黄巾之乱，又称黄巾起义、黄巾民变，是中国历史上东汉灵帝时的大规模民变，也是中国历史上规模最大的以宗教形式（太平道）组织的起义之一，开始于汉灵帝光和七年（184年），由张角、张宝、张梁等人领导，对东汉朝廷的统治产生了巨大的冲击。汉末三国时期一干著名群雄几乎都有直接、间接参与讨伐黄巾军。
东汉中期以后，社会矛盾开始大量显示出来。朝廷上宦戚专权，政治黑暗，官吏贪残，横征暴敛，敲诈勒索。经济上随着豪强地主势力地不断壮大，土地兼并激烈进行，使大批农民失掉土地，或流离失所，人民负担沉重，苦难日深，社会生产遭到严重破坏。
到了桓灵时期，羌乱导致国家财政逐渐枯竭，为了维持朝廷的运转和财政开支不得不经常减百官俸禄，借王侯租税，以应付军国急需；桓帝时期还一度公开地卖官鬻爵，大肆聚敛。到了灵帝时期，更变本加厉，拼命搜刮。他公布卖官的价格，二千石二千万，四百石四百万。甚至不同的对象也可以有不同的议价。官吏一到任，就尽量搜刮民众。政府为了多卖官，就经常调换官吏，甚至一个地方官，一个月内就调换几个人。为了刮钱，灵帝还规定，郡国向大司农、少府上交各种租税贡献时，都要先抽一分交入宫中，谓之“导行钱”。又在西园造万金堂，调发司农金帛充积其中，作为他的私藏。他还把钱寄存在小黄门、中常侍那里，各有数千万。
东汉后期的七八十年间，各州刺史部检察区所辖的郡县的小规模的民变此起彼伏。这些民变虽然都被镇压下去，但问题并没有解决。当时有一首民谣说：“发如韭，剪复生；头如鸡，割复鸣。吏不必可畏，小民从来不可轻。”
与此同时，张角、张梁、张宝三兄弟于冀州魏郡（今河北邯郸），用法术、咒语(实为草药)到处为人医病。据说，许多生病的百姓喝下他的符水(中药，伪称符水)后，都不药而愈，张角被百姓奉为活神仙，张角又派出八使到外传教。因此，追随的信徒愈来愈多，甚至高达数十万人，遍及青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州刺史部监查区所辖郡县，几乎占了当时全国的三分之二。
张角在民间活动十多年，有三、四十万人加入，张角见信徒渐多，便创建了“黄天太平”，又称“太平道”管理信徒，自称“大贤良师”，他把势力范围分三十六区，称为“方”，大方一万多人，小方六七千人，每方推一个领袖，全由张角控制，反抗汉室之声日盛。信众中不乏豪强、官员、宦官等。虽有司徒杨赐等官员上表朝廷，要求捕杀太平道首领，驱散教民，但汉廷并未引起警觉，未尝压制。
太平道是中国最早的一个道教组织。张角知道当时人民仇恨官府，便借治病传教，秘密起义。
汉灵帝光和七年甲子年（184年），张角相约信众在三月五日（4月3日）以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”为口号兴兵反汉；“苍天”是指东汉，“黄天”指的就是黄巾军，而且根据五德终始说的推测，汉为火德，火生土，而土为黄色，所以众信徒都头绑黄巾为记号，象征要取代腐败的后汉王朝。张角一面派人在政府机关门上写上“甲子”二字为记认，另一方面派马元义到荆州、扬州召集数万人到邺准备，又数次到洛阳联合宦官封胥、徐奉，想要里应外合。
在起事前一个月，张角的门徒，济南人唐周向官府告发，供出洛邑的内应马元义，马元义被车裂，官兵大力逮杀信奉太平道信徒，诛连千余人，并且下令冀州追捕张角。由于事出突然，张角被迫提前一个月在二月（3月4日）发难，史称黄巾起义，因为变民头绑黄巾，所以被朝廷称为“黄巾”或“蛾贼”、“蚁贼”，张角自称“天公将军”，张宝为“地公将军”、张梁为“人公将军”在北方冀州一带起事。一个月内，全国七州二十八郡都有农民起义，黄巾军势如破竹，“殊不畏死，父兄歼殪，子弟群起”，州郡失守、吏士逃亡，震动京都。
汉灵帝于三月戊申日（184年4月1日）拜何进为大将军，率左右羽林军五营士屯于都亭，整点武器，镇卫京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军，如刘备就受到商人张世平、苏双资助组织义军。时中常侍吕彊言于汉灵帝说：“党锢久积，若与黄巾合谋，悔之无救。”（党锢之祸积怨日久，若果与黄巾合谋，恐怕已经无救了。）汉灵帝接纳提案，在壬子日（4月5日）大赦党人，发还各被流放的罪犯，要求各公卿捐出马、弩、兵器，推举众将领门第的子弟及民间有深明战略的人到公车署接受面试。
而另一方面又发精兵镇压各地举事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱儁各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱儁又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱儁军连军。于甲子日（4月17日），张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
官兵在首战并未得利，于四月，朱儁军就被黄巾军波才所败而撤退，皇甫嵩唯有进驻长社防守，被波才率大军围城，官军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫。
五月，汉灵帝见皇甫嵩被围，派骑都尉曹操率军救援。不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时份吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，火攻黄巾，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，大破敌军，黄巾军大乱，四处奔走。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，屠杀数万人，官军胜。
六月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。黄巾军便改以赵弘为帅，以十余万人占据宛城。而皇甫嵩与朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾军，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值汉灵帝派小黄门左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝上表进谗：“广宗贼易破耳。卢中郎固垒息军，以待天诛。”暗示卢植围贼不攻，意在“养寇自重”。灵帝大怒，用囚车押解卢植回京师。朝廷唯有下诏再重新调动将领：皇甫嵩北上东郡；朱儁则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人“天师”张修则亦在起兵攻打郡县，但未受到灵帝重视。
朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但六月至八月也不能攻克，京师有奏议征朱儁回师，幸而张温上表说情，灵帝才未行。但消息传开，朱儁急迫，进攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱儁又因兵力不足，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军注意力被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向官军投降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利则为贼，无利则乞降的错误观念，便不接受并急攻，可是数战不克，朱儁登上土山观望城内情势，明白黄巾军投降不成且毫无退路，唯有拼死一战，所以未能攻克。朱儁便解开围军，韩忠果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，而秦颉对韩忠积怨已久，便将他杀死。这举动反令黄巾余党不安，又推孙夏（《演义》改名为“孙仲”）为帅，据守宛城内城。朱儁再次急攻，十一月癸巳日（185年1月11日）黄巾军败走，官军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，宛城一带平定。中平二年（185年）春季，班师回雒阳。
另一方面，皇甫嵩八月到达东郡仓亭，大破、生擒卜巳，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日（9月20日）要求皇甫嵩继续北上。不过，张角已经病死，在十月于广宗便和张梁战斗，张梁军多势强，于首战不能攻克。在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意顿时松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，逃走时溺死于河水中的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。十一月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱暂平息。
起义虽被平息，但汉室威信遇上一次严重的打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。于各地还不断发生小型暴乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人（估计还有30万人）。而由飞燕率领的黑山军，甚至号称从者百万。
汉灵帝中平五年（188年），黄巾余军死灰复燃，纷纷起事。二月，郭泰等于西河白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。四月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。十月，青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。十一月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾军，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾之乱般盛，但却令汉灵帝十分头痛。
为了有效平灭暴乱，于中平五年（188年）三月，灵帝接受太常刘焉的建议，将部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余党。而正因汉灵帝下放权力，助长地方军拥兵自重，导致董卓讨伐战后各群雄互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝在军阀手中如同无物，所以黄巾起义是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。虽然如此，举事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。
在组成三十六方、确定起事日期上，张角的确为黄巾军起了领衔作用，但后来却失去了这种有计划性的行动。他们并没有统一的指挥，张角虽是太平道的领袖，却只在冀州转战，没有为其他军团作调控，没有同一目标，只是占地死守或四处抢劫。加上当友军有难时，各军都不会相救，官军利用此缺点予以各个击破。虽然黄巾之乱，令天下震动，但由于其自身的缺陷，黄巾军终未能推翻汉朝。
黄巾之乱对于东汉晚期的政局有深刻影响。为了有效平定叛乱，朝廷对暴动频发和集中的刺史监察区改置州牧，延缓了黄巾之乱对全国的蔓延，起到了减缓东汉结束的作用。董卓掌权后，地方手握重兵的刺史和太守集体反叛中央朝廷，为东汉晚期军阀鏖战揭开序幕，史称群雄割据，是三国分立的远因。
“苍天已死，黄天当立”口号的提出，对儒家三纲五常的说教，是一次不小的打击。东汉朝廷的统治受到冲击，加速了它的衰亡。黄巾起义，是乱世的发端， 为日后诸侯割据，群雄纷争埋下了伏笔。
详见黄巾军人物词条。
在小说《三国演义》中的第一回“宴桃园豪杰三结义 斩黄巾英雄首立功”便是描写此次事件。当中黄巾军将领程远志、邓茂、裴元绍、高升等人皆属虚构，孙夏被误名为孙仲，廖化依三国志纪载的逝世年龄为70-79岁推算，生年应在185年～193年之间，184年时不到10岁的廖化应不可能参与黄巾之乱，即便可能参与也只是动乱结束多年后各地流窜的残余势力，亦或是参与黄巾之乱的廖化为同名同姓的另一人。
