第二次山县内阁（日语：第二次山縣內閣／だいにじ やまがたないかく */?），是日本元老、公爵、元帅陆军大将山县有朋就任第9任内阁总理大臣（首相）后，自1898年（明治31年）11月8日至1900年10月19日组成的日本内阁。第二次山县内阁任内无阁员离任，连续任期达711日，是日本政治史上最长时间不替换国务大臣的内阁。
1898年，日本因与美国之间对夏威夷合并问题（日语：ハワイ併合）处理方式出现分歧，使时由大隈重信领导的第一次大隈内阁（隈板内阁）陷入外交危机；加上当时主导内阁的宪政党（日语：憲政党）出现严重的派系分裂，最终大隈内阁仓促总辞下台，由长州藩出身的陆军大将山县有朋继任。在经明治天皇同意任命后，山县于1898年4月继1889年第一次组织内阁后二度就任为内阁总理大臣。
山县向来排斥政党政治，为建立独立于政党之外的超然主义（日语：超然主義）内阁，他主导修改《文官任用令（日语：文官任用令）》及制定《文官分限令（日语：文官分限令）》、《文官惩戒令（日语：文官懲戒令）》、《治安警察法（日语：治安警察法）》及军部大臣现役武官制等制度，对社会运动及劳工组织加以规范，也强化了官僚制度的稳定性。第二次山县内阁期间，中国发生义和团之乱，日本也藉各国无暇出动足够兵力时主导组织八国联军。
1900年9月，元老伊藤博文成立立宪政友会，预备作为其政策之后盾。山县与伊藤向来不睦，并对伊藤亲组政党殊为不悦，遂于9月26日提请辞职。10月，内阁总辞，由伊藤继任组阁。
除部分特殊情况外，本内阁阁员皆于1898年11月8日就任。
第一次大隈内阁
第二次山县内阁
1898年11月8日—1900年10月19日
第四次伊藤内阁
