方邦基(1701年-1750年),字乐只,号松亭,浙江仁和县(今属杭州市)人,清朝政治人物,同进士出身。
雍正八年(1730年)登庚戌科进士,后来前往闽台任地方官。历任福建沙县、凤山县(今高雄市、屏东县)知县,任满后因丁忧去职。
乾隆七年(1742年)任台湾府海防补盗同知,任内修筑五妃墓,并在坟前建庙祭祀,后人多称“五妃庙”,乾隆十二年(1747年)因政绩颇佳,升任台湾府知府,两年后护理福建分巡台湾道。翌年,在返闽叙职当中,船只遭台风在福清南日岛倾覆,方邦基遇难。朝廷追赠朝议大夫、布政使司参议,赐祭葬。