琉球在番奉行是日本江户时代萨摩藩派驻琉球的役职者，起到监督并间接干涉琉球内政的作用。
1609年庆长琉球之役后，琉球成为萨摩藩的附属国。1628年（宽永5年），萨摩藩向琉球派驻在番奉行，以监视和干涉琉球内政。第一任在番奉行为本田亲政（本田伊贺守）。在番奉行及其附役一般约20人左右，负责处理萨琉之间的公务并管理贸易实务。其所住的役所为在番奉行所，设在那霸，被琉球人称为在番假屋（ザイバンカイヤ）、大假屋（ウフカイヤ），其遗址位于今日冲绳县那霸市西1-2-16。琉球王府负责与在番奉行所交往的相关官职一般由那霸士族所垄断。
由于琉球是萨摩藩的附属国，在番奉行所事实上起到了监视和干涉琉球内政的作用。琉球历史上著名的八重山吉利支丹事件（日语：八重山キリシタン事件）、北谷惠祖事件、平敷屋友寄事件以及牧志恩河事件，都有在番奉行所插足。
明治维新后，萨摩藩遭到废藩置县的处置，改为鹿儿岛县。1872年，日本明治政府宣布改琉球国为琉球藩，在番奉行所亦改为外务省、内务省出张所。1879年，日本吞并琉球、设置冲绳县后，原在番奉行所之地曾作为临时县厅，直到1920年才搬到今日那霸市的泉崎现址。
在番奉行所留有文献《御假屋守日记》，是研究萨琉关系的重要史料。
