吴祖修（1714年12月24日－1766年8月21日，康熙五十三年十一月十八日－乾隆三十一年七月十六日），字慎思，号雪轩。江南省常州府武进县（今属江苏省常州市）人，清朝政治人物，官至知州。
早年为监生。雍正十年（1732年），中式壬子科乡试举人。十一年（1733年），中式癸丑科会试，殿试位列第二甲第四名进士出身，朝考选翰林院庶吉士。年仅二十岁，与时任编修的父亲吴龙应同时在翰林院任职。在馆期间，请假至浙江迎娶浙江粮储道刘复之女。
乾隆元年（1736年）四月，散馆，以知县即用。二年（1737年），授直隶保定府唐县知县，受直隶总督李卫器重。三年（1738年），充戊午科顺天乡试同考官。
调任大名府南乐县知县。十年（1745年），调任河间府任邱县知县。
十三年（1748年），大计获评卓异，升调广东惠州府连平州知州，赴任前丁父忧归乡。
服阙，十七年（1752年），选授山东武定府滨州知州。后调任济南府德州知州。时乾隆帝特旨命督抚大臣举荐州县官才能胜任知府者，吴祖修受山东巡抚鹤年举荐，取咨文赴北京之际，受人牵连革职。居家读书侍母数年，后循例捐复原官，拣发湖北，署理武昌府嘉鱼县知县，后改署汉阳府沔阳州知州，借补襄阳府襄阳县知县。三十年（1765年），充任乙酉科湖北乡试同考官。敕授文林郎，例授奉直大夫。
因捕盗有功，奉旨回京吏部引见，三十一年（1766年）七月十六日，未及启程而卒，年五十三岁。
吴祖修为毗陵薛墅吴氏第十三世：
祖修为长子，有五弟三姊妹：
有五子三女：
【注１】轼无嗣，以堂侄唐林兼嗣。 【注２】铤无嗣，以兄锴子准仁兼嗣。 【注３】�无嗣，以从兄清锷次子颐庆入嗣。
