浙台（玉环）经贸合作区管委会的前身是台州市大麦屿港区开发工作领导小组办公室（简称“大麦屿港区办”），大麦屿港区办于2006年1月13日经台州市人民政府（台政办发【2006】2号）批准设立。2013年4月25日，经玉环市编办（玉机编【2013】8号）批准，大麦屿港区办、台州市大麦屿港区开发指挥部与浙台（玉环）经贸合作区管理委员会合署办公。
浙台（玉环）经贸合作区管委会为玉环市人民政府派出机构，正式挂牌成立于2013年12月26日。
2012年11月2日，浙江省人民政府办公厅下发《关于设立浙台（玉环）经贸合作区的复函》（浙政办函【2012】88号），同意在整合玉环经济开发区、大麦屿港区等区块的基础上，设立浙台（玉环）经贸合作区。浙台（玉环）经贸合作区纳入省级开发区管理序列。
2013年12月26日，浙台（玉环）经贸合作区管委会挂牌仪式，在玉环县大麦屿港区办大楼前举行，时任县领导陈明迪、李茂芳为管委会揭牌，宣告浙台（玉环）经贸合作区正式投入运作。
2017年1月9日，浙台（玉环）经贸合作区管委会行政大楼正式落成并交付使用，时任县委常委、副县长柯寿建为大楼揭牌。
2017年9月11日，玉环市市长吴才平赴浙江省商务厅，就玉环市申报国家级对台经贸合作区的相关事项，与省商务厅进行了深入探讨与研究。
2017年12月13日，国家商务部台港澳司处长何咏前带队的调研组来到玉环市，就玉环对台经贸合作等相关工作进行调研。
2018年1月30日，浙江省人民政府办公厅下发《关于印发全面优化开发区建设促进开发区深化改革扩大开放和创新发展的实施意见》（浙政办发9号），文件中明确提出支持浙台（玉环）经贸合作区创建国家级对台经贸合作区。
2019年2月27日，时任玉环市委书记林先华来到浙台（玉环）经贸合作区调研时，明确提出，2019年年内合作区要全力完成以下六大任务：
2019年3月5日，国家商务部驻杭州特派员办事处副特派员周关超一行来到玉环，对浙台（玉环）经贸合作区相关工作进行调研，并就玉环市申报“海峡两岸(玉环)经贸合作区”的工作进行指导。
浙台（玉环）经贸合作区管委会主任：许敏
浙台（玉环）经贸合作区党工委书记：柯寿建（兼任玉环市委常委，常务副市长）
