染色是用于增强显微图像对比度的一项辅助技术。辅以不同类型的显微镜，染色和染料常在生物学和药学领域被用于提高生物组织的可见度。染色常被用于观察大块组织（如肌肉组织和结缔组织），细胞群（如用于对不同类型血细胞进行分类）或孤立细胞中的细胞器。
在生物化学领域，利用加入对细胞中特殊物质（如对DNA，蛋白质，脂类，糖类等）具有选择性的生物染色剂，以定性或定量分析特定化合物的含量。在这一点上染色和萤光标示具有类似的用途。生物染色还被用于标记流式细胞计中的细胞，以及凝胶电泳中的蛋白质或核酸。
除生物组织之外，染色还被用于研究一些其它材料的形态，如半晶态聚合物的薄层结构及共聚合物的区域结构。
活体内染色是指对于活的生物组织进行染色。通过将特定细胞或结构染成某种颜色， 其位于组织或细胞内的形态或位置可被更好的观察到。活体内染色通常而言是为更好显示出非经染色不易看到的细胞细节，但也可以揭示细胞或组织内的特定化学成分或正在进行的化学反应。
活体外染色则对于已死的细胞或组织进行染色。通常两种不同的染色会同时被结合使用。
铁及含铁血黄素（英语：Hemosiderin）
