隐孢子虫属(学名:)是顶复门的一个属,本属部分物种可感染包括人类在内的许多脊椎动物,造成隐孢子虫病,症状包括腹泻与咳嗽等。
隐孢子虫与疟原虫和弓形虫皆为顶复门的寄生虫,有别于后两者,隐孢子虫的生活史中不需中间宿主。隐孢子虫病多为短期、急性的疾病,感染后隐孢子虫可生存在人类的肠道长达五周,造成腹泻等症状。在体外隐孢子虫以卵囊的形式存在,对环境的抗性很高,进入人体后即可感染小肠上皮组织。造成人类隐孢子虫病的物种大多是小隐孢子虫与人隐胞子虫(英语:Cryptosporidium hominis)两种,不过犬隐孢子虫()、猫隐孢子虫()、火鸡隐胞子虫()与鼠隐孢子虫(英语:Cryptosporidium muris)也可能感染人类。免疫缺陷者被感染的症状一般较严重,但免疫正常者也可能被感染。
2004年,小隐孢子虫的基因组被完整定序(英语:whole genome sequencing),发现其线粒体中不含有DNA。