隐孢子虫属（学名：）是顶复门的一个属，本属部分物种可感染包括人类在内的许多脊椎动物，造成隐孢子虫病，症状包括腹泻与咳嗽等。
隐孢子虫与疟原虫和弓形虫皆为顶复门的寄生虫，有别于后两者，隐孢子虫的生活史中不需中间宿主。隐孢子虫病多为短期、急性的疾病，感染后隐孢子虫可生存在人类的肠道长达五周，造成腹泻等症状。在体外隐孢子虫以卵囊的形式存在，对环境的抗性很高，进入人体后即可感染小肠上皮组织。造成人类隐孢子虫病的物种大多是小隐孢子虫与人隐胞子虫（英语：Cryptosporidium hominis）两种，不过犬隐孢子虫（）、猫隐孢子虫（）、火鸡隐胞子虫（）与鼠隐孢子虫（英语：Cryptosporidium muris）也可能感染人类。免疫缺陷者被感染的症状一般较严重，但免疫正常者也可能被感染。
2004年，小隐孢子虫的基因组被完整定序（英语：whole genome sequencing），发现其线粒体中不含有DNA。
