在尼古拉二世去世后，1061年教宗选举于1061年9月30日在罗马圣伯多禄锁链堂举行。根据尼古拉二世的教宗诏书《以上主之名（英语：In Nomine Domini）》，主教级枢机是教宗选举的唯一选举人，这在罗马天主教会历史上属首次。一位非枢机和巴塔里亚运动的其中一位发起者安塞尔·莫达·巴乔主教被选为教宗亚历山大二世，而教宗加冕仪式则于1061年10月1日傍晚在圣伯多禄锁链圣殿举行，因为选举的反对者使加冕仪式无法在旧圣伯多禄大教堂举行。
巴乔主教有他的朋友、教宗诏书《以上主之名（英语：In Nomine Domini）》公布的推动者希尔德布兰枢机以及下洛林公爵戈弗雷三世（英语：Godfrey III, Duke of Lower Lorraine）的支持罗贝尔·吉斯卡尔被封为亚普里亚和迦勒比利亚公爵（英语：Duke of Apulia and Calabria）时保护尼古拉二世的诺曼人军队亦有到场以示支持。尽管巴乔主教知名度高且在德国宫廷备受尊重，但是神圣罗马帝国皇帝没有同意进行该选举。
由于对此新进程感到不快，一批罗马贵族以及隆巴德主教在意大利帝国宰相吉伯特带领下找到亨利四世的摄政皇后普瓦图的阿格尼丝并提名彼得罗·卡达洛主教继承尼古拉二世的职位。1061年10月28日，卡达洛主教在一个在巴塞尔召开而没有枢机出席的宗教会议上被选为对立教宗何诺二世。
对立教宗何诺二世前往罗马游行并于1062年4月14日击败亚历山大二世并控制了圣伯多禄大殿及其周围。其后，戈弗雷三世介入，何诺二世与亚历山大二世分别退至帕尔马和卢卡以等待戈弗雷三世与帝国法院的调解。不过，科隆总主教安诺二世（英语：Anno II, Archbishop of Cologne）对摄政皇后发动政变。作为摄政，安诺二世于1062年10月召开了奥格斯堡会议（英语：Council of Augsburg）并派出哈尔伯施塔特主教博查德二世（英语：Burchard II, Bishop of Halberstadt）作为特使前往罗马。博查德二世撤销了亚历山大二世的贩卖圣事指控，并将其视为新教宗。
亚历山大二世于1063年将何诺二世绝罚。不过于一场反宗教会议后何诺二世在圣天使城堡重新成为教宗，并于再次逃到帕尔马前一年对亚历山大二世发动战争。1064年5月31日五旬节当天举行的曼图阿宗教会议（英语：Synod of Mantua）上，与会者同意绝罚何诺二世并宣布亚历山大二世是合法教宗。
以下为出席这次教宗选举的枢机选举人，所有拥有选举权的枢机都是主教级枢机。
