CTCF

1X6H, 2CT1· transcription corepressor activity · protein binding · zinc ion binding · chromatin insulator sequence binding · sequence-specific DNA binding· condensed chromosome · nucleus · nucleoplasm· transcription, DNA-dependent · chromosome segregation · maintenance of DNA methylation · positive regulation of gene expression · chromatin modification · nucleosome positioning · regulation of histone methylation · regulation of histone acetylation · regulation of gene expression, epigenetic · regulation of molecular function, epigenetic · negative regulation of transcription, DNA-dependent · positive regulation of transcription, DNA-dependent转录阻抑物CTCF，也被称为11锌指蛋白或CCCTC结合因子，是由人类CTCF基因编码的转录因子。CTCF参与多个细胞进程，包括转录调控、绝缘子活性调控、V(D)J重组、染色质结构调控等。CTCF最早被认为在鸡体内抑制c-myc基因表达。CTCF蛋白和以CCCTC为核心序列的三个规则间隔重复蛋白相结合，故得名CCCTC结合因子。CTCF的主要功能是调控染色质的3D结构。CTCF和DNA双链结合形成染色质环，并把DNA锚定在细胞结构上（例如核纤层）。此外，CTCF还能充当常染色质和异染色质的边界。DNA的3D结构会影响基因的调控，因此CTCF的活性会影响基因表达。绝缘子能阻碍增强子和启动子的结合，而CTCF是绝缘子的主要活性部分。CTCF的结合有多种效应。目前尚不能确定下列功能是直接由CTCF导致。CTCF对于IGF2的抑制起重要作用。具体机制为CTCF和H19基因的基因铭印（ICR）区域、差异甲基化区域-1（DMR-1）和MAR3区域结合。CTCF能通过和目标区域结合以阻碍增强子和启动子的相互作用，从而降低增强子对某些功能域的调控能力。除此之外，CTCF还能作为染色质“路障”，阻止异染色质的进一步形成。CTCF往往以二聚体的形式存在，这会导致DNA形成环状结构。CTCF也经常在DNA和核纤层的结合处出现。使用ChIP-seq技术可以发现CTCF同黏连蛋白一起在基因组内广泛存在，并对染色质的高级结构起调节作用。CTCF对mRNA剪切有调控作用。CTCF和共有序列CCGCGNGGNGGCAG相结合。这条序列在其结构域中有11个锌指结构。CTCF和基因的结合被CpG的甲基化所影响。CTCF在19个细胞系中大约有55000个共同的DNA结合位点（共77811个独特位点）。CTCF能和不同的锌指结构结合，这让它的功能非常多样化。大约有30000个CTCF的位点功能已经被定义。在人类的不同细胞中大约有15000-40000个CTCF结合位点。除此之外，高分辨率的核小体比对现实CTCF的不同结合位点可能和核小体的定位有关。CTCF可能和Y box结合蛋白1有相互作用。黏连蛋白对CTCF形成的环状结构有稳定作用。