睡莲目（学名：Nymphaeales）是被子植物的一个目，包含了睡莲、莼菜等多种水生草本植物。
依据化石记录，睡莲目至少在一亿三千万年前的白垩纪早白垩世就已经出现，是被子植物里相当古老的一个分支。学名在语法上是复数。
在2009年的APG III分类法，睡莲目直接置于被子植物分支之下，是继无油樟目之后较早和其它被子植物分开演化的支系之一。其下包括了三科：
在1981年的克朗奎斯特分类法里，睡莲目属于木兰纲（即双子叶植物），置于木兰亚纲之下，该分类法的睡莲目下有5个科：
在1989年Dahlgren分类法里，睡莲目属于木兰纲木兰亚纲之下的睡莲总目（Nymphaeanae），莲科已被独立划为木兰总目之下的莲目（Nelumbonales）（后来1998年APG分类法中，莲科被归类为山龙眼目），因而睡莲目只包括三个科：
在1992年Thorne分类法中，睡莲目属于木兰纲木兰亚纲睡莲总目，金鱼藻科则被独立划分为木兰总目之下的金鱼藻目（金鱼藻科1998年被AGP独立分出，2003年被APG II列为真双子叶植物分支的旁系群），睡莲目只剩两科：
在1998年APG分类法及2003年APG II分类法，被子植物种系发生学组（APG）根据遗传学资料，将睡莲科直接置于被子植物之下，并建议将莼菜科与睡莲科合并。
2007年以来的研究发现，原先被归类为禾本目的独蕊草科是睡莲科及莼菜科的近亲，并拥有形态学及胚胎学证据的支持。
另外，虽然睡莲科及莼菜科之间的差异很小，但依然可以明确将两者区分，因而在2009年的APG III分类法之中，两者继续分开并列，和独蕊草科一起列在睡莲目之下。
睡莲目以下各分支和其它被子植物的演化亲缘关系如下：
真双子叶植物
金鱼藻目
单子叶植物
木兰类植物
金粟兰目
木兰藤目
睡莲科
莼菜科
独蕊草科
无油樟目
