清朝仿明制，大量制作帝王用玺以冲淡无传国玉玺之虚。清朝玉玺使用满汉双文篆书样，左满文，右汉文。清共制二十五方玉玺称清二十五宝。二十五宝平时密藏于紫禁城交泰殿的宝盝中，一宝一盝。宝盝为两重，皆木质，制作精美。宝盝置木几上，外罩绣龙纹的黄缎罩，分列于御座左右。
亦有闻传国玉玺蒙元北遁时携走，明末清初时多尔衮领兵在青海地区决战北元时亦有得传国玉玺，但清宫档案证明实为“制诰之宝”。
清初作宝泛滥，至乾隆初年交泰殿贮宝三十九方，其中宝文重复者或于义不合者甚众。乾隆十一年厘定制度，只选其中二十五方以作国宝，其数以应大衍之数。乾隆十三年更定宝文，除大清受命之宝、皇帝奉天之宝、大清嗣天子宝、青玉质皇帝之宝四方以其由绪有序予以保留外，其余二十一方俱重刻为满汉篆文体。
二十五方玉玺造型、材质多样，以玉刻交龙纽为多，其它有金质、银质，还有一方木玺。
乾隆十一年厘定二十五宝制度后，故内府所藏废弃国宝十四方中，以其中十方或虽宝文重复但国初行用，“未可以与古玩并列”，故宝于盛京宫阙凤凰楼。
清高宗乾隆帝在登基60年后传帝位于嘉庆帝，自居太上皇公文谕令行“太上皇帝之宝”。
太上皇帝之宝：碧玉质，交龙纽。四壁刻有乾隆御题诗。存于雕云龙纹紫檀匣中。
凡三品堂上官任免诸事皆由太上皇决断，用玺太上皇帝之宝。
清末新政时，仿西欧木制国玺御玺之制，作檀香木汉文篆书方玺四方，现藏北京故宫博物院。与旧二十五宝不同，印文仅有汉文且明示国体国号，其文分别为“大清国宝”、“大清皇帝之宝”、“大清帝国之玺”、“大清帝国皇帝之宝”。推测此四方玺或于新政或行宪后用于中外交往文书上，然而四方玺均无使用痕迹。
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