李毓新（？－1645年），字云岑，浙江嘉兴府海盐县人，明朝、南明政治人物。
李毓新是崇祯十年（1637年）的进士，授广东潮州府推官，审理案件明确公正；他代理四任官职，兼监察三府，释放囚犯数千人。当地盐税有盈余，他就革除不说出；饥荒期间富家人阻止平民买米，他用匿米法严惩。山寇作乱，沈犹龙传檄命李毓新监察统理，条列剿寇十二种策略，请驻守丰顺定为重镇；署理肇庆知府时楚地盗寇攻陷开建，使得西江震动，他调闽兵收复，会合西粤兵五路剿匪，不用一个月就平定。惠王朱常润的护卫不收敛，居民因此罢市，肇庆兵和惠藩兵争斗，李毓新亲自前往调动，迎惠王入城，于是肇庆安定。福建盗匪姜世英入侵黄冈，攻饶平、大埔，包围潮州府，他监督参将赵千驷到达惠来；姜世英逃遁，他就移师揭阳擒拿世英，为第一等功劳，可是行取时北京失陷。弘光帝继位，李毓新数次请求勤王，不获允许；改任兵科给事中，管理职方主事，多次上书议论政事，忤逆马士英。左梦庚举兵东下，马士英调江北兵，他与乔可聘、姚思孝、吴适、王之晋坚持守河北、淮南，士英怒而贬李毓新为巡江御史，但实际无兵可调。南京失守后他回乡，为嘉兴守城监军，事败后隐居白苎乡，被乱兵杀害。
