伊萨克·科穆宁（希腊语：Ἰσαάκιος Κομνηνός，罗马化：；约1113 – 1146年之后），是拜占庭皇帝约翰二世与皇后匈牙利的伊琳娜（英语：Irene of Hungary）的第三子。两个兄长去世后，父亲却选择他的弟弟曼努埃尔继位，导致两兄弟关系紧张。他曾参加父亲和弟弟在小亚细亚的战争，他还是普世牧首科斯玛斯二世（英语：Cosmas II of Constantinople）的坚定支持者，除此之外，关于他的记载不多。
伊萨克·科穆宁出生于约1113年，是拜占庭帝国约翰二世皇帝（1118-1143年在位）与皇后匈牙利的伊琳娜（英语：Irene of Hungary）的第三子。1122年，他的长兄阿莱克修斯·科穆宁（英语：Alexios Komnenos (co-emperor)）加冕为共治皇帝，伊萨克和其他兄弟则被授予至尊者（英语：Sebastokrator）的头衔。他是个高大魁梧的人，但拜占庭记载称，他时常冲动愤怒，（对身边人）施加严厉的惩罚，因此不太受父亲喜爱。
拜占庭史家约翰·金纳莫斯记载，伊萨克参加了1136年进攻奇里乞亚的战斗；围攻那里的阿纳扎布斯（英语：Anazarbos）城时，他向父亲建议，用砖头加强木制的工程车，以防御守城者抛下的炙热的铁水，这一策略使得拜占庭军顺利地攻下了此城。1142年，约翰二世与儿子们进攻安纳托利亚南部，长子阿莱克修斯突然染病去世，三子伊萨克与次子安德洛尼卡（英语：Andronikos Komnenos (son of John II)）奉命护送哥哥的尸体返回君士坦丁堡，安德洛尼卡在途中也染病去世，只有伊萨克顺利回到了帝国首都。
两个哥哥的去世使伊萨克成为皇位继承的有力候选人，1143年4月，约翰二世在奇里乞亚狩猎时受伤感染，死于败血症，临死前，他选择第四子曼努埃尔为继承人，而不是现存的长子伊萨克。关于这一选择有几种解释：当时的拜占庭史家称曼努埃尔更有能力，且长子继承在拜占庭传统中不是决定性的因素；同时代的拉丁人史家提尔的威廉称，最重要的原因是曼努埃尔正在军中，能够让士兵们安全回国，而伊萨克当时身在君士坦丁堡；威廉还记载，军队总司令（英语：megas domestikos），握有实权，同时与约翰二世关系紧密的约翰·阿克苏赫（英语：John Axouch）曾力劝皇帝立伊萨克为嗣，但皇帝决定立曼努埃尔之后，又坚定地支持曼努埃尔。
曼努埃尔继位时，身在君士坦丁堡的伊萨克无疑是个威胁，帝国皇宫、金库、冠冕都还在他手里。尼基塔斯·霍尼亚提斯记载，曼努埃尔派约翰·阿克苏赫快速前去接管首都，约翰赶在约翰二世的死讯之前到达首都，占领了皇宫，把伊萨克关进了约翰二世创办的基督全能者修道院；老伊萨克·科穆宁（约翰二世的弟弟）在斗争中也支持伊萨克，被约翰逮捕。尽管首都的不少人都认为伊萨克更适合继承皇位，但他只能被迫放弃。曼努埃尔于6月27日抵达首都，他认为自己已经足够安全，就释放了伊萨克。两兄弟之后仍然关系紧张，伊萨克是普世牧首科斯玛斯二世（英语：Cosmas II of Constantinople）的坚定支持者，1146、1147年之际，有人指控后者密谋拥立伊萨克，于是曼努埃尔在1147年2月废黜了这位牧首。
1145-1146年，伊萨克与约翰·阿克苏赫（英语：John Axouch）一起作为指挥官参加了曼努埃尔一世进攻罗姆苏丹国首都以哥念（今科尼亚）的战役。约翰·金纳莫斯记载，战役中，曼努埃尔一世的军营中发生了一场激烈的争论，人们争论曼努埃尔和他父亲约翰二世谁更擅长军事；约翰·阿克苏赫大力赞颂约翰二世，伤害了曼努埃尔，伊萨克也极力附和约翰，争吵逐渐升级，伊萨克拔剑刺向他的堂弟安德洛尼卡·科穆宁（未来的皇帝），皇帝与随从共同挡下了这一击，皇帝受了轻伤。伊萨克在之后的几天内被禁止接近皇帝，约翰则被剥夺了使用帝国国玺的权力，此玺本来是用于签署发放帝国补助金的特许状的。这次事件之后，再没有关于伊萨克的记载，他之后的命运未知。
伊萨克的第一个妻子名叫狄奥多拉（Theodora），她的出身和生平都不见于记载，她可能于1142或1143年去世。后伊萨克又结了一次婚，第二个妻子叫伊琳娜·迪普罗西纳德娜（Irene Diplosynadene，“Diplosynadene”意味着她的父母都是西纳德诺斯家族（英语：Synadenos）成员）。第一次婚姻中，伊萨克与妻子育有五个孩子：
伊萨克与第二个妻子育有两个女儿：
