日本的铁路（日语：鉄道／てつどう */?）发展始于幕末时期，第一条铁路则开通于明治5年（1872年），至第二次世界大战爆发前，各式铁路系统已深入日本全国各地，城市轨道交通系统则处于萌芽阶段。1945年终战后，日本的铁路事业进入新的发展期，1960年代面世的新干线，使日本铁路的发展水准达到世界前列。现今日本是全世界铁路事业最发达的国家之一（含运输服务及相关上游产业），除了原属国营的JR之外，民营铁路也非常兴盛，在东京、大阪等重要都市亦有发达的城市轨道交通（地铁）与通勤铁路系统。此外，日本各地尚有多家以服务偏乡为主的第三部门铁道。
日本的铁道，是基于铁道事业法（日语：鉄道事業法）而建设，并由国土交通省管辖，而轨道是基于轨道法（日语：軌道法）而建设。在法例上铁道与轨道是不同的，但一般都只称作铁道。铁道事业法跟轨道法是属于两个不同类别，铁道事业法是由旧有的运输省管辖，而轨道法则是旧有的运输省与旧有的建设省共同管辖。运输省与建设省于2001年合并为国土交通省。
在部分私人地方，存在着不基于铁道事业法及轨道法建成的铁道。这些铁道大多是旅馆用作迎送客人之用。
日本的人口密度较高，无论是都市内运输，或是都市间的运输，铁道都担当着重要角色，日本铁道的输送力，约占全国的四成。日本的铁道是世界上最准时、提供最佳旅客服务的铁道之一。
可是，在一些人口密度较低的地区，经营铁道十分困难，但仍有部分努力经营的中小型铁道公司能够赚得盈余。
日本的法律中，铁道事业法（日语：鉄道事業法）施行规则第四条里，有如下规定：
符合上记第八项的，2005年日本国际博览会（爱・地球博）的IMTS（2005年日本国际博覧会协会爱・地球博线（日语：愛・地球博線））以“磁气诱导式铁道”之名追加。
日本全国的主要铁道路线曾经由国家来经营，但经过从行政机关向公共企业体（日语：公共企業体）（国铁）等的改革，再经过国铁分割民营化后，国铁解散，由JR集团7公司继承。
JR集团之外、各地区还存在多家民营铁道公司（私铁）。位于大都市圈的大型民营铁道公司、准大型民营铁道公司主要运营连接都心和郊外铁路网。中小型民营铁道公司多数主要致力于连接JR车站与偏远城市的铁道。大都市内还存在地下铁。日本的地下铁是以特殊会社（日语：特殊会社）或是地方公营企业（日语：地方公営企業）（公营交通（日语：公営交通））的形态来运营的。
除了JR与私铁，还有一种由地方政府与在地企业合资的第三部门铁道公司，大多经营原国铁与JR的路线，以维持地方上居民交通与货物列车行驶需求。
路面电车根据轨道法（日语：軌道法），大多数不属于严格意义上的“铁道”。路面电车正逐渐撤废中，但现在一部分都市仍在运行，也存在地方公营企业的形态和民间企业的形态。
1987年，原本属公营事业的日本国有铁道（国铁）进行分割与民营化成为JR集团。在由国铁分割而出的七家铁路公司中，东日本旅客铁道（JR东日本）、东海旅客铁道（JR东海）、西日本旅客铁道（JR西日本）以及九州旅客铁道（JR九州）的国有股份已全部在市场上售出，完成了完全民营化的步骤。
但另一方面，北海道旅客铁道（JR北海道）、四国旅客铁道（JR四国）、日本货物铁道（JR货物）则根据“旅客铁道股份有限公司及日本货物铁道股份有限公司相关法（日语：旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社に関する法律）”（一般简称为“JR公司法”（日语：JR會社法）），成为政府100%出资但以股份公司形态营运的特殊法人（在日本的法律中被称为特殊会社（日语：特殊会社）），股票也未上市。这三家公司因为负责的营运区域或项目基于人口、经济活动等无法抗拒的外部因素，营运基础较为脆弱，无法单靠铁路运输的经营达到收支平衡，而经常需要仰赖中央或地方政府的预算支援，因此其经营的重点在于铁路运输业之外的多角经营，尽可能提升公司的整体经营利益。
16家大型民营铁道公司（大手私铁）以大都市部为中心，承担了大量的客流量。但是，受日本全体人口减少的影响，客流量有减少的趋势。这些大型民营铁道公司中，不仅在铁道事业，在巴士事业和不动产事业等方面收益的公司也有很多。
受到日本人口减少、过疏化的影响，中小型民营铁道公司经营状况都不佳。都市近郊的准大型民营铁道公司依靠铁道沿线的住宅开发，影响不是很大。但是，除此之外的郊外农村地区的民营铁道公司大都亏损。除了有观光资源、有一定程度需要的地方之外，铁道路线都不断缩短、废止。地方公共团体经营状况的恶化导致补助金减少或是被取消。自铁道事业法（日语：鉄道事業法）修正之后，只需提出申请，就可能废止铁道路线。
地方公共团体出资、以及民间企业和地方公共团体共同出资的铁道在交通网薄弱的地域是不可或缺的。然而，在郊外农村地区，由于公路的发达、私人运具的普及和人口减少，接手国铁的亏损路线，经营大多都甚为艰难。在都市地区，有些路线由于高昂的建设费用导致高价的车票，从而陷入了客流量难以扩大，沿线开发无法进展，就更难以吸引客流的恶性循环。但也有诸如筑波快线、智头急行之类，有较高客流量的铁道路线。
随着国铁分割民营化，货物运输方面由日本货物铁道（JR货物）来接手。然而，JR货物成立后，铁路货物运输量不断减少。之后，从环境保护以及发挥铁路运输优势的视点出发，从普通货车转向集装箱化，引入新车型来提高车速，从而使JR货物开始扭亏转盈。
然而，以郊外农村地区货物运输为中心的中小型民营铁道（临海铁道（日语：臨海鉄道）等）仍大量经营困难。
昭和30年代（1955年-1964年）之前总体上是增加的趋势，但昭和30年代以后，随着高度经济成长期的产业结构的变化导致的人口分布的变化（向大都市集中）以及汽车的普及，郊外、农村等地的中小型民营铁道的客流量逐渐减少，许多铁道被撤废。昭和40年代（1965年-1974年）后半段以后，由于机票价格低廉化以及高速公路网渐趋完备，长距离铁路客运的需求逐渐减少。现在由于少子化、高龄化以及人口分布的都心回归（日语：都心回帰）等现象，不仅是农村地区的中小型民营铁路，大都市圈的民营铁路的连接都心与郊外的铁路客流量也出现了减少的情况。
另一方面，都市部也存在客流量逐年增加的铁道线路，以及新开线路导致的客流量增加。在农村部，由于对抗公路与航空的竞争策略以及观光客的增加，一部分路线也有客流量增加的情况。
除了新干线之外，只有极少一部分在来线的最高时速能达到160公里，大部分重要干线的最高时速都在120公里到130公里之间。其主要原因为：
自从JR福知山线出轨事故发生以后，市民对铁道运输的安全性及信心有下降趋势。各铁道公司亦纷纷投资在安全问题上，除了自动列车控制装置(ATC)等主要对策之外，安装月台幕门等较细微的事项亦没有忽略。
随着无障碍运输交通法的施行，各公司都将辖下的设施无障碍化，以方便残疾人士使用。主要以市中心由市中心车站开始，加设电梯及升降机等等。车站洗手间亦更换成多用途洗手间，不少列车内的洗手间同样更换为多用途式。但是，仍有不少业务不佳的公司没有实行无障碍化。
为了提升客流量，服务质量的提升是不可或缺的一环。因此，各事业者都想尽各种方法以期能吸引乘客──从车站服务人员教育等的软件质量提升，到简化复数路线利用方法，引入通用交通卡（例如PASMO等）甚至是信用卡付费方式等的硬件质量提升。
另一方面，大多数铁路公司通过在车站楼内引入各种商店，为乘客提供了方便，同时也确保了公司收益。JR也摆脱了国营企业的束缚，以大都市的主要站点为中心，大量的出租店铺在车站楼内开店。然而，在车站楼内这样一个有利位置开店，也给车站周边的商店带来了一定的影响。
日本尤其是东京圈、大阪圈、名古屋圈、福冈圈的铁路当中，私铁发挥了很大作用。而分割、民营化后的JR之中，JR东日本、JR东海、JR西日本3间公司均达到黑字经营（即有盈余的经营）。其中以JR、私铁作为铁路业的中心，展开了不动产、零售、旅馆等与铁路使用者和沿线居民生活息息相关各式各样的关连事业。
日本是世界上其中一个铁路治安和清洁性最高的国家。虽然近来有治安恶化指摘的声音，然而日本即使是地下铁乘客在车内睡觉而遭到犯罪的可能性也很低，就算是深夜女性也可安心一个人使用铁路。另外铁路车辆的涂鸦、破坏公物而荒废列车的情况可见于多国，但现在的日本很少出现如此的情况，尊重一般的铁路车辆为公共财产，因此能保持清洁的状态。
列出了目前日本各条铁路线路的代表色。这些代表色被用于车辆喷涂、车站站牌、线路地图等之上，用于标示具体线路，防止乘客误乘。
山阳新干线北陆新干线 (JR西日本段)
上越新干线北陆新干线(JR东日本段)
