水岛昇（日语：水島 昇／みずしま のぼる ，1966年－），日本医学家、生物学家，皇后美智子的玄侄孙。曾任东京医科牙科大学教授，现任东京大学教授。
水岛教授曾于2013年与大隅良典、丹尼尔·克利昂斯基名列汤森路透引文桂冠奖，并名列讲谈社特刊“改变日本的天才”之一。
水岛昇的祖父水岛三一郎曾是1962年、1964年诺贝尔化学奖候选人，父亲水岛裕是国会议员。父祖两代皆为东京大学毕业生，父子两人都是医学部出身。
水岛昇的祖母是上皇后美智子的姑姑，辈分上水岛昇是上皇后的玄侄孙（日语称谓“玄侄孙”是否与中文称谓“从侄女”相对应？），属于日本皇室的远亲，与德仁天皇、秋篠宫皇嗣亲王具有血缘关系。水岛昇的妹妹水岛广子（日语：水島広子）是庆应义塾大学医学博士，活跃于政治界。
水岛昇曾与东工大教授大隅良典一同入选2013年汤森路透引文桂冠奖。大隅是水岛三一郎的再传弟子，也是水岛昇的博士后老师。
水岛昇的研究横跨医学、生物学，是一名专长细胞生物学与生物化学的生物学者。水岛以绿色荧光蛋白染色自噬体，对小鼠作基因工程研究，完成世界最初活体细胞内部自噬的可视化，使得不用电子显微镜观察细胞自噬成为可能。借由水岛的研究，人类得以发现自噬的生理机能与分子机制。由于相关论文被大量引用，因此名列汤森路透引文桂冠奖。
1966年，水岛昇出生于日本东京都新宿区。受到祖父与父亲的影响，幼时的水岛昇立志成为医生与科学家。尽管最初的兴趣在物理学，但在接触分子生物学、生物化学之后，他开始考虑专攻生物学。他本来以理学部为升学目标，但在被父亲告知医学部可以研究生物学之后，1985年从武藏高等学校（日语：武蔵中学校・高等学校）毕业的他，选择考进东京医科牙科大学（医牙大）医学部。
1991年大学毕业后，水岛昇留校攻读医学研究科。其后，进行免疫学研究的他，决定专注于免疫细胞间的沟通与细胞内部现象。1996年完成博士课程，取得医牙大医学博士学位。
博士班毕业后，在博士后研究员阶段成为日本学术振兴会（日语：日本学術振興会）的特别研究员。当时的水岛读到基础生物学研究所（日语：基礎生物学研究所）教授大隅良典关于自噬研究的论文，深受影响，因此申请加入大隅研究室。1998年开始在基础生物学研究所兼职。1999年专职担任科学技术振兴事业团的“魄力21”研究员。2002年担任基础生物学研究所助手。2004年担任东京都临床医学综合研究所代谢控制研究部门的室长。
2006年回到母校东京医科牙科大学担任医牙学综合研究科教授，讲授细胞生理学。2012年转任东京大学，担任医学系研究科教授。
水岛从属的学术团体包括：日本细胞生物学会、日本生化学会（日语：日本生化學會）、日本分子生物学会（日语：日本分子生物学会）等。并班任日本细胞生物学会的评议委员与、日本生化学会的评议员与常务理事、日本分子生物学会的理事职务。
业余兴趣是音乐，小学时代曾学习钢琴，中学、高中时代参加英式铜管乐队，大学时代吹奏双簧管。最喜欢的运动是网球。
