巴拿马是中美洲划分北南美洲的国家。其历史可追溯至公元前的阿兹特克文明、玛雅文明。
于1513年，哥伦布的助手到达一个小渔村（现今的巴拿马城），将之改称巴拿马，意思为渔乡、渔群。1519年，该渔村正式改称为巴拿马城，后整个地区都被称为巴拿马。
普遍相信来自亚洲的原住民祖先经过巴拿马地峡前往南美洲。古时在巴拿马仍未发展出文明，只有简单的农渔生活。但该地区也稍微受阿兹特克文明、玛雅文明所影响。
在欧洲人到达巴拿马前，这一带住着的是一些美洲原住民土著，主要为棋壁参人、卓科恩人和库埃瓦人。而其中人口最多的为库埃瓦人。而这些土著并没有发展出文明。据估计，当时的巴拿马仅拥有20万原住民。而考古学家则发现这些原住民大多从事打猎、收集可食植物和水果、种植玉米、可可和根茎作物。而小部分原住民则从事贸易。
1513年，哥伦布的助手到达现今的巴拿马城建立据点。后来，巴拿马城一带被西班牙殖民，实行残酷统治。
在1698年，苏格兰王国企图殖民巴拿马，苏格兰军队于第二次行动中终于登陆了巴拿马，由于人数太少，很快就被西班牙人包围击退。
到1821年为止，巴拿马仍是西班牙帝国在美洲的殖民地之一，但其地位并不重要。
1821年，巴拿马终于成功脱离西班牙，并加入西蒙·玻利瓦尔建立的大哥伦比亚共和国，成为其盟友。
1830年，这个联邦分裂，巴拿马完全成为哥伦比亚的一个省。有人说，巴拿马在其历史上始终都因它的地理位置而成为“奴隶”，是地理因素使之弱小。这个理论既符合其早年的历史，也符合其近代的历史。
19、20世纪交界的时候，法国人费迪南·莱塞普开始建造一条连接大西洋和太平洋的运河。后来，美国总统西奥多·罗斯福意识到运河的重要性，便使用外交手段试图接管这条重要的运河。另外，当时作为哥伦比亚一省的巴拿马强烈要求脱离哥伦比亚独立，因此美国有一些政治人物、军事人物、与利益团体抓紧了这个机会，夺取运河的控制权。
1903年11月，在美国海军的配合下，巴拿马爆发了一场几乎不流血的革命，目的是从哥伦比亚独立。11月3日，反叛者在巴拿马城宣布巴拿马脱离哥伦比亚的统治，成为一个独立的共和国。两周后，巴拿马立刻与美国签署了“海-艾兰条约”，给予美国建造和管理巴拿马运河的绝对权利。自此，巴拿马运河成为了美国的囊中之物，并借其优越的运输因素而垄断太平洋至大西洋的海运，直至1977年美国同意在1999年将巴拿马运河的管理权交还给巴拿马为止。而这个条约始终都是巴美两国之间外交争论的重大主题。
事实上巴拿马于20世纪的国内政治和它的国际外交始终都与巴拿马运河有密切的关系。
长时间里巴拿马政府相当不稳定，贪污严重，经常发生一个政府在其总统任期结束前就倒台了。而巴拿马的实际掌权者，就是于1968年上台的奥马尔·托里霍斯将军。直至他在一次空难中逝世为止，他都是巴拿马政治界的实际掌权者。托里霍斯死后，曼纽尔·诺列加独揽大权。1980年代末，巴拿马和美国当时的外交关系渐趋恶化。
1989年12月，美国入侵巴拿马，其行代号为“正义之师行动”（Operation Just Cause）。当时正值巴拿马运河主权移交前十年，老布什在任期间。行动期间，美国海军陆战队和陆军突击队闪电突袭了巴拿马，并迅速赢得了胜利，俘虏了当时巴拿马的实际上最高领导人、独裁者和掌权者曼纽尔·诺列加，并解散了当时的巴拿马国防军。
当时，美国一个海军陆战队的士兵被杀。美国借保护美国居民的安全为由，派兵入侵到巴拿马。
美国开始军事入侵巴拿马时，当地时间正是12月20日凌晨1点钟。此次行动总共有57684名美军和300多架飞机参加。而他们面对的是总数为46000名士兵的巴拿马国防军。美军行动的首要目标是占领战略设施。美军在攻击巴拿马国防军的总部时，引发了一些火灾，令巴拿马市中心的大部分毗邻地区和人口稠密的居民区被严重烧毁。据目击者说，这些火灾是美国士兵故意放火焚烧的，为的是迫使巴拿马国防军军人离开藏匿地方。
在战斗开始后的几小时，巴拿马反对派政治人物恩达拉在美国罗德曼海军基地宣誓担任巴拿马新总统。诺列加见大势已去，便逃入梵蒂冈大使馆。数日后，他向美军投降。诺列加投降后立刻被运往佛罗里达州，并被起诉和关押。随后，美国协助巴拿马重新施行自由选举，并重新给予媒体言论自由和新闻自由，国家管理权渐渐和平过渡到公民政府手中。
1999年12月31日，美国将巴拿马运河所有土地、建筑、基础设施和所有的管理权都交还给巴拿马，巴美间的冲突终于和平结束。巴拿马现时是巴拿马运河的管理国，在太平洋和大西洋的经商都有一定的影响力。
