的天草四郎时贞（教名Jerome）被推举为领袖。10月15日，岛原有马村名叫林兵右卫门的藩吏探悉有村民供奉天主像，破门而入却被在场的村民杀死。随后本地民众开始诛杀藩吏、焚烧寺庙，最终使领内的民众响应了这次一揆之乱。岛原之乱杀害三十万的信士，利用踏绘等大型制度来找出基督教信徒。德川幕府发布了禁教令，直到明治时代才正式废除。
基督教团体“敞开的门（英语：Open Doors）”估计现今约有100万基督徒面临着专制国家的迫害 。一分2010年的调查显示2008-2010年之间全世界宗教迫害的案件中至少有75%是对基督徒的迫害。
源自于对于未知的恐惧和对巫术的忌讳导致猎杀女巫，而法兰西女英雄圣女贞德也曾被诬为女巫。在高峰的15世纪，猎巫审判是于世俗法院审判。
其实初时男巫和女巫被指控的人数一样多，直到了1485年海因里希·克雷默及约翰·斯普伦格著作的猎巫手册《女巫之槌》（Malleus Maleficarum）面世后，令整个欧洲社会把猎巫的矛头指向女性。被判死刑的女巫，财产会被没收，令政界和司法界对猎巫运动更加积极。在迫害的巅峰期，很多不懂巫术的女人也遭人诬告罪成而被处火刑。
启蒙运动之前，科学或一些另类的神学(即基督教中的异端)与天主教常发生冲突，若干科学研究或异见人士被指为异端，甚至遭到迫害。
阿拉贡王国神学家米格尔·塞尔韦特参与了新教改革，后期又发展了反对三位一体论，并对加尔文进行激烈的人身攻击。虽然同时被天主教和新教宣布有罪，但最后他是被新教的日内瓦理事会以异端的名义烧死。
意大利神父焦尔达诺·布鲁诺布鲁诺相信宇宙有无限个，上帝则是宇宙的灵魂。这种主张后来被罗马教廷指为“异端”。1592年，他因Moncenigo的告发而被天主教宗教法庭控以“异端邪说”罪，从此被囚禁八年，但始终不撤回自己的主张。最后在1600年2月17日，布鲁诺在罗马百花广场(Campo de' Fiori)的火刑柱上被处以火刑，布鲁诺被控以火刑的原因并非是坚持日心说，而是因为他坚持的赫尔墨斯主义和反一神论思想。但日心说也因为他而连带成了异端学说。
与罗马教廷和教皇关系密切的天主教徒伽利略·伽利莱维护哥白尼学说这件事在当时是极具争议性的，那时候大部分哲学家及天文学家还在赞成地心说，也就是认为地球是宇宙的中心。在他于1610年公开支持日心说之后，他受到一些科学家和天主教教士的激烈反对，后者其中两人更于不久后的1615年向教廷异端裁判所告发伽利略。尽管对他的指控当时都被撤消，但是因为受到布鲁诺的牵连，1616年2月日心说还是被判定为“错误且有违《圣经》的”， 而且伽利略还被警告，说要他终止对日心说的支持──而他也承诺了会这样做。当他后来在他最有名的著作，《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》(于1632年出版)，中捍卫其观点时，就受到了裁判所的审讯，被判定“有强烈异端嫌疑”，结果被迫放弃日心说，并在软禁下度过余生。后来天主教会为伽利略受到的不公正待遇平反。
哲学家，他的著作因为激怒教会而被迫流亡。
法国启蒙思想家、唯物主义哲学家、无神论者和作家，百科全书派的代表，因反对宗教被教会关押三个月。
希腊化古埃及学者，是当时名重一时的女性哲学家、数学家、天文学家、占星学家以及教师。由于她经常与欧瑞斯提斯晤面，在基督徒中便有谤言流传，说就是她在阻挡总督欧瑞斯提斯与总主教亚历山大的区利罗和好，最后被杀死。
罗马天主教会或以天主教为国教的国家或天主教徒实施的宗教性迫害主要包括：
新教徒或其团体或以新教为国教的国家实施的宗教性迫害主要包括：
