鲸偶蹄目（学名：Cetartiodactyla）是一个包含了传统的鲸目及偶蹄目的演化支，一般用来描述鲸豚类是从偶蹄目中演化而来。遗传学分析表明，与鲸豚类亲缘关系最近的现生动物是河马。鲸与河马的分支则称为鲸河马亚目（Whippomorpha，有建议使用 Cetancodonta 但未普及）。依此定义，剔除了鲸目的旧有偶蹄目将是一个并系群。
在起初，鲸偶蹄类的定义原是指鲸目是偶蹄目的旁系姊妹分类，而非从偶蹄目演化。从此定义来看，所有偶蹄目（包括河马）之间才是近亲，而鲸是偶蹄类的旁系群。
鲸豚类演化自陆上的偶蹄动物，并形成了一个单系群。学界普遍认同鲸类是从单一的祖先演化而来。1990 年代以前，最广泛接受的鲸类近亲是已灭绝的中爪兽目。中爪兽目是有蹄的及主要是肉食性的哺乳动物。但现今很少学者认同这个说法，一般只认同中爪兽目是鲸偶蹄类的近亲，而非鲸类的祖先。
鲸类是从偶蹄目演化的理论是基于DNA序列的分析结果。在最初的分子分析中，显示鲸类较猪更接近反刍亚目（如牛及鹿）。为了在目名反映这种演化关系，故出现了鲸偶蹄类。
后期的分子分析提供了更完整的线索。河马被认为是鲸类的近亲，反刍亚目与鲸/河马的分支有关，而猪则被分类在更远的位置。除了新增了鲸/河马分支外，分析更显示河马及猪并非近亲。这个结果很富争议，因为传统分类正有基于猪与河马形态的相似而成立的猪形亚目。
除了DNA及蛋白质序列外，学者追踪了基因组中一种称为短散落配置（SINE）的转位子。DNA序列的转位子会有时将自己复制，并将复制品插入基因组的另一个位置。但 SINE 没可能会将自己插入基因组的同一位置。数据显示鲸鱼、反刍亚目及河马的基因组中，有几个转位子将自己插入同一位置上。在骆驼及猪的基因组中并没有这个插入点。
不同的 DNA 序列测试都得出同一个结论：即河马与鲸类非常接近，而和其他偶蹄目相对疏远。这一点从鲸与河马都可以利用超声波在水中分辨敌友和在水中育儿（交配，产子和哺乳），以及阴嚢藏于腹腔内可以看出。
形态学及古生物学对鲸类与其他哺乳动物的关系亦于 1990 年代后出现很大变化。一些化石发现（如罗德侯鲸）显示鲸类并非从中爪兽目衍生或与其是近亲。很多学者支持成立鲸偶蹄目的分支，但也有部分学者反对鲸类与河马共祖的说法，认为三个亚目的传统偶蹄目仍然是一个有效的分支，而四个亚目的鲸偶蹄类（即修正后的偶蹄目）则可能是一个大目或总目。
鲸/河马学说认为鲸类与河马类在 6000 万年前拥有共同的半水栖祖先，直到 5400 万年前才分化成两支，其中一支演化成鲸类，可能始于巴基鲸及其他古鲸亚目近亲，它们渐渐适应水下生活，最后演化成完全水生的鲸类。因此，此学说认为鲸偶蹄类才是有效的单系群分类。反对者的理由是，目前发现最早的河马化石产生于中新世，而鲸类的分化则可上溯至始新世，鲸/河马假说出现了一个 3000 万年缺少河马祖先存在的空白期。一些形态学研究指出石炭兽科是河马的祖先，但却得不到有力支持。
根据近年的分子学研究，劳亚兽总目内部可能的演化关系如下（真有蹄类学说）：
猬形亚目 Erinaceomorpha
鼩形亚目 Soricomorpha
翼手目 Chiroptera
鳞甲目 Pholidota
食肉目 Carnivora
奇蹄目 Perissodactyla
鲸偶蹄目 Cetartiodactyla
鲸偶蹄目各主要演化支的关系如下（鲸河马类学说）：
鲸豚类 Cetacea
河马科 Hippopotamidae
反刍亚目 Ruminantia
猪形亚目 Suina
胼足亚目 Tylopoda
