巴布亚冲突，是指印尼政府与新几内亚岛上印尼巴布亚省和的西巴布亚省的土著人口之间持续的冲突，由1962年至现时，其中印尼政府被指控对原住民进行种族灭绝。
自1962年荷兰殖民政府从荷属新几内亚撤出以后，印尼自1963年开始履行管理，1969年正式将西新几内亚纳入印尼。自由巴布亚运动是一个好战的巴布亚独立组织，对印尼政府进行了低调的游击战争，目标是印尼军队和警察，以及绑架非巴布亚人的印尼定居者和外国人。同时西巴布亚人举行了各种抗议和仪式，寻求与巴布亚新几内亚统一，并指责印尼政府滥杀和压制他们的言论自由。独立组织称自1969年以来，许多西巴布亚人被印尼军队杀害。因为对巴布亚民族主义的敏感，印尼政府限制外国进入巴布亚省和西巴布亚省。
1949年12月，在印度尼西亚独立革命结束时，荷兰同意承认印尼对前荷属东印度群岛领土的主权，除了西新几内亚，荷兰继续作为宗主管理荷属新几内亚。印尼民族主义政府认为，这是对整个荷属东印度群岛的继承，并希望结束荷兰殖民地在东印度群岛的存在。荷兰认为巴布亚人在民族上与印尼人有所不同，荷兰将继续管理领土，直到它有能力自决。从1950年起，荷兰同意巴布亚人应该有一个独立的国家，但由于全球战略的考虑，主要是肯尼迪政府关注保持印度尼西亚处于冷战的边缘，美国迫使荷兰人牺牲巴布亚人的独立，将国家转移到印尼。
1962年，荷兰同意将领土交给联合国临时行政当局，签署“纽约协定”，其中包括在1969年之前举行公民投票的规定。印尼军方组织了这次投票，称为1969年的“自由选择法案” 以确定人民对巴布亚和西巴布亚未来的看法，选举结果有利于融入印尼。独立组织称违反了印尼和荷兰之间的协定，这次投票是在印尼军队面前举行的，只有1025人被选中，被迫用枪投票与印尼合并，只有远远不到1％的人有资格投票，独立活动家对投票的合法性提出争议，发起了反对印尼军事占领西巴布亚的抗议运动。
自1969年以来，通过移民计划，印尼西亚巴布亚240万居民中约有一半是出生于爪哇岛。族际婚姻正在增加，移民的后代已经当自己是巴布亚人。
截至2010年，有13,500名西巴布亚难民生活在邻国巴布亚新几内亚，偶尔有越界战斗，因此巴布亚新几内亚国防军在巴布亚新几内亚西部边界设立巡逻队，防止自由巴布亚运动人士进入。此外，巴布亚新几内亚政府一直驱逐越界的西巴布亚居民，承诺没有诠行反印尼活动是西巴布亚移民留在巴布亚新几内亚的条件。自20世纪70年代末以来，自由巴布亚运动已对巴布亚新几内亚的商业项目和政治家进行报复性攻击，因此自20世纪80年代开始，巴布亚新几内亚军方与印尼军方进行了联合边境巡逻。
在2004年，由流亡英国的西巴布亚领导人本尼·温达设立自由西巴布亚运动，鼓励联合国在西巴布亚举行独立公民投票。 该运动有国际人物的支持，如诺贝尔和平奖得主大主教德斯蒙德·图图。2012年，印尼总统苏西洛·班邦·尤多约诺对运动领导人发出了逮捕令。
2019年8月16日，东爪哇省泗水和玛琅警察逮捕了43名来自巴布亚的学生，指控他们将印尼国旗扔入水沟。警察在逮捕时言语粗鲁，虽然最终没有证据证明巴布亚学生毁坏国旗，学生也在17日午夜得到释放，但由于假消息的蔓延，巴布亚人民认为学生受到了虐待，且这一逮捕事件表露出种族歧视态度。随后，巴布亚地区索龙、马诺夸里、法克法克、查亚普拉、蒂米卡等地发生大规模骚乱，索龙多米尼克爱德华·奥索机场被示威者破坏，马诺夸里的西巴布亚地方议会大楼被烧毁。望加锡的巴布亚学生也与当地居民发生冲突，雅加达的巴布亚学生发起游行，喊出“巴布亚要公投”“给巴布亚自由”的独立口号。19日早，东爪哇省长科菲法（英语：Khofifah Indar Parawansa）通过电话向巴布亚省长卢卡斯·恩讷贝道歉，泗水市长德利（英语：Tri Rismaharini）与玛琅市长苏蒂亚吉（英语：Sutiaji）相继道歉。21日开始，印尼当局封锁了巴布亚及西巴布亚两省的互联网。23日，印尼当局向巴布亚地区增派了1,200名警察，称是为确保社会安全并非镇压暴徒，并保证不在实施安全措施时使用实弹。
Bobby Anderson, "Papua's Insecurity: State Failure in the Indonesian Periphery", East-West Center, Policy Studies 73, 978-0-86638-264-9 (print); 978-0-86638-265-6 (electronic)
