现今的塞舌尔国旗启用于1996年6月18日,为该国独立后的第三版国旗。
国旗是一面由蓝 (象征海洋)、黄 (太阳)、红 (人民及其在爱与团结中奋斗的决心)、白 (社会正义与和谐)、绿 (土地与自然)五种颜色所组成的旗帜,五色呈放射状排列,象征塞舌尔在独立二十年之后,换以全新的面貌走向未来。
国旗颜色以前两版国旗的红、白、蓝、绿加上代表太阳的黄色组合而成。在同日启用的新国歌中亦有提及。
塞舌尔第一版国旗于1976年6月29日自英国独立后启用,当时国旗图案是交叉的两个蓝三角形和红三角形,中间形成白色的X。巧合的是,这面国旗几乎与澳大利亚联合蒸汽导航公司旗帜雷同,并且格式上与牙买加国旗相似。
1977年,当詹姆斯·曼卡姆总统被弗朗斯-阿尔贝·勒内发动政变推翻后,第一版国旗被废除,同时塞舌尔启用新的国旗(即第二版国旗)。图案以塞舌尔人民进步阵线标志为蓝本,为上红下绿,中间有一条白色波浪条纹贯穿。当时国旗和塞人阵标志不同的是后者上有太阳图案。该旗帜与苏联统治下的立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚国旗非常相似。当塞人阵在选举中失去多数席位时,其他党派要求更换国旗,1996年6月18日塞舌尔议会批准新的国旗设计,是为第三版国旗。