太上天皇，是日本一种给予退位天皇或当朝天皇在世父亲的头衔（尊号），简称上皇，相当于东亚其他国家（中国、朝鲜、越南）退位皇帝的尊号“太上皇”；而出家为僧的上皇则称“太上法皇”，简称法皇。然而，两者的区别是为其法律地位，律令法中太上法皇包含在太上天皇里。
太上天皇多被称为“院”，来自“三宫”（后位）的总称“院宫”，及后，包括有力贵族、寺庙与太上天皇合称为院宫王臣家。又因为各院的居所是仙洞御所，所以上皇有时又叫作“仙洞”。
持统天皇十一年（文武天皇元年）八月初一（697年8月22日），持统天皇让位给文武天皇，称“太上天皇”起（皇极天皇曾让位给其弟孝德天皇，但当时并未出现“太上天皇”一词，只是临时尊她为“皇祖母尊”。另外，后来她亦重祚为齐明天皇），到江户时代后期光格天皇让位给仁孝天皇为止，共计曾有59位太上天皇。
另外，日本历史上也有过因自己的子女成为天皇或其他原因，本人没有即位而被追尊为太上天皇的例子，这种情形会称“准太上天皇”。镰仓时代后堀河天皇的父亲“后高仓院”，与室町时代后花园天皇的父亲“后崇光院”，都是适例。附带一提的是，光格天皇曾因打算对未即皇位的父亲赠与太上天皇的尊号，遭大臣的反对而发生了日本史上著名的尊号事件。
传统认为天皇在位时驾崩是不吉利的，故此天皇面临驾崩前让位并进行接受太上天皇尊号的手续，然后才等待去世的。例子有在位8日的醍醐上皇、在位10日的一条上皇和在位3日的后朱雀上皇。
大多数天皇在让位后很快就会奉上太上天皇尊号，但退位的天皇不会自动加上太上天皇头衔的，如仁明天皇退位给文德天皇后1至2日驾崩时、淡路废帝（淳仁天皇）的政变废位、被废黜的安德天皇与九条废帝（仲恭天皇），其地位相对不同，太上天皇头衔就不被加上了。
反过来，光严天皇和崇光天皇则是废位后才加上太上天皇的尊号。足利义满死后，朝廷曾追赠其为太上天皇，但其子足利义持将之辞退。正安三年正月二十八（1301年3月9日）到嘉元二年七月十六（1304年8月17日）其间，共有后深草上皇、龟山上皇、后宇多上皇、伏见上皇、后伏见上皇5位太上天皇并立，是历史上最多的一次。在文化十四年三月二十四（1817年5月9日）光格天皇让位给仁孝天皇，是为日本在明治时代前最后一位太上天皇（其在天保十一年十一月十八（1840年12月11日）或十九（12日）驾崩）。
从明治时代开始实行的《皇室典范》则不承认天皇让位的情况，因此除非修改制度，否则天皇不能退位，从而不可能出现太上天皇。平成二十九年（2017年）6月9日，日本国会通过了天皇退位的特别法案（日语：天皇の退位等に関する皇室典範特例法），在不修改《皇室典范》的情形下，让时任天皇明仁以特例在2019年4月30日退位、并使用“上皇”尊称。
大宝律令时，天皇以上者并无明文规定，太上天皇和天皇一样可以发布院宣（宣旨），这可能会影响天皇政治意向。他们也可以开设院厅、设立院藏人等机关。
平安时代末期，以天皇母子关系为基础的摄关政治瓦解，以天皇父子关系为基础的院政开始。历史上有名的上皇多属于这个时期。当时对这些对不在位但掌握实权的上皇称为治天之君（日语：ちてんのきみ）。
