爱沙尼亚－印度关系，是指印度共和国和爱沙尼亚共和国之间的双边关系。印度在1921年9月22日首次承认爱沙尼亚，又在苏联解体后1991年9月9日重新承认爱沙尼亚，并于同年12月2日建交。爱沙尼亚在印度新德里设有大使馆，又在孟买设领事馆；印度亦于芬兰赫尔辛基设有驻爱沙尼亚的大使馆，又在爱沙尼亚塔林设领事馆。
2007年，印度是爱沙尼亚的第34大进口伙伴及第37大出口伙伴；于2007年，两国的双边贸易总额为3080万欧元。印度在爱沙尼亚的商业和粮食有小规模的投资，而爱沙尼亚没有在印度直接投资。然而，爱沙尼亚外交部长表示提升改善与印度的经济关系。印度与爱沙尼亚两国的商会早前签订了联合商务理事会协议。
第一名到访印度的爱沙尼亚人是牧师叶可德·埃伯哈德（Eberhard Eckhold），他在马德拉斯和加尔各答待了一会，并显出对印度历史、印度地理和梵文文学兴趣极大。第一本提到印度的爱沙尼亚教科书有一百页的说明，介绍印度的自然环境和社会；爱沙尼亚的塔尔图大学在1837年第一次印刷梵语出版物。利奥波德·亚历山大·冯·施罗德是一个出色的爱沙尼亚人印度学家，他从事翻译和研究印度早期的原始文献。到了19世纪末，印度在爱沙尼亚已广为人知，不少教科书和报刊都会宣传印度这个国家。
现在，印度音乐在爱沙尼亚电影节十分普及。于2004年，印度文化协会在爱沙尼亚成立，定期资助爱沙尼亚人文学院、爱沙尼亚国家图书馆和塔尔图大学。爱沙尼亚亦有许多印度留学生和研究人员。
