熊本城（日语：熊本城）位于日本熊本县熊本市中央区。别称银杏城（日语：銀杏城）。日本三大名城之一。
前身是室町时代阿苏家的隈本城加以改建而成，安土桃山时代丰臣政权入主肥后国后，此城即当地藩主的官邸，面积达九十八万平方米。
熊本城另一名称为银杏城，由于当加藤清正建造此城时，已经考虑到万一发生围城战时，城内需要有食物供应，因此便广植银杏，甚至连城内地席的材质，都是利用芋茎（日语：芋茎）晒干做成的，可以作为围城战时的战备存粮。
文明年间（1469年-1487年），作为肥后守护菊池氏同族的出田秀信开始建筑千叶城。熊本城历史就此开始。
16世纪早期出田氏势力衰退。在大永、享禄年间为菊池氏领地，由鹿子木亲员建造隈本城，并将藤崎八幡宫（日语：藤崎八旛宮）迁宫。1550年（天文19年）大友义鉴遭到家臣杀死。与义鉴敌对的菊池义武（义鉴之弟，以养子身份继承菊池家）控制了隈本城。1554年大友氏攻占隈本城，此后约30年左右由大友氏控制。
1587年（天正15年）丰臣秀吉完成九州征伐后，当时城主城久基移封筑后国。由秀吉家臣佐佐成政入主，成政不理秀吉指示进行检地，导致了肥后国人一揆（日语：肥後国人一揆）。1588年佐佐成政被责令切腹自尽，由加藤清正成为城主。
1591年加藤清正在茶臼山丘陵一带开始建造城堡。约1600年（庆长5年）天守建造完成。关原之战后清正成为肥后国52万石大名。1606年筑城完毕，翌年将城堡由隈本改名为熊本城。然而，在1625年（宽永2年），熊本城遭遇强烈地震，并且导致城内的火药库诱爆引发大火，破壊十分严重。
1632年（宽永9年）由细川忠利取代加藤氏管治熊本藩。忠利接管熊本城后，立刻下令尽速修复熊本城城池。该修理工程花了超过10年以上才算大功告成。后来，由于熊本地区在江户时代频发地震，所以历代细川氏城主一直重视维修熊本城，避免城池遭受临界损害。 直到废藩置县为止，为细川氏宗家的居城。
在幕末时代藩内分为学校党、实学党及敬神党三派。1870年实学党以“战国时代的遗物”向新政府提出拆城建议。但是拆除当天却停止工作。
1871年废藩置县，熊本县县厅在城内二丸设置。同年县厅改在花畑邸镇西镇台。驻守熊本镇台后，将老朽化的橹及多重橹逐个拆卸。特别是西出丸石垣。在西南战争前，只俘留本丸主要部分的天守及本丸御殿。
1876年神风连之乱（亦称敬神党之乱）期间，反乱者太田黑伴雄（日语：太田黒伴雄）控制了城内的炮兵营，很快被政府军镇压。
西南战争时期，熊本城是政府军的重要根据地，对抗守旧势力西乡隆盛所带领的西乡军。不过在西乡军发动攻势之前，其天守阁意外发生大火，火势虽然立刻获得控制，但是许多重要的文物、城楼已遭到烧毁。战争方面，政府军在谷干城（日语：谷干城）指挥下成功击退西乡军，西乡军并没有一人进入城中范围内。
西南战争后直至大正年间，幸免于火灾的另一部分城楼被陆军逐个拆除。
1884年城内设置午炮台，使用空炮进行报时（1941年停止）。
1933年熊本城迹列为日本指定史迹。1955年列为日本的特定史迹。1960年庆祝熊本城350周年，熊本市筹得1亿8000万日圆重建包括大小天守、平橹等。城内公园亦开始收费。而大天守内部为博物馆。2007年建城400周年纪念，再将部分建筑还原。
2016年4月14日开始，熊本县发生多宗震度逾6级的地震，其中16日的主震规模达7.3级，造成熊本城多处城墙石垣及屋瓦崩落。熊本市市长大西一史于7月26日表示，熊本城天守阁将于2019年修复，而整座城的修复希望能在20年内完成，总体修复费用逾600亿日圆。 截至2016年6月8日，城堡的修复计划已正式开始。整座城堡的完全修复和复原的完成日期计划预定在2036年。
熊本城是一座平山城。城池全长5.3公里。西南的古隈本城及东北的千叶城被包括在内，称为出丸。
清正特别擅于建造石垣。熊本城的石垣大多修建成“武者返”的形状，起初坡度较平缓，到上部则近乎垂直。城池采用蔚山倭城（日语：蔚山倭城）时的技术。防守集中在南方，以应付假想敌萨摩藩的入侵。在熊本市役所（日语：熊本市役所）外的石垣，更为日本最长的。
天守是连结式望楼型，大天守是3重6层及一层地库，称为“第一天守”。小天守是3重4层及一层地库，称为“第二天守”或“御上”，是城主夫人的居所。另外，城东北的清正建立的丰国庙迹（立田山中腹）和城西南妙解寺迹（花冈山麓）的细川家灵庙，这两者与天守在一条直线上。
建筑物方面，以黑色作为外观，天守以外的橹、门的屋顶少见弯曲，大多数为直线。多重橹全为望楼型。当中以宇土橹最高，甚至被称为“第三座天守”。
现存以下十三栋建筑：宇土橹、监物橹（长冈图书预橹）、平橹、五间橹、北十八间橹、东十八间橹、源之进橹、四间橹、十四间橹、七间橹、田子橹共十一座橹，及长塀（全长约242m）和不开门。全为日本重要文化财。
