明清音系指行用于明朝和清朝的汉语官话音系，是现代普通话的前身。
和之前历朝一样，明朝和清朝都编有官方的韵书，如《洪武正韵》、《佩文诗韵》等。但这些韵书都承袭平水韵的音系，不能作为分析当时口语的依据。所幸的是，有一些私修的描述声韵的册子，不同程度地反映了当时的实际语音，如明兰茂作《韵略易通》，清无名氏作《圆音正考》。从明季开始，陆续有西方人到中国，他们用拉丁字母标注汉字的读音，为语音的实际音值留下了宝贵的材料。如明朝有利玛窦作《西字奇迹》，金尼阁作《西儒耳目资》。除此之外，还有一些对音材料作为补充。
《韵略易通》的创作约当十五世纪，上有一首早梅诗，归纳了当时的声母系统，一共四句二十字，每个字代表一个声母。原诗为：冰雪无人见，春从天上来。
由此得到明初声母如下表：
一百多年后，意大利传教士罗明坚和利玛窦留下的手稿和书籍用拉丁字母记录了当时的官话语音，他们记录的声母系统比早梅诗多了ŋ和ȵ，但这套语音系统对中古汉语的疑母的划分十分混乱，部分疑母字的确有声母脱落的现象，但同时有大量影母的字被派分了疑母的声母。
《西字奇迹》是用拉丁字母为汉字注音写的几篇文章，《西儒耳目资》是用拉丁字母注汉字音的汇集，两者之间有传承关系，使用了统一体系的拉丁拼音方案。从这套拉丁拼音系统可以归纳出明朝的韵母系统。
继塞音韵尾消失之后，鼻音韵尾-m至此也消失了，因此只剩下元音韵尾-i、-u和鼻音韵尾-n、-ŋ。同时发展出卷舌元音ɚ。
《西字奇迹》等书用元音字母上的标号表示声调，一共有5种标号，分表代表阴平、阳平、上、去、入5调。
早梅诗的音系中古汉语见、溪、群、晓、匣等母的字仍然保持舌根音k、kʰ、x，精、清、从、心、邪等母的字也仍然是平舌音ʦ、ʦʰ、s。但到了清朝，这种局面改变了。清朝后期的《圆音正考》针对当时尖团混淆的现象，要求严格区别尖团音。其序言说：“试取三十六母字审之，隶见溪郡晓匣五母者属团，隶精清从心邪五母者属尖，判若泾渭。”可见原作k、kʰ、x的细音字，在这之前已经变为舌面音（团音）ʨ、ʨʰ、ɕ了。而且该书写作的当时，ʦ、ʦʰ、s的细音也有混入舌面音的迹象。至此，现代普通话的声母格局就完全形成了。
