中黑格兽科（学名Mesotheriidae）是一科已灭绝的南方有蹄目。它们生存于始新世至更新世的南美洲。中黑格兽科包含了由小至中型的草食性及适合挖掘的哺乳动物。
中黑格兽科是细小至中等身形的南方有蹄目，较大的约有羊般大小它们最特别的地方是其专门化的牙齿及骨骼。中黑格兽科的门齿是不断生长的，只有内面有珐琅质，就像是现今的啮齿动物。它们的颊齿（即前臼齿及臼齿）有高冠，在较进化的成员中也是不断生长的。中黑格兽科的骨骼很重型，像现今会挖掘的哺乳动物。在化石可见它们充满裂纹的爪，肘上有籽骨，脊骨融合荐骨及髋骨来加固骨盘。
对于三属中黑格兽科（粗型兽属、及中黑格兽属）的生物力学研究发现它们适合挖掘。估计它们是挖掘树根及块茎等食物，其食性及行为像现今的袋熊。另外，对于细小的中黑格兽属也有可能是会挖洞的。
中黑格兽科就像其他的南方有蹄目般只生存于新生代的南美洲。不过，它们并非广布整个大洲，反而只是散布在玻利维亚及智利的中海拔地区。它们的化石在高海拔的地区很罕见，而更是绝迹于热带的南美洲北部。
中黑格兽科最早的是，可以追溯至始新世晚期或渐新世早期，但却有质疑所属的地层应属于中新世早期。已确定最早的化石纪录属于渐新世晚期的及粗型兽属。中黑格兽科于中新世达至多样化的顶峰，并一直生存至更新世中期。中黑格兽科是南方有蹄目中三个生存至第四纪的科之一。
中黑格兽科在南方有蹄目内被分类在型兽亚目之下。事实上，型兽亚目是为印齿兽（即中黑格兽属的异名）来命名的。除了中黑格兽科外，型兽亚目传统上包含了其他细小的南方有蹄目。近期的意见认为要将古蹄兔科及黑格兽科加入到型兽亚目中。这两科以往分类在黑格兽亚目中，但系统发生学研究指若将它们排除在型兽亚目以外，型兽亚目则会成为并系群。在型兽亚目中，中黑格兽科较为接近古蹄兔科及黑格兽科。中黑格兽科及黑格兽科都是源自于古蹄兔科。
中黑格兽科下的三个亚科是Fiandraiinae、Mesotheriinae及Trachytheriinae。不过，有指Fiandraiinae下唯一的Fiandraia并非中黑格兽科，而是箭齿兽科。Trachytheriinae包含了早期的形态，而相对于Mesotheriinae较为并系群，而Mesotheriinae则包括了中生世或以后衍生的属。
中黑格兽科的分类如下：
