印尼铁路运输（英语：Rail transport in Indonesia）系统中的大部分都建置在爪哇岛，同时供客运和货运使用。苏门答腊岛有三个独立的铁路网络（分别在1.亚齐特区和北苏门答腊省、2.西苏门答腊省和3.南苏门答腊省和楠榜省），而在加里曼丹和苏拉威西岛正在开发两个新的铁路网络。印尼在2017年完成一项国家铁路网计划。根据这项计划，将增建3,200公里新的铁路轨道，分布于苏门答腊岛、爪哇岛、加里曼丹和苏拉威西岛，这个计划号称是印尼自1945年脱离荷兰独立以来，覆盖最广泛的铁路项目。印尼计划到2030年把全国铁路网长度延伸至10,524公里。截至2022年9月，该国网络的长度累计为7,032公里。
印尼各省以及各大都会区（英语：List of metropolitan areas in Indonesia），特别是爪哇岛雅加达和苏门答腊岛万隆已有通勤铁路。新的捷运系统和轻轨运输系统也被引进雅加达及南苏门答腊省巨港。
虽然印尼的道路通行方向采的是靠左行驶方式，但大多数铁路线都采靠右行驶方式，原因是早年荷兰殖民政府兴建铁路就是靠右行驶。
印尼铁道的轨距为1,067毫米（3英尺6英寸，称为开普轨距），但从前有轨距1,435毫米（4英尺8+1⁄2英寸，称为标准轨距）和750毫米（2英尺5+1⁄2英寸）的路线。在苏门答腊岛（包含亚齐特区）、加里曼丹、苏拉威西岛和西巴布亚新建的铁路，加上雅加达轻轨以及印尼高速铁路都采用1,435毫米轨距。雅加达大都会区（英语：Jakarta metropolitan area）中大部分地区都已电气化，采用1,500伏特直流电架空输电线路方式供电。
印尼铁路营运者主要为国有企业 - 印尼铁路公司（KAI）、KAI子公司KAI通勤（英语：KAI Commuter） 和另一子公司KAI机场铁路（印度尼西亚语：KAI Bandara）。印尼的基础设施均由国有企业参与建设，以及经营。
在爪哇岛和苏门答腊岛有各种产业轻型铁道（英语：Tramway (industrial)），供甘蔗种植园和油棕种植园运输之用。
印尼的首条铁路线于1867年开通，最初采标准轨）。然后逐步扩充，参与者有政府经营以及私营的公司（参见荷属东印度时期印尼铁路公司列表（英语：list of railway companies in the Dutch East Indies））。
印尼铁路在日本占领印尼时期和印尼独立革命时期均曾受到破坏，状况不佳。到1950年，印尼政府添置100台蒸汽机车，1953年开始更换为柴油引擎机车（英语：dieselisation）。到1980年代，大多数干线均已使用柴油引擎机车。从1970年代开始从日本购置电联车，以取代使用达60年的电力机车。
印尼自独立以来，所有铁路干线均由国家营运。私营铁路营运商一开始受到有偿并入，到1971年，印尼铁路系统已完全国有化。
新建铁路线极为稀少，大部分的建设集中在把既有路线扩增为双线，或是四线。大部分旧有的产业轻型铁道线都遭关闭，全国铁道长度从大约7,000公里减少到只剩3,000公里。
印尼首条铁路建在爪哇岛上，使用的轨距为1,435毫米（标准轨）。在日本占领期间，轨距被更换为1,067毫米（3英尺6英寸）。岛上铁道网络最长的时候达到4,807公里（2,987英里），可连接到岛上的大部分地区。爪哇岛网络列车分为九个区域部门运作。
截至2013年，苏门答腊岛的铁道长度为1,869公里，其中1,348公里在运作中。在荷属东印度时期建有几个互不连接的铁路网络：
- 别西塘（印度尼西亚语：Besitang, Langkat）- 棉兰 - 直名丁宜 - 先达 - 朗陶普拉帕（英语：Rantauprapat）路线（班达亚齐到别西塘的路段于1971年关闭，迄2011年，有资料显示这条关闭的路线正在重建中。）
印尼政府已设定跨苏门答腊铁路计划（Trans-Sumatra Railway plan），将把这些孤立线路连接以及整修。苏门答腊岛的铁路服务分为四个区域部门，分别是：
加里曼丹的首条铁路网络于1908年开通，以连结在巴厘巴板的炼油厂和港口。铁路于1950年关闭。加里曼丹当局在2010年宣布，计划建设一条长122公里的标准轨铁路，把穆阿拉·瓦豪（印度尼西亚语：Muara Wahau, Kutai Timur）开采的煤炭运到班加隆（英语：Bengalon）港口。俄罗斯铁路公司在2016年1月公司报导称这条铁路建设将于2019年完成。而俄罗斯铁路公司在2022年宣布退出初始投资，铁路项目遭到取消。
2019年，据巴厘岛当地不动产网络媒体巴厘岛加普拉（Gapura Bali）披露，巴厘岛省长哇扬·克斯特（英语：I Wayan Koster）将建造一条标准轨铁路，“以便大幅改进巴厘岛的交通基础设施，并有计划在全岛建设电气化铁路网络”。
苏拉威西岛的首条铁路网络于1922年开通，连接望加锡和塔卡拉尔县，但因收入不佳，于1930年关闭。2022年，跨苏拉威西铁路正兴建中，采用标准轨，比爪哇及和苏门答腊旧线路使用的开普轨距更宽，可承载较大的重量和提高行车速度。
有计划在西巴布亚省修建一条440公里长的铁路，以连结曼诺瓦里和梭隆（英语：Sorong）两地。
印尼保存有各类铁路机车，是许多不同铁路公司的遗留物。但只有五辆蒸汽机车仍处于可运行状态，其中两部保存于安巴拉瓦铁路博物馆（英语：Ambarawa Railway Museum），两部在梭罗的加拉达拉观光铁路（印度尼西亚语：Kereta api uap Jaladara）运作，另外一部置放于沙哇伦多铁路博物馆。另有静态展览的铁路机车保存于雅加达的美丽印尼缩影公园（印尼语：Taman Mini Indonesia Indah 的交通博物馆（由印尼交通部（英语：Ministry of Transportation (Indonesia)）负责管理）和中爪哇省的安巴拉瓦铁路博物馆（由KAI负责管理）。在许多城镇也可找到加装底座用以展示的老机车。但特殊的是少有车厢被保存下来。
在1997年的亚洲金融风暴过后，存放在站场中的蒸汽机车体，因其本身的金属残余价值增加，到2000年，大多数尚未加装底座用以展示，或是未送往博物馆的机车均遭报废出售，这种行为可能涉及非法。
赛普森林铁路（英语：Cepu Forest Railway）仍有四部可操作的工业蒸汽机车，另有两辆保存中的机车。这家公司是目前印尼拥有最多蒸汽机车的机构。
印尼使用的蒸气机车中，有几型是“末代”的机种。 编号E10 60是1966年出厂的齿轨铁路蒸汽机车（德国Esslingen（英语：Maschinenfabrik Esslingen）公司出品，型号5316），在梭罗铁路博物馆中运行。编号BB84是为非旅游铁路建造的最后一辆莫利特机车（英语：Mallet locomotive）（根据铁道机车专家AE·杜兰特 (A.E. Durrant） 著作提供的资讯），是日本车辆制造在1962年出厂的产品（工号2007）。这辆机车放在班达亚齐展示，未受到2004年12月的印度洋大地震所引发的海啸破坏。机车状况很差，阀门传动装置（英语：valve gear）和气缸活塞均不存在（截至2006年3月）。
荷属东印度国家铁路公司（英语：Staatsspoorwegen）所遗留的1600级蒸汽机车1622号 “Sri Gunung”（山岳女神），是部轨距为1,067毫米的莫利特机车，于1928年出厂，现保存于荷兰铁路博物馆。
唐吉尔4号 (Trangkil No. 4 ，英国韩氏利特机车厂（英语：Hunslet Engine Company）3902型) 于1971年出厂，是韩式利特在利兹的工厂所造的最后一辆蒸汽机车。这辆机车以往供位于爪哇岛的唐吉尔（Trangkil）糖厂使用。已于2004年运返英国。
截至2016年，KAI拥有约350台柴油引擎机车，分布在爪哇岛和苏门答腊岛，用于客运和货运服务。KAI所购入的首部柴油引擎机车是通用电气的CC200型，1953年产品。
截至2017年8月，KAI通勤在雅加达大都会区拥有758部电联车 (EMU)。在雅加达的大多数电联车是从日本首都圈主要铁路营运商（如东日本旅客铁道公司和东京地下铁株式会社）购入的二手车。
KAI提供多样客运服务，分为好几种级别，从豪华级（luxury class，配有可躺式座椅和类似客机的设施），到行政级（executive class ，有空调，和具有可与其他国家铁路较高等级媲美的可躺式座椅），到最近开始配备空调和可躺式座椅，接近行政级的商务级（business class），到硬座，但仍然有空调，价格便宜的经济级（economy class）。到2013年初，所有商务级和经济级都都配有空调系统。。
印尼铁路也有卧铺车。印尼最后一班全卧铺列车服务是比马特快速列车（英语：Bima (train)），在1967年到1984年间行驶，然后改为大部分为座位车厢，只留下一两辆卧铺车厢。到1995年开始变成全部座位车厢。自2018年起，雅加达至泗水路线（印尼语：Argo Bromo Anggrek）、雅加达至日惹路线（{{lang-id|Taksaka）、雅加达至梭罗市路线印尼语：Argo Lawu及印尼语：Argo Dwipangga以及雅加达至玛琅路线印尼语：Gajayana均已重新启用卧铺车的服务。
在爪哇岛，大多数火车路线都用作连接雅加达及其腹地 - 称为跨区域交通，但目前尚未充分开发。在如雅加达和万隆等重要城市之间，则提供密集，每隔一小时即发一班车的服务。
印尼大多数客运列车，除短途的区间通勤车之外，都各自拥有个名称。例如Depok Ekspres（之前雅加达和德博市之间的快速列车）、罗格瓦号（印度尼西亚语：Kereta api Logawa）（Logawa）（普禾加多 附近河流的名称）、Argo Lawu（以梭罗附近的死火山拉武火山为名），或多少无意义却浪漫的名字，例如Bangunkarta（以其所服务的三个城市名称的缩写：Jombang-Madiun-Jakarta）和Matarmaja（Malang-Blitar-Madiun-Jakarta）。
在1995-1999年期间，由于铁路经营者引入许多新的快速列车，这种交通方式曾经历过复兴。当市场推出廉价机票，KAI的载客量有所下降，但已维持稳定，大多数列车的载客率仍维持在50%以上。
附注：这条由雅加达甘比尔车站（印度尼西亚语：Stasiun Gambir）到万隆奇亚康隆车站（英语：Kiaracondong Station）的客运路线由名为帕拉香甘山号（英语：Argo Parahyangan）的多班列车服务。
由于在公共场所，包括通勤列车和公共汽车上发生过许多性骚扰事件，KAI于2010年8月在雅加达市区的一些通勤线电动列车上推出女性专用车厢。2013年5月13日，KAI将女性专用列车和普通列车结合，在普通列车前后加挂女性专用车厢。这种方式目前用在雅加达的通勤线电动列车上。
KAI为年长、孕妇、身体残障和携带婴儿母亲的各式乘客提供优先座位，让这些人与其他人一样能容易以及舒适的乘坐。优先座位不仅设置在列车的首尾车厢（如同女性专用车厢），列车上每节车厢均设有八个优先座位。这种方式目前用在雅加达的通勤线电动列车上。
KAI于2018年6月11日重新推出卧铺列车服务。这种卧铺列车配备一流的设施，与飞机头等舱同级。首条路线是从甘比尔车站到泗水。另有豪华卧铺列车，由KAI的另一家子公司KAI Wisata经营。
爪哇的铁路系统多少是以服务乘客为主，由于轨道承运量有限，能提供货运的服务不多。在爪哇，一些较有名气的货运服务包括有雅加达和泗水之间的Kalimas号集装箱列车和包裹/邮件列车，炼油厂或输油站与油库之间的石油列车，以及在中爪哇省的石英矿砂列车。
但近年来，KAI透过引入通用电气CC206型机车，以及把北部海岸雅加达和泗水的铁路扩建为双轨，增加两个城市之间的集装箱货运数量。沿路也建立许多集装箱港口。KAI的做法把一些通常利用公路运输的客户吸引而来。
在南苏门答腊省的铁路系统以货运为主。为发电厂运送煤炭的单元列车享有优先使用铁路的权利。在西苏门答腊省，有货运列车为位于巴东附近因达隆的水泥厂提供服务，在北苏门答腊省，有货运列车为几个油棕和橡胶种植园提供服务。
在雅加达、泗水和三宝垄曾有过有轨电车的服务，但印尼独立后，这些路线遭到关闭。
在雅加达大都会区，营运中的城市铁路网络包含有通勤线电动列车，服务的路线有雅加达特别首都地域、德博市、茂物市、勿加泗市、丹格朗和南丹格朗等城市以及茂物县、勿加泗县和勒巴克县。其他营运中的捷运系统有雅加达地铁、雅加达轻轨和苏加诺-哈达机场铁路，为当地的公共交通网络提供支持。
在泗水都会区（英语：Surabaya metropolitan area）有泗水通勤铁路（英语：Commuter rail in Surabaya），从技术上讲，当地并无城市捷运系统。但泗水有在市内及周边地区建设捷运路线（1,435毫米标准轨）的计划 - Dupak线 (Manyar-Dupak - Juanda)、Rungkut（英语：Rungkut）线 (Dupak-Rungkut - Waru - Sidoarjo（英语：Sidoarjo Regency）)、Krian（印度尼西亚语：Krian, Sidoarjo）线 (Manyar - Krian - Sidoarjo) ，丹绒帕拉可（英语：Tanjung Perak）线（丹绒帕拉可-沃诺克洛莫（英语：Wonokromo） - Sidoarjo），朱安达（Juanda）线（Juanda - Sidoarjo）和其他环状线（Dupak - Rungkut - Krian-Dupak）。
棉兰都会区（英语：Medan metropolitan area）有瓜拉纳穆国际机场铁路（英语：Kualanamu Airport Rail Link）。斯里拉拉望纱号（英语：Sri Lelawangsa）通勤火车连接棉兰和附近的民礼市。
巨港的巨港轻轨于2018年6月开始营运，在8月于雅加达举行的2018年亚洲运动会之前完成。
在日惹市都会区和梭罗市都会区有日惹通勤线电动列车（英语：KAI Commuter Yogyakarta Line）连结日惹、克雷顿（英语：Klaten Regency）和梭罗。普兰巴南快速列车（英语：Prambanan Express）连接日惹和波窝利久县（英语：Purworejo mregency）。另外日惹有日惹国际机场铁路（英语：Yogyakarta International Airport Rail Link）和梭罗另有阿迪·苏马尔莫国际机场铁路（英语：Adisumarmo Airport Rail Link）。
巴东有米南加保国际机场铁路（英语：Minangkabau Airport Rail Link）。
近几十年来，爪哇岛上负责雅加达-泗水走廊的运输骨干 - 北海岸公路和铁路系统都因密集壅塞的货运和客运而受严重影响。印尼对于兴建高速铁路以连结这两大人口稠密都市的计划和研究已做了好几年。到2008年开始认真考虑，而在2015年把计划确定。最初是日本独立行政法人国际协力机构(JICA) 发布研究报告，提出为印尼爪哇岛建造高速铁路的想法，将首都雅加达与东爪哇省的泗水市（全长730公里）连接起来。日本企图把新干线高铁技术出口到国外。继2012年JICA的初步研究之后，详细的可行性研究于2014年完成。而在2013年，印尼既有的铁路系统开始扩充和升级。高鐡走廊的案子虽被提出，但印尼政府在2014年改朝换代，佐科·维多多于当年10月宣誓就任为总统。而新政府在2015年1月，基本上是把高铁项目的筹备工作停止，所持的理由是这个项目成本太高，爪哇岛以外的偏远及落后岛屿的基础设施需求更为急迫。
起初日本在高铁项目中的主导地位似乎无人能挑战。但中国在2015年4月以新提案加入竞争，让形势改变。中国加入竞争让日本感到震惊。
2015年7月，印尼政府公布建设连接雅加达和万隆的高铁计划，并安排日本和中国厂商参与竞争。日本和中国对该项目均表达有兴趣；并对这个项目进行全面研究。
印尼在2015年9月下旬把这个价值数十亿美元的铁路项目授予中国承建，而非日本。
拟议中的高速铁路将连接该国首都雅加达和邻近的西爪哇省万隆市，全长约150公里，简称雅万高铁，预计还将进一步延伸到该国第二大城市，位于东爪哇省的泗水。
这个项目历经多次推迟，首先是由于施工不慎影响到附近的道路，而后有土地征收不顺利，然后由于2019冠状病毒病疫情的缘故，整个工程进度暂时停止，导致预定完工和开始营运日期均延后。。西爪哇省省长里德万·卡米尔（英语：Ridwan Kamil）在2022年4月表示雅万高铁预计可在当年11月启用。
